조심2014전5645(2015.06.11)

재고자산차이를 매출누락으로 간주하여 부과처분함은 부적법함

재고차이가 사외유출되었음을 인정할 증거가 없으며 재고차이에 해당하는 매출이 2011 사업연도에 원고에게 발생하였다는 점에 대한 입증이 없는 이상 매출발생사실을 전제로 한 피고의 과세처분은 과세요건의 입증 없이 이루어진 것이므로 위법함

국세기본법 14조, 법인세법 제15조, 제67조

대전지방법원-2015-구합-1993(2016.04.28)

AAAA 주식회사

예산세무서장

2016.03.31.

2016.04.28.

1. 피고가 2014. 7. 29. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 000,000,000원 부과처분 중 00,000,591원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 000,000,843원 부과처분 중 00,000,797원을 초과하는 부분, 2011사업연도 농어촌특별세 000,000,632원 부과처분 중 00,000,313원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 피고가 2014. 7. 29. 원고에 대하여 한 2011년도 1기분 부가가치세 000,000,010원 부과처분, 2011년도 2기분 부가가치세 000,000,300원 부과처분을 각 취소한다.

3. 피고가 2014. 7. 29. 원고에게 한 소득자를 송한주 및 김근수, 2011년 귀속 소득금액을 0,000,000,833원으로 하는 소득금액변동통지를 취소한다.

4. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1900. 0. 00. 설립되어 내화 요업제품 제조업 등을 영위하는 법인이고, 2009년 4월경 **공장을 준공하면서 알루미늄사업을 최초로 개시하였다.

나. 대전지방국세청장(이하 '조사청'이라 한다)은 2013. 11. 12. 부터 2014. 1. 20. 까지 원고에 대하여 통합세무조사를 실시한 결과, 2011년 원고의 알루미늄 사업부가 실지재고조사로 확인한 실지 재고액과 장부상 재고액의 차이 0,000,000,000원 상당액(이하 '쟁점재고차이'라 한다)을 제조과정에 투입된 근거 없이 원재료비로 계상하였다고 하면서 이를 매출누락으로 간주하여 익금산입(대표자 상여처분)하여 법인세와 부가가치세를 부과하도록 2014. 1. 28.경 과세 예고통지하였다.다. 원고는 조사청의 위 조사결과에 불복하여 과세 전 적부심사청구를 하였으나 인용되지 않았고 피고는 알루미늄 사업부의 쟁점재고 차이분을 매출누락으로 간주하여 법인세법상 익금산입하고, 대표자 상여로 처분함과 동시에 부가가치세 매출세액의 누락으로 보아 2014. 7. 29.경 2011년도 법인세 000,000,000,000원, 농어촌특별세 000,000,000원, 2012년도 법인세 000,000,000원, 2009년도 2기분 부가가치세 000,000원, 2010년도 1기분 000,000원, 2010년도 2기분 000,000,000원, 2011년도 1기분 000,000,000원, 2011년도 2기분 000,000,000원, 2012년도 1기분 000,000,000원, 2012년도 2기분 000,000,000원, 2009년도 000,000,000원의 소득금액변동통지, 2010년도 00,000,900원의 소득금액변동통지, 2011년도 000,000,000원의 소득금액변동통지, 2012년도00,000원의 소득금액변동통지의 각 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 2014. 8. 7. 피고의 각 과세처분 통지서를 송달받고, 2014. 9. 4.경 피고의 각 과세처분에 불복하여 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2015. 6. 11. 일부 인용 결정(원고가 신국제금속으로부터 수취한 2010. 6. 4.자 매입세금계산서 공급가액 00,029,500원과 주식회사 사람과 자연으로부터 수취한 2012. 2. 10.자 및 2012. 2. 18.자 각 매입세금계산서 공급가액 합계 00,000,000원을 각 해당 사업연도 손금에 산입하여 법인세 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지금액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다는 내용의 결정)을 하였다.

