1. 피고가 2015. 3. 6. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 426,802,190원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 고양시 덕양구 B에 위치한 교회로서, 대표목사인 C로부터 2006. 12. 1. 증여받은 고양시 덕양구 D 잡종지 1,002㎡, B 종교용지 331㎡(이하, 이를 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에 대하여 2009. 12. 30. 한국토지주택공사에게 2009. 12. 29.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료해준 후 양도차익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보고 C 명의로 2010. 2. 26. 양도소득세 비과세 신고를 하였다.

나. 한편 C은 2001. 12. 18. 피고로부터 이 사건 부동산 중 고양시 덕양구 B를 사업장 소재지로 한 원고에 대하여 법인으로 보지 않는 고유번호 E을 부여받았었는데, 이 사건 부동산 양도일 이후인 2010. 1. 22. 법인으로 보는 단체 등록 승인신청을 하여 2010. 1. 28. 고유번호 F을 부여받았으며, 2010. 2. 3. 위 고유번호 E에 대하여는 법인전환을 위한 폐업신고를 하였다.

다. 피고는 2015. 3. 6. 원고가 이 사건 부동산을 양도할 당시를 기준으로 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로 이 사건 부동산의 양도에 대하여 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당한다고 보아 양도소득세 426,802,190원의 부과처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 2015. 6. 3. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2015. 12. 4. 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 11호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항은 원고와 같이 국세기본법 제13조 제2항 규정이 적용되는 경우 법인의...