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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 농ㆍ축ㆍ수산물 제조, 가공, 판매업 등을 영위할 목적으로 설립된 회사로서 2011. 4. 19. 논산시 소재 강경농공단지 개발사업의 사업시행자인 피고와 사이에 원고가 강경농공단지 부지에 농산물 가공 공장을 설립하고 총 1,500억 원을 투자하며, 피고는 원고의 사업을 지원하기로 하는 내용의 투자계약을 체결하였다.
나. 원고는 2013. 4.경 강경농공단지 개발사업 사업시행자 명의를 피고에서 원고로 변경하는 내용의 사업시행자 명의 변경 신청을 하여 그 승인을 받고, 2013. 6. 4.경 피고로부터 시유재산인 강경농공단지 편입 토지를 매수하였다.
다. 원고는 2014. 6. 20. 주식회사 선경이엔씨와 공장신축공사도급계약을 체결한 후 2015. 7. 8.경 위 단지 내에 면적 15,035.65㎡의 공장을 완공(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)하였다. 라.
원고는 2015. 7. 14. 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 ‘개정 지방세특례제한법’이라 한다) 부칙 제25조 및 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제78조 제4항에 따라 이 사건 공장 신축에 따른 취득세 감면신청을 하여 취득세 전액을 면제받았다.
마. 피고는 2016. 8. 16. 원고에 대하여 ‘원고는 사업시행자로서 구 지방세특례제한법 제78조 제4항이 아닌 개정 지방세특례제한법 제78조 제3항 및 충청남도 도세감면조례 제7조의2에 따라 취득세 경감률 100분의 60이 적용되어야 함에도 취득세 100분의 40이 과다 경감되었다’는 이유로 과다 경감된 취득세 등에 대한 과세 예고를 하였다.
바. 피고는 2016. 9. 20. 원고에게 이 사건 공장 취득에 따른 면제된 취득세 128,668,510원(가산세 포함), 지방교육세 7,352...