토지관련매입세액 불공제 처분의 적법 여부

부가가치세법 소정의 "토지관련매입세액" 부분이 위헌 규정이라 볼 수 없고, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켰다 할 것이므로 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

부가가치세법 제17조 납부세액

부가가치세법 시행령 제60조매입세액의 범위

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 4. 21. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○시 ○○면 ○○리 산 20-2에서 골프장업을 영위하는 사업자로서, 아래 표 기재와 같이 2003년 제1기부터 2004년 제1기까지 법정기한 내에 부가가치세를 신고 · 납부하였다.

나. 원고는 2006. 2. 21. 피고에게 '위 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 불공제한 토지관련 매입세액이 공제되어야 한다.'고 주장하면서 아래 표 기재와 같이 합계 812,317,350원을 환급해 달라는 내용으로 위 각 과세표준 신고의 환급세액을 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2006. 4. 21. 이를 거부하는 경정청구 거부처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

과세기간

기확정 납부(환급)세액

(A)

감액경정청구 내역

추가 B환급청구액

(B)

경정 후 세액

(A-B)

2003년 제1기

-829,526,566원

451,945,238원

-1,280,812,204원

2003년 제2기

-935,278,316원

311,997,269원

-1,247,275,586원

2004년 제1기

-1,359,134,435

48,374,843원

-1,407,509,278원

합계

-3,123,939,317

812,317,350원

-3,936,256,567원

다. 원고는 이에 대하여 2006. 7. 11. 국세심판원에 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 9. 25. 기각결정을 하였고, 원고는 2006. 10. 12. 위 기각결정 통지서를 수령하였다.

인정근거 갑제1 내지 7호증, 을제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분의 근거가 된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액" 부분은 평등의 원칙, 재산권 보장, 조세법률주의 등 헌법상 보장된 기본권과 헌법 원리에 위배된 위헌인 규정이므로, 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 부가가치세법 제 17조납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제60조매입세액의 범위

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 판단

(1) 관련 규정의 입법 연혁

1) 1993. 12. 31. 법률 개정 전

부가가치세의 납부세액을 산정함에 있어서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출을 매입세액으로서 공제할 것인지 여부(이하 '이 사건 쟁점'이라 한다)에 관하여, 불공제 매입세액을 규정한 구 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 4663호로 개정되기 전의것) 제17조 제2항 제4호가 단지 "제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(추자에 관련된 매입세액을 포함한다)" 이라고만 규정하고 있었기 때문에, 당초 과세관청은 공제가 가능하다는 입장이었으나, 1991. 12. 31. 대통령령 제13452호로 개정된 구 부가가치세법 시행령은 제60조 제6항으로 "법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다."라는 규정을 신설함에 따라 그 후 과세실무는 불공제하는 것으로 운영되어 왔다.

위화 같은 법령의 규정 상황에서 이 사건 쟁점에 관하여 공제를 찬성하는 견해(이하 '공제설'이라 한다)와 반대하는 견해(이하 '불공제설'이라 한다) 사이에 치열한 논쟁이 벌어졌지만, 서울고등법원 1993. 12. 2. 선고 93구11915 판결은 공제설의 입장에서 불공제설에 입각한 과세처분을 취소하였고, 그에 대한 상고심인 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결의 다수의견도 공제설의 입장에서 과세관청의 상고를 기각하였다.

2)1993. 12. 31. 법률 개정 후

한편, 위화 같은 논쟁의 와중에 19963. 12. 31. 법률 제4663호로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호는 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라고 개정되었고, 그에 따라 1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항도 "법 제17조 제2항 제4호에서 '대통령령이 정하는 토지관련 매입세액'이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다."라고 개정되었다.

그 후 위 시행령 규정상의 "토지의 조성 등을 위한 자본적 지출"의 의미와 범위가 다시 다투어지자, 대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결은 그에 관한 기준을 제시하였고, 이를 기초로 하여 2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항이 현행대로 개정되기에 이르렀다.

(2) 매입세액 공제부인의 취지와 그 후속 처리

우리나라는 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루러지도록 하기 위하여 부가가치세 과세방법으로서 소위 '전 단계 세액 공제법'을 채택하여, 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하고 있다. 그러나 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니고, 공제가 부인되는 매입세액이 있는데, 이는 크게 ① 의무를 태만하였거나 불이행함으로 인하여 공제하지 아니하는 매입세액{부가가치세법 제17조 제2항 제1호 · 제1호의2(세금계산서 미제출 등의 매입세액)}과 ② 거래의 성질에 따라 공제하지 아니하는 매입세액{같은 항 제2호(사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액), 제3호(비영업용 소형승용차의 구입과 유지에 관한 매입세액), 제3호의 2(접대비 등의 지출에 관련된 매입세액), 제4호(면세사업에 관련된 매입세액 및 토지관련 매입세액)}으로 구분된다.

