확인된 실지거래가액으로 경정한 처분의 당부

보유기간이 1년이내라고 잘못 판단하여 실지거래가액으로 오류신고하였으나, 양도차익 산정에 관한 기준시가 과세원칙에 따라 자산의 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도 또는 취득 당시의 기준시가에 의해 경정해야 함

소득세법 제96조 양도가액

소득세법 제114조양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지

1. 피고가 2005. 11. 15. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 금 87,082,000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 7. 21. ○○시로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 대 396㎡(이하, '쟁점토지'라 한다)를 금 575,000,000원에 장기분할조건으로 매수하기로 하는 용지매매선수금계약을 체결하고, 같은 해 11. 21. 1차 중도금(첫회부불금) 금 172,500,000원을 지급한 후 2002. 3. 19. 최종잔금을 지급함(분양면적이 위 ○○ 토지 중 395.1㎡로 축소되어 용지매매정산금으로 총 금 573,693,180원 지급)과 동시에 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였으며, 그 전 2002. 3. 7. 소외 ○○○에게 위 토지를 금 795,000,000원에 매도하고, 같은 달 25. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 쟁점토지 양도 후 담당 세무사를 통하여 2002. 4.경 이 사건 토지에 관한 양도소득과세표준 예정신고시(이하, '이 사건 예정신고'라 한다) 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전등기일인 2002. 3. 19.로 상정한 나머지 쟁점토지를 취득후 1년 이내에 양도하는 것으로 잘못 판단하고 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제96조 제1항 제4호에 따라 피고에게 쟁점토지의 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고하였다(원고는 위와 같이 신고를 하면서 피고에게 함께 제출한 양도소득과세표준신고 및 자진납부계산서에 실지양도가액을 원고와 위 ○○○ 사이에 작성된 검인계약서상의 금 610,000,000원, 실지취득가액을 위 용지매매정산금액인 금 573,693,180원, 위 가액들을 근거로 산정한 양도소득세를 금 162,988원으로 기재하였다).

다. 원고로부터 쟁점토지를 매수한 ○○○이 2003. 6. 29. 신○○ 및 정○○에게 쟁점토지를 매도한 후 2004. 5. 31. 양도소득세 확정신고를 하면서 쟁점토지 실지취득가액을 금 795,000,000원으로 신고하였다.

라. 피고는 2005. 10.경 쟁점토지의 실지거래가액을 조사한 결과 원고와 ○○○ 사이의 쟁점토지의 실지거래가액이 금 610,000,000원이 아닌 금 795,000,000원이고, 구 소득세법 제98조 및 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제3호에 의하면 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일이 당해 자산의 취득시기가 되므로, 원고가 쟁점토지를 취득한 시기는 첫회 부불금의 지급일인 1994. 11. 21.이 됨을 확인하였다.

마. 피고는 위 확인결과에 따라 취득시기를 첫회 부불금 지급일인 1994. 11. 21., 양도일을 2002. 3. 25., 실지양도가액을 위와 같이 확인된 실지거래가액 금 795,000,000원, 취득가액을 용지매매정산금 573,693,180원으로 하여 그에 따른 양도차익을 산정한 후 2005. 11. 15. 원고에게 2002년 귀속 양도소득세 금 87,082,000원을 결정·고지하였다.(이하, '이 사건 양도소득세 부과처분'이라 한다).

바. 이에 대하여 원고는 2006. 2. 24. 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 주장하면서 국세심판원에 심판청구를 하여 2007. 1. 18. 국세심판원으로부터 심판청구를 기각하는 결정을 받았고, 위 결정서 정본이 2007. 1. 20.경 원고에게 송달되었다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

구 소득세법 제114조 제2, 4항에서는 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 근거하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 규정하고 있다. 위 규정에 의하면, 원고의 담당 세무사가 쟁점토지의 법령상 취득시기가 1994. 11. 21.임에도 쟁점토지의 소유권이전등기일인 2003. 3. 19.로 잘못 알고 원고의 쟁점토지 보유기간이 1년 미만이라 판단하여 기준시가 적용 원칙의 예외 조항인 구 소득세법 제96조 제1항 제4호에 의거하여 실지거래가액을 근거로 이 사건 양도소득세 예정신고를 하는 오류를 범하였으므로, 원고의 쟁점토지의 보유기간이 1년 이상이라는 사실을 확인한 피고로서는 구 소득세법 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문에 따라 기준시가를 근거로 쟁점토지의 양도소득과세표준과 세액을 경정하여야 할 의무가 있고, 기준시가에 근거하여 쟁점토지에 관한 양도소득세를 산정하면 금 0원이 된다. 따라서 피고가 실지거래가액에 근거하여 원고에게 금 87,082,000원의 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

원고가 원고의 쟁점토지 보유기간을 1년 미만으로 잘못 알고 구 소득세법 제96조 제1항 제4호에 의거하여 실지거래가액을 근거로 이 사건 양도소득세 예정신고를 하였다 할지라도, 원고가 조세부담을 회피할 목적으로 실지거래가액을 허위로 신고한 이상 같은 법 제114조 제4항 단서를 적용하여 피고가 확인한 실지거래가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 소득세법 제96조 제1항, 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 토지의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도 도는 취득 당시의 기준시가에 의하되, 다만 당해 토지가 같은 법 제96조 제1항의 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있는데, 그 중 제6호에서는 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로서 '양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우'를 들고 있으며, 같은 법 제114조 제2, 4항에서는 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 근거하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하되, 다만, 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있다. 위 규정들은 토지를 양도한 경우에 그 양도차익 산정에 관하여 기준시가 과세원칙에 대한 실질과세의 예외로서 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하되, 양도자가 위와 같이 신고한 실지거래가액이 사실과 다른 경우 신고한 가액이 아닌 관할 관청에 의하여 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정하게 함으로써 양도소득세를 부정한 방법으로 포탈하고자 한 행위를 제재하기 위한 것으로 해석되므로, 토지의 양도에 대하여 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우 그 자산의 양도차익 예정신고 또는 과세표준 확정신고시 ① 양도자가 실지거래가액이라고 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되면 그 실지의 양도 및 취득가액에 의하여, ② 신고한 가액이 실지거래가액이 아닌 경우 관할 관청에 의하여 확인된 실지거래 가액에 의하여 양도차익을 산정하되, ③ 위와 같은 신고가 아예 없었다면 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하고, 비록 달리 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의할 것은 아니다.