마. 이에 따라 피고는 2015. 7. 15. 2011년도 법인세에 대한 당초결정세액을 0,000,051원 감액경정하였고, 2012년도 법인세에 대한 당초결정세액도 0,000,393원 감액경정하여 2011 사업연도 법인세는 000,000,410원, 농어촌특별세는 000,000,632원, 2012년도 법인세는 000,000,843원으로 각 감액되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 피고가 주장하는 이 사건 처분의 근거

원고의 알루미늄 사업부의 손익계산서상 2011년도 매출총익이나 영업이익이 다른 사업연도에 비해 현저히 감소하였고 2011년도 단위당 원재료비도 다른 사업연도에 비해 증가하였는데, 원고가 제출한 배합비율 샘플을 토대로 제품 생산수량에서 역산하여 원재료 추정투입수량을 구하고, 여기에 평균매입단가를 곱하여 해당 사업연도별 투입원재료비를 추정(이하 '투입원재료비 추정금액'이라 한다)한 결과 2009년과 2010년의 투입원재료비 추정금액은 원고가 해당 사업연도 법인세 신고시 계상한 원재료비와 크게 다르지 아니하여 2009년과 2010년 사업연도 법인세 신고시 계상된 원재료비 외에 추가 원재료 투입이 있었다고 보기 어려운 반면, 2011년도에 발생한 쟁점재고차이에 대하여 원고가 위 차이의 상당 부분이 2009년과 2010년에 이미 생산과정에서 투입되어 반영되었다는 점에 대한 객관적인 증빙을 제출하지 못하였으므로 이를 매출누락으로 간주하여 익금산입(대표자 상여처분)한 이 사건 처분은 정당하다.

나. 원고의 주장

과세요건사실은 과세관청이 입증해야 하고 단순히 재고차이가 존재한다고 하여 구체적인 근거 없이 이를 매출누락으로 인정할 수 없는 것인데, 2011 사업연도에 쟁점재고 차이분에 해당하는 매출이 원고에게 발생하였다는 점에 대한 입증이 없고 피고가 사외유출의 근거자료를 확보하지 못한 이상 피고가 원고의 쟁점재고차이를 매출누락으로 인정하여 사외유출로 판단함으로써 과세처분한 것은 부당하다. 나아가 피고가 투입원 재료비 추정금액의 계산에 사용한 샘플 배합비율은 원고가 2012년에 적용한 배합비율 중 일부에 지나지 않고 실제 투입원재료비와 상당한 차이가 있으므로 피고의 투입원재료비 추정금액 산정은 불합리하다.

다. 판단

1) 이 사건 쟁점재고차이가 원고의 매출누락에 의하여 발생하였는지 여부 가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하고, 법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이다. 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이며(대법원 2003. 6. 24. 선고 2001두7770 판결 등 참조), 장부상 계산된 재고수 량과 실지 재고수량 사이에 차이가 발생하였다는 사정만으로 그러한 재고부족이 매출누락에 기인한 것임을 인정할 증거가 없다면 재고부족분이 있다고 하더라도 어느 매출처에 판매되었는지 및 매출수익이 얼마인지에 대한 과세자료가 없는 상태에서 매출누 락사실을 추인하게 하는 사정을 인정할 증거가 없이 재고부족을 매출누락으로 단정할 수 없다.

한편 국세기본법 제16조는 과세관청이 국세를 조사, 결정함에 있어서 납세의무자가 비치・기장한 장부 및 이에 관계되는 증빙자료에 의하도록 규정하고 있으며, 과세관청이 납세의무자의 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정할 때에는 그 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다고 규정하고 있는바, 과세관청이 과거의 특정 사업연도 말을 기준으로 하여 재고자산을 실지조사한 결과 재고자산 수량부족분이 발견되었다면 그와 같은 재고자산 수량부족분이 당해 사업연도 또는 그 이전 사업연도에 매출된 것이라는 점에 관해 입증함이 타당하다. 한편 법인의 소득금액에 산입되는 매출누락이라 함은 납세의무자가 실제 매출을 하고서도 이를 장부에 계상하지 아니하는 것을 말하는데, 과세관청이 재고자산의 수량차이가 실제 사외유출되어 매출누락되었다고 특정하기 위해서는 법인의 장부인 판매일지나 매입매출장, 세금계산서 등을 함께 검토하여 이를 확인하여야 하고, 단순히 재고자산 수량차이가 있다는 사유만으로 이를 곧바로 매출누락으로 간주할 수는 없다고 할 것이다.

