1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 주식 양수 원고는 2010. 12. 29. B로부터 주식회사 C(변경 후 상호 ‘주식회사 D’, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 주식 24,454주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 평균한 순자산가치와 순손익가치를 가중평균한 가액인 1주당 96,790원으로 평가하여 2,366,900,193원에 양수하였다.

나. 피고의 세무조사결과 통지 피고는 2015. 2.경 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 주식양도인인 B가 원고의 특수관계자에 해당하고, 이 사건 회사가 주식 양도 이전부터 사실상 영업활동을 중단한 휴업ㆍ폐업 중인 법인이므로, 위 회사의 주식을 순자산가치인 1주당 163,817원으로 평가하여 합계 4,005,980,918원으로 보아야 하고, 결국 원고가 특수관계자로부터 그 차액인 1,639,080,720원의 유가증권을 저가매입한 경우에 해당한다는 이유로 이를 익금에 산입하여 법인세를 부과하겠다고 통지하였다.

다. 원고의 과세전적부심사 청구 1) 원고는 2015. 5. 12. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였고, 이에 피고는 2015. 7. 23. 국세심사위원회 심사를 개최하였는데(이하 ‘제1차 심사’라 한다

), 위 제1차 심사에서 국세심사위원회는 원고가 청구한 안건 중 이 사건 회사가 휴업ㆍ폐업 중인 법인에 해당하는지 여부에 관하여 과반수로 채택 의견을 냈다. 2) 이후 피고는 위 제1차 심사결과가 법령이나 종전의 법령해석 등에 배치되는 경우라고 보아 2015. 7. 29. 국세심사위원회 심사를 다시 개최하여(이하 ‘제2차 심사’라 한다) 이 사건 회사의 휴ㆍ폐업법인 해당 여부에 관한 안건을 재상정하였으나, 국세심사위원회는 2차 심사에서 위 안건에 관하여 과반수로 불채택 의견을 냈다.

3 피고는 2015. 7. 31. 과세전적부심사 결정에서 제2차 심사결과에 따라 위...