국세청 심사부가2011-0202 (2012.01.26)

이 사건 건물 증축부분은 별도로 재화의 공급이 이루어졌다고 볼 수 없음

원고가 대주주로부터 이 사건 건물을 매수함에 있어 원고의 비용으로 증축한 부분에 관하여는 별도로 부가가치세 과세 대상인 재화의 공급이 새로이 이루어졌다고 볼 수 없음에도 이 사건 건물 전체에 대한 세금계산서를 수취한 것은 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것임

국세기본법 제14조, 부가가치세법 제17조

2012구합1794 부가가치세환급세액 감액결정처분취소

주식회사 XX

논산세무서장

2012. 10. 17.

2012. 11. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2011. 5 25. 원고에 대하여 한 2011년 제1기 부가가치세 환급세액 000원의 감액결정 처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 홍AA은 충남 논산 가야곡 XX리 483-29에서 'XX홀딩스'라는 상호로 부동산업을 영위하는 개인사업자로, 원고의 대주주이다.

나. 원고는 2011. 3. 21. 홍AA으로부터 충남 논산 가야독 XX리 483-20 대 7,727㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)와 그 지상 건물 3,134.61㎡(이하 '이 사건 건물'이라 한다)를 000원에 취득하였다.

다. 원고는 2011. 4. 25. 다음과 같은 내용의 2011년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 건물에 대한 매입세액 000원을 포함한 총 000원의 부가가치세 환급신청을 하였다.

라. 피고는 원고가 과거에 원고의 비용으로 이 사건 건물을 증축하였고, 그 당시 이 사건 건물의 증축비용에 대하여 매입세액 공제를 받은 사실을 확인한 뒤, 원고가 이 사건 건물 중 증축된 부분에 관하여 매입세액 공제신청을 한 것은 중복공제신청이라고 보아, 2011. 5 25. 원고가 위와 같이 환급신청한 2011년 제1기 부가가치세 환급세액 000원 중 000원만 환급하고 나머지 000원1)은 그 환급을 거부하는 결정(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 12. 7. 국세청에 심사청구를 하였으나, 012. 1. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 건물의 소유권 이전에 따라 발행된 세금계산서에 근거하여 적법하게 이 사건 건물에 관한 부가가치세액의 환급을 신청하였음에도, 피고는 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 이 사건 건물에 관한 부가가치세액의 환급을 거부하였는바, 피고의 위 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 설령, 피고의 이 사건 건물에 관한 부가가치세액 환급 거부 처분이 적법하다 하더라도, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것은 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다르게 적혀진 경우에 해당하므로, 그 공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세액만을 환급세액에서 공제하여야 함에도, 피고는 공급 가액의 100분의 2에 해당하는 세금계산서 가공 • 위장 가산세액을 환급세액에서 공제하고, 원고가 부당한 방법으로 초과환급신고를 하였다고 보아 부당초과환급신고 가산세액도 환급세액에서 공제하였는바, 피고의 위 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 건물 중 증축부분에 관한 부가가치세 환급 거부 처분에 관하여 국세기본법 제14조 제2항은 '세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계 없이 그 실질 내용에 따라 적용한다'고 실질과세 원칙에 관하여 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 을 제6 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정, 즉 ① 원고는 홍AA으로부터 이 사건 건물의 소유권을 이전받기 전 홍AA과 협의 하에 이 사건 건물 중 일반철골구조 일반 공장 2,150.4㎡, 블록구조 창고 20㎡, 강파이프구조 휴게실 21.09㎡의 증축공사(이하 '이 사건 증축공사'라 한다)를 시행하였고, 설계용역비용 및 공사대금 등 000원의 비용을 모두 원고가 지급한 사실, ② 원고는 증축공사 중인 이 사건 건물을 건설 중인 자산 명목으로 회계장부에 계상한 사실, ③ 원고는 이 사건증축공사를 시행한 OO건설 주식회사로부터 이 사건 증축공사 금액에 상당하는 매입세금계산서를 교부 받았고, 2010년 제2기 부가가치세를 신고하면서 위 매입세금계산서에 해당하는 매입세액 공제를 받은 사실, ④ 원고의 회계장부에는 원고가 이 사건 증축공사의 공사비용 000원 및 이 사건 건물 중 증축부분에 대한 등록세 000원, 취득세 000원을 자신의 비용으로 지출한 것으로 기재되어 있는 사실, ⑤ 홍AA은 자신의 명의로 이 사건 건물 중 증축부분에 관한 소유권보존등기를 하였으나 이 사건 증축 공사와 관련하여 원고에게 아무런 비용도 지급하지 않았고, 원고도 홍AA에게 세금계산서를 발행하지 않은 사실, ⑥ 원고와 홍AA은 원고가 이 사건 증축공사를 원고의 비용으로 하는 대신, 추후 원고가 이 사건 토지 및 건물을 홍AA으로부터 양도받을 때 이 사건 증축공사 비용을 전체 매매대금에서 공제하기로 구두 약정한 사실, ⑦ 실제로 원고는 홍AA과 사이에 이 사건 토지 및 건물을 000원에 취득하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 홍AA으로부터 000원의 세금계산서를 수취하였으나, 실제로는 000원{= 매매대금 000원 - (공사비용 000원 + 취•등록세 000원)}만을 지급한 사실 등에 비추어 보면, 이 사건 건물 중 증축된 부분은 증축공사 당시부터 사실상 원고에게 귀속되어 있었다고 보아야 할 것인바, 원고가 홍AA으로부터 이 사건 토지 및 건물을 매수하여 그 소유권이전등기를 마침에 있어 이 사건 건물 중 증축된 부분에 관하여는 별도로 부가가치세의 과세 대상인 재화의 공급이 새로이 이루어졌다고 볼 수 없음에도 불구하고, 원고가 홍AA으로부터 이 사건 토지 및 건물 전체에 대한 매입세금계산서를 수취한 것은 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것이라 할 것이고, 이 부분에 관하여 부가가치세액의 환급을 거부한 피고의 이 사건 처분에는 아무런 위법이 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 가산세 부과 처분에 관하여

구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제3호는 '재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다'고, 구 국세기본법(2011. 5. 2. 법률 제10621호로 개정되기 전의 것) 제47조의4 제2항 제1호는 '부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액은 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액' 이라고 각 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 건물 중 증축 부분에 관하여 홍AA으로부터 재화를 공급받지 않았음에도 이 사건 건물 중 증축 부분을 포함하여 세금 계산서를 수취하고, 위와 같은 부당한 방법으로 이에 관한 부가가치세 환급신청을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이를 세금계산서의 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다르게 적혀진 경우라고 볼 수 없으므로, 피고가 이 사건 건물 중 증축 부분의 공급가액 000원2)의 100분의 2에 해당하는 금액인 000원을 세금계산서 가공 • 위장 가산세로, 환급신청된 부가가치세액 중 이 사건 건물 증축 부분과 관련하여 신고 된 매입세액 000원의 100분의 40에 해당하는 금액인 000원을 부당초과환급신고 가산세로 원고에게 환급될 세액에서 공제한 것에는 아무런 위법이 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.