나) 위와 같은 법리를 바탕으로 이 사건 처분의 경위에 갑 제 9, 10, 11, 12, 13, 14, 20호증, 을 제 5 내지 8호증의 각 기재, 증인 윤**, 정**의 각 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 재고차이가 원고의 매출누락에 의해 발생하였는지에 관한 과세관청인 피고의 입증이 부존재하거나 부족하다.

(1) 원고는 알루미늄 제품 생산 부문으로 사업 영역을 확장하기 위하여 2009년 4월에 **공장을 준공하면서 처음으로 알루미늄 관련 사업을 시작하였는데, 공장 가동을 시작한 이래 2011년 3월경 전체적인 재고조사가 이루어지기 전까지는 1개월 간격으로 육안으로 대략적인 중량을 가늠, 측정하는 목측(目測) 방식으로 재고조사를 실시하였다. 원고 회사의 **공장에서는 알루미늄 사업 초기에 자재 보관장을 구비하지 못한 상태에서 입고된 대부분의 자재를 벌크(bulk)상태로 야적장에 쌓아두는 형태로 보관하였다.

(2) 알루미늄 제품 생산에 사용되는 주된 원자재는 샤시, 칩, 캔, 테인테보르 (Taint-Tabor), 텐스(Tense) 등 주로 알루미늄 고철류 자재인데, 위 자재들은 고철류의 특성상 형태나 품질이 균일하지 않고, 자재에 유분이나 수분, 먼지, 흙, 플라스틱 등과 같은 이물질이 상당히 포함되어 있으며 특히 칩류 같은 경우 공장에 입고될 당시 수분을 다량 함유하고 있어 수분 감소로 인하여 입고 시점과 실제 알루미늄 생산에 투입되는 시점 사이에 일정한 중량 손실이 발생하게 된다. 이와 같은 원자재의 특성상 재고 관리의 정확성을 증진하기 위해서는 자재의 입고 단계에서 일정한 검수 기준에 의한 검수를 통해 이물질이 다량 포함된 불량 원재료나 칩류와 같이 수분증발로 인하여 중

량 감소가 발생할 수밖에 없는 자재의 경우 적절하게 감가하는 작업이 필요함에도 원고회사 **공장의 경우 검수 및 감가기준이 체계적으로 확립되어 있지 않아 현장담당자인 생산과장에 의하여 임의로 불량품검수나 감가작업이 이루어졌다.

(3) 이렇듯 중량손실이 수반되는 원재료의 특성으로 인하여 원고와 원재료를 공급하는 거래처 사이의 중량 및 재료 함량 문제 등으로 인한 클레임이나 반품 요구도 빈번하게 발생하여 원고가 원재료 반입시에 다량의 이물질 등이 함유된 것을 확인하고, 해당 구매처에 구매가격 및 구매중량을 인하하는 절차를 취하는 경우가 빈번하였다.

(4) 원고는 간헐적으로 위와 같은 이물질, 수분 포함 등으로 인한 장부상 재고와 실제 재고상의 차이를 해당 재고 부족분이 생산에 투입된 것으로 장부나 원가에 반영하는 방식으로 처리하였다.

(5) 2010년 말 원고의 손익관리업무를 담당하고 있는 경영지원부 기획팀과 알루미늄 사업부가 공동 실시한 육안재고 조사 결과, 수불부 재고와 실물재고 간 상당한 차이가 있음이 발견되어 알루미늄 사업부에 대해서 전면적인 실측 재고조사 지시가 내려졌다. 이에 따라 원고 알루미늄 사업부와 경영지원부 기획팀은 2011년 3월경부터 2011년 11월경까지 함께 집게차 등을 이용하여 원재료 및 제품 중량을 측정하는 대대적인 실측 재고조사를 여러 차례 실시하였고 실측 재고조사를 할 때마다 장부상의 재고와 실측 재고 간 차이가 발견되었다. 위 실측 재고조사를 통해 이전까지 인지하지 못하였던 쟁점재고차이 0,000,000kg (0,000,000,000원 상당의 금액)가 누적되어 있었음이 판명되었다.

