원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 선교활동을 목적으로 설립된 단체로서 2000. 5.초 국세기본법 제13조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’(비영리국내법인)의 승인신청서를 제출하여 피고(군산세무서장)로부터 승인통지를 받고, 2000. 5. 12. 사업자등록을 하면서 사업자등록번호(C, 법인으로 보는 단체의 고유번호)를 부여받았다.

나. 원고는 2002. 11. 12. 군산시 D, E 토지를 매입하였고, 2003. 6. 5. F 토지(이하 3필지 토지를 총칭하여 ‘이 사건 교회부지’)를 매입한 후 2003. 8. 13. 이 사건 교회부지 위에 교회건물(이하 ‘이 사건 교회건물’)을 짓기 위한 건축허가를 받았고, 2003. 8. 22. 신축공사를 시작하여 2004. 3. 3. 이 사건 교회건물을 완공하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 한편, 원고의 대표자의 신청에 의하여, 2003. 9. 5. 원고에 대하여 법인으로 보는 단체의 고유번호(위 C)가 부여된 부분에는 폐업신고가 되고, 같은 날 원고에 대하여 소득세법상의 고유번호(G, 개인으로 보는 단체의 사업자등록번호)가 부여되었다. 라.

원고는 2011. 12. 27. 이 사건 교회부지와 이 사건 교회건물(이하 합하여 ‘이 사건 부동산’)을 H에 있는 I지역주택조합에 거래가액 1,405,000,000원에 양도하였다.

마. 피고는, 이 사건 부동산의 양도 당시 원고가 국세기본법 제13조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’에 해당되지 아니한다는 이유로 원고를 소득세법상 거주자로 보고, 2014. 1. 15. 원고에게 이 사건 부동산 처분에 관한 2011년 귀속 양도소득세로 92,186,380원을 결정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’). 바. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 31. 피고에게 이의신청을 한 후 2014. 5. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 10. 17. 그 청구가 기각당하자, 2014. 12. 26. 이 사건 소를...