공제부인 되는 매입세액의 처리는 공제부인 사유에 따라 차이가 있는데, 이 사건에서 문제되는 제4호 사유에 의한 경우에는, 공제부인 된 매입세액이 자산의 취득 또는 자본적 지출에 관련된 것인 때에는 그 자산의 취득원가에 산입되므로, 그 자산이 고정 자산인 경우 상각자산은 감가상각을 통하여 비용으로 처리되고, 비상각자산은 그 자산의 양도 시 양도차익을 산정함에 있어 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되며, 그 자산이 재고자산인 경우 사용 · 소비를 통해 비용으로 처리된다. 공제부인 되는 매입세액이 비용의 지출(수익적 지출)에 관련된 것인 때에는 당해 사업연도 손금으로 비용처리 된다.

(3) 토지의 특별한 성격

토지는 별도의 생산과정을 거치지 않아도 바로 사용할 수 있다는 의미에서 부가가치를 창출하는 본원적 생산요소일 뿐, 토지에 관한 권리변동으로 인해 새로운 부가가치가 창출되는 것은 아니므로, 토지 자체의 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된(부가가치세법 제12조 제1항 제12호).

한편, 법인세법 시행령 제31조 제2항 및 소득세법 시행령 제67조 제2항은 "자본적 지출"이라 함은 법인(사업자)이 소유하는 고정자산의 내용연수(耐用年數)를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말한다고 규정하고 있으나, 토지는 그 영구성이라는 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 상정하기 어려우므로, 토지에 대한 자본적 지출은 토지의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 의미한다.

토지에 관한 자본적 지출로서 공제 부인되는 매입세액은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되고, 토지는 비상각자산이므로 당해 토지를 처분할 때 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되거나(소득세법 제97조 제1항 제2호, 동법 시행령 제163조 제3항 제3호), 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수된다.(소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호, 법인세법 시행령 제19조 제2호).

(4) 이 사건 쟁점에 관한 대법원 1995. 12 .21. 선고 94누1449 전원합의체 판결에서 다수의견은 매입세액의 불공제에 관한 부가가치세법 제17조 제2항 각호의 규정은 제한적 · 열거적 규정으로서, 토지에 관한 자본적 지출을 매입세액에서 공제하기 위하여는 그 자본적 지출의 세무회계 혹은 세법에서의 취급의 특성에도 불구하고 명문의 규정이 있어야 비로소 가능하고, 명문의 규정이 없음에도 매입세액의 공제를 부인하는 것은 조세법률주의에 위반된다고 보았던 반면(공제설), 반대의견은 부가가치세법 제17조 제2항 각호의 규정이 예시적 규정에 불과하고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 면세제도에 관한 규정인 동법 제12조에 의하여 공제를 부인하여야 하며, 만약 공제를 허용한다면 그 매출세액이 면제됨에도 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 이는 법률의 규정 없이 영세율의 적용을 인정하는 것이 됨으로써 오히려 조세법률주의에 위반되며, 1993. 12. 31. 법률 제4663호 및 대통령령 제14081호로 각 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제60조 제6항은 동법 제12조의 토지 면세제도의 기본원리를 확인한 것에 불과하다고 보았다(불공제설).

위와 같은 공제설과 불공제설의 실질적인 차이는 결국 '토지 관련 자본적 지출에 대한 매입세액이 바로 부가가치세 납부단계에서 회수되느냐 아니면 당해 토지의 양도단계로 이연되어 회수되느냐'로 귀결되는데, 이는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속한다.

(5) 따라서, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액" 부분이 헌법상 평등의 원칙, 재산권 보장의 원칙, 조세법률주의의 원칙에 반하는 위헌 규정이라고 할 수는 없다.

(6) 한편, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건에서 원고가 토지관련 매입세액으로서 주장하는 비용은 골프장 조성공사에 소요된 비용인 것으로 보인다. 골프장 조성공사를 하면서 잔디 · 수목 식재공사와 그린 · 티 · 벙커 조성공사를 한 것은 골프장 용지의 조성에 필수불가결한 것으로서 그 공사로 식재 또는 조성된 잔디 · 수목, 그린 · 티 · 벙커는 당해 골프장의 토지에 부합되어 토지와 일체를 이룸으로써 골프장용지의 구성부분이 되는 것이고, 그와 같은 토지의 개량을 통해 토지의 가치는 현실적으로 증가되었다고 할 것이므로, 원고가 골프장 조성공사에 지출한 비용은 "토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액"(부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제3호)에 히당하여(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결), 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 관계법령에 따른 것으로 적법하다 할 것이므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.