(6) 원고는 재고조사 실시에 따른 후속조치로 재고부족분에 대한 원인분석을 진행하였는데, '원재료를 생산현장에서 실제 투입했음에도 불구하고 해당 투입량 기록을 누락, 입고와 출고 당시 계근 중량 차이'가 재고부족의 원인으로 지적되었다. 원고의 경영진은 입고중량이 어느 공정에서 어떠한 사유로 인해 얼마만큼의 차이가 발생하였는지 여부 및 향후 관리방법에 대한 재고방안을 개발하여 더 정확한 원인을 파악한 후 동일한 사태의 재발을 방지할 것을 지시하였다. 이에 따라 당시 원고회사 **공장의 생산과장이었던 윤**은 2011. 5. 20. 경 재고부족사유를 다음과 같이 보고하였다. (7) 재고실측조사 결과 원고회사 **공장의 장부상 재고와 실측 재고 간의 차이는 자재 입고시 정확한 검수 작업이 실시되지 못하여 불량 원재료가 입고되었음에도 불구하고 정식으로 내부보고를 하거나 거래처에 클레임을 제기하는 등의 업무가 원활히 처리되지 못하여 발생한 것임이 판명되자, 생산과장 윤**은 2011. 4. 26.자로 경위서를 작성, 제출하였고, 2011. 6. 8.에는 정확한 감가기준이 설정되지 않은 상태에서 입고된 원재료를 검수 후 임의로 감가, 감량하여 장부상 재고와 실물재고 간 차이를 발생하게 하였다는 점 및 쟁점재고차이가 생산현장에서 계량표를 작성할 때 사용량 기재를 누락하거나 입출고 계량의 차이 및 재고관리에 대한 인식부족에서 기인하였다는 내용의 임의감량감가 사유서와 재고부족사유서를 작성하여 제출하였다.

(8) 결국 이와 같은 재고관리상의 미흡에 대한 책임을 물어 원고는 **공장 생산과장 윤**(2011. 8. 31.자로 퇴사). 공장장 정**(2012. 8. 27.자로 퇴사), 관리차장 이**(2011. 12. 31.자로 퇴사)을 각 퇴사조치하였다.

(9) 이후 원고는 재고부족분이 발생한 것에 대한 개선방안을 모색하면서 아래와 같이 구체적인 대책방안을 강구하였다.

(10) 나아가 원고는 원재료 등이 알루미늄 사업부 야적장에 벌크 상태로 야적되어 재고관리가 제대로 이루어지지 못한 점을 개선하기 위하여 2011. 12.경부터 원재료 보관장 레이아웃(칸막이)을 설치하고 팻말 부착 및 번호 부여를 통해 각 레이아웃에 보관되어 있던 일정량의 원재료가 소진되는 즉시 장부상 재고와 실물 재고를 비교하여 재고차이를 조정하는 기준을 정립하였다. 이에 따라 육안상으로도 각 레이아웃에 보관된 원재료를 수월하게 식별할 수 있게 되었고, 원재료 검사기준을 통해 매일 입고되는 원재료에 대한 이물질 함량 여부를 확인하여 정확한 감가감량을 수행하고 불량 정도에 따라 입고, 클레임 또는 반품여부를 판정하여 보고하는 절차를 확립하게 되었다.

(11) 원고의 알루미늄 사업부가 원재료를 제품생산에 사용하지 않고 그 자체를 매각한 경우는 주로 클레임이나 반품처리조차 불가능할 정도로 원재료 상태가 매우 좋지 않은 경우로서(예컨대 갑 제9호증의 2는 알루미늄 사업부의 원재료 매각에 대한 기안 용지인데, 그 내용에 따르면 SM 트레이딩에서 입고된 TAINT-TABOR가 판 사이에 고무가 들어 있어 환경민원문제, 집진기 소손, 회수율 저하 등의 이유로 원료로 사용불가하므로 매각하고자 한다는 취지이다), 결국 원고가 원재료 자체를 매각하는 일은 원재료로서 활용도가 인정되지 아니하는 등 특별한 경우에 이루어졌고, 그러한 경우에도원고는 매각품의서 등 관련 증빙서류를 작성한 후 매각하여 왔던 것으로 보인다.

