1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다....

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 선박부품제조업 등을 영위할 목적으로 2012. 9. 17. 개업하여 2013. 12. 31. 폐업하였는데, 위 기간 동안 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)로부터 선박부품 중의 하나인 LASHING BRIDGE(이하 ‘이 사건 부품’이라 한다) 제작을 하도급받아 이를 수행하였다.

나. 그러던 중 원고는 이 사건 부품 제작 공정 중의 일부를 유한회사 C(이하 ‘C’이라 한다)에 재하도급하였음을 전제로 합계 189,616,500원인 2012년 2기분(발행일: 2012. 10. 31.부터 2012. 12. 31.까지) 전자세금계산서, 합계 339,757,762원인 2013년 1기분(발행일: 2013. 1. 31.부터 2013. 4. 30.까지) 전자세금계산서를 C 명의로 발급받았고, 이 사건 부품 제작 공정 중의 일부를 유한회사 D(이하 ‘D’이라 한다)에 재하도급하였음을 전제로 합계 402,456,066원인 2013년 1기분(발행일: 2013. 3. 30.부터 2013. 6. 29.까지) 전자세금계산서, 합계 472,221,915원인 2013년 2기분 전자세금계산서(발행일: 2013. 7. 29.부터 2013. 12. 30.까지)를 발급받았다

(이하 위 각 전자세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다). 그리고 원고는 부가가치세 신고 시 이 사건 각 세금계산서의 금액을 매입세액으로 공제하여 신고하고 이에 따라 부가가치세를 납부하였다.

다. 그런데 피고는 2016. 11. 14.부터 2017. 1. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 한 결과, C과 D은 실제 용역 공급 없이 허위의 세금계산서를 발행하는 이른바 ‘자료상’에 불과하고, 실제 용역을 공급한 자는 사실상 미등록 개인사업자인 E 등이라는 이유로 원고가 C과 D으로부터 위와 같이 발급받은 각 세금계산서는 ‘거래상대방을 사실과 다르게 기재한 세금계산서’라고 보아 이 사건 각 세금계산서상의 금액을 원고의 매입세액에서 공제하지 않기로...