1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 B의 후손들로 구성된 종중으로, 2011. 4. 28. 피고로부터 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받고, 2011. 5. 19. 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조, 제111조에 따라 수익사업인 부동산 임대업을 2011. 7. 18.부터 개시하는 것으로 사업자등록을 한 후, 2012. 3. 31. 위 수익사업에서 발생한 소득을 과세표준으로 하여 2011년 사업연도 법인세 12,632,197원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 원고는 위와 같이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인 받기 전인 2011. 3. 16. 한국토지주택공사에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 정한 협의절차에 따라 양주시 C 외 31필지 토지(위 토지를 모두 합하여 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매도하고, 소득세법상 1거주자의 지위에서 양도가액인 2,323,038,770원에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 그 후 원고는 2017. 3. 31. 피고에게 이 사건 토지의 양도소득을 원고의 최초사업연도인 2011년 사업연도의 손익에 산입하여 2011년 사업연도 법인세 1,197,621,260원(가산세 포함)을 수정신고(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다)하면서 기 납부한 양도소득세 2,323,038,770원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 라.

이에 피고는 위 경정청구를 받아들여 위 양도소득세 2,323,038,770원에서 이 사건 수정신고에 따른 2011년 사업연도 법인세 1,197,621,260원을 충당하고 남은 1,125,417,520원을 원고에게 환급하였다.

마. 그 후 원고는 2017. 4. 5. 다시 피고에게 이 사건 토지 중 양주시 D외 2필지(이하 ‘쟁점토지’라 한다)가 3년 이상 원고의 고유목적사업에 직접 사용되어 과세대상에서...