(2) 이 사건의 경우에 관하여 보건대, 앞에서 인정한 다음과 같은 사정 즉, 원고가 이 사건 예정신고시 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전등기일인 2002. 3. 19.로 잘못 알고 원고의 쟁점토지 보유기간이 1년 이내라고 판단하여 같은 법 제96조 제1항 제4호에 따라 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 대한 증빙서류와 실지거래가액을 근거로 산출한 양도소득세과세표준 및 세액이 기재된 양도소득세과세표준신고서 및 자진납부계산서를 제출한 점, 원고의 쟁점토지 취득시기에 관련된 법령의 내용을 종합하면 원고가 쟁점토지를 취득한 시기는 첫회 부불금의 지급일인 1994. 11. 21.이 되는 점, 만일 원고가 원고의 쟁점토지 보유기간이 1년 이상에 해당한다는 사실을 알았더라면 뒤에서 보는 바와 같이 쟁점토지의 취득당시의 기준시가가 양도당시의 기준시가 보다 더 높은 점을 고려하여 같은 법 제96조 제1항 본문에 따라 원고에게 우리한 쟁점토지의 기준시가를 근거로 이 사건 예정 신고를 하였을 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고는 쟁점토지의 보유기간이 1년 미만이라는 잘못된 전제하에 같은 법 제96조 제1항 제4호의 규정에 의하여 이 사건 예정신고를 한 것일 뿐, 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 이 사건 예정신고를 하지 아니하였다고 봄이 상당하고, 피고의 주장대로 원고가 쟁점토지의 실지거래가액을 허위 신고하였다 하더라도, 같은 법 제96조 제1항 제4호의 규정에 의거하여 한 이 사건 예정신고를 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의한 신고로 전용할 수도 없다 할 것이므로, 피고는 같은 법 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문에 따라 기준시가를 근거로 쟁점토지의 양도소득과세표준과 세액을 경정하여야 할 의무가 있음에도, 그와 달리 같은 법 제114조 제4항 단서를 적용하여 기준시가가 아닌 피고에 의하여 확인된 실지거래가액을 근거로 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다 할 것이다(한편 피고는, 원고가 관련 법령의 무지 또는 착오로 같은 법 제96조 제1항 단서 제4호에 의하여 실지거래가액으로 이 사건 예정신고를 하였다 하더라도, 확정신고기한인 2003. 5. 31.까지 원고에게 유리한 기준시가를 근거로 산정한 양도소득과세표준과 세액을 수정신고할 수 있음에도 이러한 조치를 취하지 아니하였으므로, 피고가 원고 주장과 같이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가를 기준으로 하여 산정하여야 할 의무가 없다고 주장한다. 살피건대, 같은 법 제114조 제2, 4항에서는 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 근거하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하되, 다만, 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의하면, 원고가 관련 법령의 무지 또는 착오로 같은 법 제96조 제1항 단서 제4호에 의하여 실지거래가액으로 신고하고, 확정신고기한까지 쟁점토지의 기준시가를 근거로 산출한 양도소득세과세표준 등을 수정신고하지 않았다 하더라도, 피고가 같은 법 제114조 제2, 4항에 따라 신고내용의 오류를 경정함에 있어서는 앞에서 살펴 본 바와 같이 기준시가를 근거로 양도소득과세표준과 세액을 선정하여야 할 의무가 있으므로, 피고의 위 주장은 이유없다).

(3) 나아가 정당한 세액에 관하여 보건대, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6호증의 각 기재에 의하면, 쟁점토지의 2002. 3. 25. 양도 당시 기준시가는 1㎡당 금 1,150,000원, 1994. 11. 21. 취득 당시의 기준시가는 1㎡당 금 1,290,000원인 바, 이를 근거로 산출된 쟁점토지에 관한 양도소득세는 금 0원이 된다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

[소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)]

소득세법 제94조 양도소득의 범위

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법 제96조 양도가액

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

소득세법 제97조 양도소득의 필요경비계산

①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

소득세법 제98조 양도 또는 취득의 시기자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

소득세법 제114조 양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지

①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

②납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

[구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것)]

소득세법시행령 제162조 양도 또는 취득의 시기

①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

부칙(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법 시행령에 대한 부칙) 제7조

③ 제162조 제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

[소득세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것)]

소득세법시행령 제162조 양도 또는 취득의 시기

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기등을 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다

[소득세법 시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 개정되기 전의 것)]

소득세법시행규칙 제78조 건축물등의 정의

③영 제162조제1항제3호에서 "재정경제부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 영 제157조·제158조에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부·연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 당해 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 인도여부에 불구하고 첫회 부불금지급일의 다음날부터 최종의 부불금 지급일까지의 기간이 1년이상인 것. 끝.