조심2009서2665 (2009.11.16)

감면대상 신축주택 보유상태에 다른주택 양도시 과세특례가 적용될 있는지 여부

신축주택은 1세대1주택 비과세 판정시 거주자의 소유주택에서 제외되었으나 2002.12.30. 관계법령 개정으로 서울특별시에 소재한 주택의 경우 보유주택수에서 제외되는 신축주택에 해당하지 않으므로 비과세 대상이 아니라고 봄이 상당함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고의 부담으로 한다.

피고가 2009. 5. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 24,810,110원의 부과처분을 취소한다(청구취지의 처분일자 '2009. 5. 7.'은 '2009. 5. 1.'의 오기로 보인다).

1. 처분의경위

가. 원고는 △△아파트 재건축조합(이하 '이 사건 주택조합'이라 한다)의 조합원으로 2001. 8. 13. ○○ ○○구 ○○동 670 ☆☆빌 102동 1702호(전용면적 145.83㎡. 이하 '이 사건 신축주택'이라 한다.)를 조합원 공급분으로 공급받는 계약을 체결하여 대금을 납부하고, 2005. 1. 28. 이 사건 신축주택에 대한 사용승인(임시 사용승인일은 2003. 10. 31.)을 받았다.

나. 그런데 원고는 2006. 5. 29. 그 소유인 ○○ ○○구 □□동 738 ◇◇아파트 804동 1301호(이하 '이 사건 양도주택'이라 한다)를 양도하고 2006. 7. 31. 그에 따른 양도소득세로 22,963,820원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 그 후 원고는 2008. 6. 27. 피고에게 이 사건 신축주택에 구 조세특례제한법 (2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다) 제99조의3 제1항 제1호, 제2항의 양도소득세 과세특례가 적용되어 이 사건 신축주택은 구 소득세 법(2006. 3. 3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3호의 규정에 따른 1세대 1주택의 비과세 판정 시 거주자의 소유주택에서 제외되므로, 이 사건 양도 주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 위 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용하여야 한다는 이유로 이미 신고 ・ 납부한 양도소득세 22,963,820원의 환급을 구하는 경정청구를 하여 신고납부 한 양도소득세 전액을 환급받았다.

라. 그 후 피고는 2009. 5. 1. 원고에게 이 사건 신축주택은 구법 제99조의3 제1항 제2호에서 정한 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 이 경우 신축주택이 아닌 다른 주택을 양도하는 경우에는 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이 하, '신법'이라 한다) 부칙 제29조 제1항에 의하여 구법이 아니라 신법이 적용되어 ○○시에 있는 이 사건 신축주택에는 양도소득세 과세특례가 적용될 여지가 없다는 이유로 2006년 귀속 양도소득세 24,810,110원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기

재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 신축주택에 구법 제99조의3 제1항 제1호, 제2항의 양도소득세 과세특례가 적용되어 이 사건 신축주택은 구 소득세법 제89조제3호의 규정에 따른 1세대 1주택의 비과세 판정 시 거주자의 소유주택에서 제외되므로, 이 사건 양도주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 위 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용하여야 하는데도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 재정경제부에서 발간한 '2006 개정 세법 주요내용'에 의하면, '외환위기 이후 건설경기 활성화를 위하여 도입된 신축주택에 대한 양도세 과세특례 제도의 감면혜택이 과도하고, 다주택자를 중과하는 현 부동산 정책방향과 상치되어 이를 시정하고자 신축주택 외 주택 양도 시 당해 신축주택은 소유하지 않은 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하도록 하는 규정은 2007년까지 양도하는 경우에 한해 적용한다.' 는 내용이 포함되어 있고, 이에 따라 2007년까지 신축주택 외 주택을 양도하는 경우에는 당해 신축주택은 소유하지 않은 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되는 내용의 조세관련 행정상의 관행이 확립되었고, 이와 같은 관행이 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 것으로 보임에도 뒤늦게 2007. 12. 31. 이전에 양도가 이루어진 신축주택인 이 사건 양도주택의 양도에 대하여 위 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는다고 해석하는 것은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행에 반하는 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫째 주장에 대하여 살피건대, 구법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)과 자기가 건설한 신축주택(제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였다가 2002. 12. 11. 신법으로 개정하면서 그 양도소득세 감면대상을 '전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안 하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지 역 외의 지역에 소재하는 신축주택'으로 제한하고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 제99조의3 제1항은 법 제99조의3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역이라 함은 ○○시 등을 말한다 고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항(이하 '1세대 1주택 예외규정'이라 한다)은 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니 한다 고 규정하고 있다. 한편, 신법의 시행과 관련하여 위 법률 부칙 제1조, 제2조 제2항은 '양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2003. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용'하고, 그 제29조 제1항은 이 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용 승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고, 종전의 규정을 적용한다 고 각 규정하고 있다. 그런데, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점과 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아닌 점 및 위 각 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, 신법 부칙 제29조 제1항이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을 신법 시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어렵다.

돌이켜 이 사건에 대하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 신축주택은 ○○시에 있고, 이 사건 양도주택은 2006. 5. 29. 양도되었으므로, 이 사건 신축주택이 구법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택에 해당한다 하더라도 이 사건 신축주택이 아닌 원고 소유의 다른 주택인 이 사건 양도주택을 신법 시행 이후 양도한 이 사건에 있어서는 구법 제99조의3 제2항을 적용할 수 없어 ○○시에 소재한 이 사건 신축주택은 1세대 1주택 예외 규정 소정의 보유주택 수에서 제외되는 신축주택에 해당하지 않아 이 사건 양도주택의 양도가 양도소득세 비과세대상이 아니라고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 위 첫째 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 둘째 주장에 대하여 살피건대, 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있는바(대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 등 참조) 갑 제3호증의 기재에 의하면, 2007. 2. 한국세무사회에서 발간한 '2006 개정 세법 주요내용'에 '외환위기 이후 건설경기 활성화를 위하여 도입된 신축주택에 대한 양도세 과세특례 제도의 감면혜택이 과도하고, 다주택자를 중과하는 현 부동산 정책방향과 상치되어 이를 시정하고자 신축주택 외 주택 양도 시 당해 신축주택은 소유하지 않은 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하도록 하는 규정은 2007년까지 양도하는 경우에 한해 적용한다.'는 조세특례제한법 제99조, 제99조의3 관련 개정내용 및 개정이유가 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 나아가 위와 같은 개정이유로 인하여 2007년까지 신축주택 외 주택을 양도하는 경우에는 당해 신축 주택은 소유하지 않은 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되는 내용의 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 확립되었다거나, 이와 같은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 것으로 보기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로(더구나, 원고가 이 사건 양도주택을 양도한 것은 위와 같은 '2006 개정 세법 주요내용'이 발간되기 전인 2006. 5. 29. 이어서 위와 같은 개정 세법의 개정이유 등을 신뢰하고 위 양도주택을 양도하였다고 보기도 어렵다), 위 둘째 주장도 나아가 살펴 볼 필요 없이 받아들이기 어렵다.

(3) 따라서이와결론을같이한피고의이사건처분은적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.