1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

이 사건 토지 취득 및 취득세 등 감면 경위 원고는 1997. 2. 22. 설립되어 의류 제조업 및 도ㆍ소매업 등을 영위하고 있는 법인이다.

원고는 부산상공산업단지개발 주식회사가 조성한 명례일반산업단지 내 부산 기장군 장안읍 명례리 909-5 소재 토지 16,527.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 5,528,911,100원에 분양받아 2014. 1. 24. 위 사업시행자에게 잔금을 납부하였다.

원고는 2014. 2. 27. 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하면서 구 지방세특례제한법(2014. 1. 21. 법률 제12329호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항을 근거로 취득세 등의 감면신청을 하여 취득세 201,536,400원을 감면받고 감면분에 대한 농어촌특별세 40,037,280원을 납부하였다.

이후 원고는 이 사건 토지 위에 대지면적 16,527.4㎡, 연면적 9,987.2㎡, 4층 공장건물(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 신축하여 2017. 1. 26. 사용승인을 받고 2017. 3. 8. 피고에게 이 사건 공장에 대한 취득가액을 5,405,777,714원으로 하여 취득세 신고를 하면서 지방세특례제한법 제78조 제4항을 근거로 지방세 감면신청을 하여 취득세 151,361,779원을 감면받고 감면분에 대한 농어촌특별세 30,272,350원을 납부하였다.

피고의 이 사건 처분 피고는 2017. 4. 27. 이 사건 토지에 대한 이용실태조사결과 이 사건 토지 전체 면적 중 6,645.5㎡(이하 ‘이 사건 쟁점 토지’라 한다)에 낮은 옹벽이 설치되어 있고, 이 사건 공장 용도로 사용 중인 토지와 산업용으로 미사용 중인 토지가 명확히 구별되며, 이 사건 쟁점 토지상에는 상시 출입이 가능한 출입구가 없는 나대지 상태로 방치되어 있음을 이유로, 원고가 이 사건 쟁점 토지를 취득한 후...