(12) 한편 피고는 2013년 말부터 2014년 초까지 약 70여 일에 걸쳐 원고에 대한 세무조사를 실시하면서 그 기간 동안 원고의 경비일지, 작업일지, 알루미늄 사업부 원재료 구매처로부터의 매입액 및 대금지급증빙, 알루미늄 사업부 제품의 매출처에 대한 매출금액 및 대금회수증빙 등을 모두 제출받아 검토하였고, 원고의 본사 및 알루미늄 사업부가 위치한 **공장을 직접 방문하여 관련 직원들의 자료를 예치하고 원재료 구매처에 직접 확인서를 발송하여 가공매입 여부를 조사하는 등 매출누락의 혐의를 포착하기 위한 다각적인 검토를 실시하였으나 가공매입사실이나 장부상 기재 없는 자재 외 부반출 사실, 무자료 거래 등의 혐의를 포착할 만한 거래내역 등 별다른 자료를 발견하지 못하였다.

(13) 특히 피고가 사외유출되었다고 주장하는 쟁점재고차이는 야적장에 벌크 상태로 적치되어 있던 0,000톤에 상당하는 원재료 재고로서, 이를 외부반출하기 위해서는 25톤의 초대형 트럭 약 54~55대 상당이 회사를 빠져나가야 반출할 수 있는 양인데, 당시 원고회사 **공장에서는 상시적인 용광로의 가동을 위해 주간과 야간 및 주말에도 작업이 이루어졌고 공장에 용광로를 감시하는 1명 이상의 관리자가 항시 근무하고 있었던 점 및 7-8대의 CCTV가 가동되고 있었던 점에 비추어 보면, 1,354톤에 달하는 원재료를 임의로 외부 반출하는 것은 현실적으로 거의 불가능하다고 보인다. 또한 과세관청인 피고가 2011 사업연도에 재료 부분에 대한 별도의 매출이 있었음에도 매출을 누락하였다는 이유로 과세처분하고 있는 이 사건에 있어서, 원고가 2011년 3월부터 11월까지 대대적인 재고조사를 수행하였던 이상 만약 쟁점재고차이에 해당하는 원재료가 고의적으로 외부 유출되었다면, 2011년 1월 및 2월에 집중적으로 매출누락이 발생하였다고 볼 수밖에 없는데, 2개월여의 기간에 1,354톤 상당의 재고가 임의로 유출된다는 것은 더더욱 경험칙상 상정하기 어렵다.

2) 피고가 제시한 투입원재료비 추정금액 산정의 합리성 여부

가) 피고가 제시한 투입원재료비 추정금액은 원고가 제출한 배합비율 샘플을 토대로 제품 생산수량에서 역산하여 원재료 추정투입수량을 구하고, 여기에 평균매입단가를 곱하는 방식으로 산출된 것이고, 피고는 2009, 2010 사업연도에는 투입원재료비 추정금액과 장부상 실제원가가 유사(피고는 이 점을 이러한 추계방식의 합리성, 정당성의 근거로 내세우고 있다)한 반면, 2011 사업연도에는 투입원재료비 추정금액과 장부상 실제원가의 차이가 크다는 점을 들어 쟁점재고차이가 사외유출되었다고 주장한다.

나) 그런데 갑 제 21, 22, 23호증, 을 제 7, 8, 9호증의 각 기재, 증인 정**의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정에 비추어 보면, 피고의 투입원재료비 추정금액 계산방식은 실제치를 전혀 반영하지 못하는 추정방법 및 추정기준에 따라 산정된 것으로서 합리성이 담보되지 않아 이를 쟁점재고차이의 사외유출 근거로 삼을 수 없음이 명백하다.

(1) 피고가 주장하는 방식대로 2009년부터 2012년에 이르기까지 연도별 투입원재료비 추정금액과 장부상 실제 원가를 비교하면 다음과 같다.

그런데, 2011년도에 발생한 쟁점재고차이 금액은 약 25억 원 상당이었던 반면, 위표의 기재에 따르면 2011년도 투입원재료비 추정금액과 장부상 실제원가 금액상의 차이가 약 44억 원으로서 19억 원의 오차가 발생하여 그 차이가 약 1.7배에 달할 뿐만 아니라, 2012 사업연도의 경우는 오히려 투입원재료비 추정금액이 장부상 실제원가를 상회하여 차이 금액이 마이너스로 나타나는 문제가 있다.

(2) 원고가 피고에게 제출한 배합비율(배합비율이란, 제품 1단위 생산을 위한 원재료 투입 배합의 조합을 의미한다. 세무조사 당시 원고는 각 제품당 총 12가지의 투입배합 비율을 제시하였다)의 샘플은 2012 사업연도를 기준으로 산출한 자료인데, 원고가 2009년도에 알루미늄 사업부를 신설하여 2011년도에 대대적인 실측 재고조사를 실시하기까지 체계적인 재고관리 시스템이 부재하였음은 앞서 본 바와 같고, 재고관리가보다 엄격하고 정확하게 이루어지기 시작하여 각 원재료의 회수율 및 생산수율 등이 비교적 일정해진 2012 사업연도의 배합비율 샘플을 이용하여 사업초기인 2009년과 2010년의 투입원재료비를 추정하는 것은 과거 사업연도의 생산환경 등을 고려하지 않아 그 실질을 반영하지 못하므로 정확성이 담보될 수 없다.

(3) 피고는 투입원재료비를 추정함에 있어 아래 계산식과 같이 원고회사의 제품 종류별 2009~2012 사업연도 실제생산량을 기초로 각 원재료별로 12가지 배합비율에 따른 12가지 원재료 투입량을 산출하고, 이를 단순합산한 후 12로 나눈 산술평균값을 이용하는 방식을 취하였다.

그러나 실제 원재료를 이용한 제품 생산과정에서는 12가지의 샘플배합비가 균등한 빈도로 사용되지 않고 다양한 배합비가 각기 다른 빈도로 적용되어 제품이 생산되는 이상, 피고가 이에 대한 통계학적인 고려 없이 모든 샘플배합비가 균등하게 사용됨을 전제로 단순히 산술평균한 투입원재료비를 산출하여 과거 사업연도의 실제 투입원재료비의 추정치라고 주장하는 것은 오류의 가능성이 매우 높다.

(4) 또한 피고는 투입원재료비 추정 과정에서 각 원재료별 회수율(회수율이란 각 원재료 1단위 투입으로 생산할 수 있는 순수한 알루미늄 단위의 비율을 의미한다)이 고

정된 것으로 전제하고 원재료별 추정 투입량을 산출하였으나, 수분과 이물질 등의 함유 여부에 따라 중량손실이 수반되는 원재료의 특성상 입고시기나 보관기간, 수분함유량, 이물질 포함 정도 등에 따라 회수율은 변동될 수밖에 없고 그 밖에 생산기술, 원재료 관리 시스템 등에도 영향을 받는다고 할 것인바, 회수율을 '변수'가 아닌 '상수'로 가정하여 산출된 투입원재료비 추정금액은 더더욱 부정확할 수 밖에 없다.

3) 소결

결국 2011년도의 재고조사 과정에서 발견된 쟁점재고차이로 인하여 **공장 공장장 정**을 비롯한 수 명의 직원이 재고관리로 인한 책임을 지고 문책되었던 점, 이후 원고가 재고관리 체계 정비를 위한 구체적인 개선책을 마련하였던 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점재고차이는 중량손실이 자연스럽게 수반되는 원재료의 특성과 원고의 재고관리절차의 미흡 등으로 인하여 2009, 2010 사업연도에 원재료비에 포함되었어야 하나 누락된 재고차이에 불과하다고 봄이 상당하고 달리 위 쟁점재고차이가 사외유출되었음을 인정할 증거가 없다. 쟁점재고차이에 해당하는 매출이 2011 사업연도에 원고에게 발생하였다는 점에 대한 입증이 없는 이상 매출발생사실을 전제로 한 피고의 과세처분은 과세요건의 입증 없이 이루어진 것이므로 위법하다. 따라서 2011 사업연도 부가가치세 및 2011년도 소득금액변동통지는 모두 취소되어야 하고, 2011 사업연도 및 2012 사업연도 법인세와 2011 사업연도 농어촌특별세 각 과세처분은 아래 표로 정리된 정당한 세액을 제외한 나머지 금액에 대하여 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.