1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산 임대업 등을 목적으로 설립된 회사로서 2011. 2. 15. 경원주택종합건설 주식회사(이하 ‘경원건설’이라고 한다)와 서울 구로구 A건물 B동(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 증축공사에 관한 도급계약을 체결하였다.

나. 원고는 2012. 5. 4. 이 사건 건물에 관한 사용승인을 받았고, 같은 해

6. 28. 소유권보존등기를 마쳤다.

이후 원고는 경원건설로부터 아래와 같이 세금계산서 1,240,000,000원 상당(= 2012년 2기 140,000,000원 2013년 1기 1,100,000,000원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받았다.

과세기간 세금계산서 발행일자 공급가액(원) 세액(원) 품목 2012년 제2기 2012. 9. 10. 60,000,000 6,000,000 증축공사대금 2012. 10. 24. 80,000,000 8,000,000 증축공사대금 2013년 제1기 2013. 3. 15. 300,000,000 30,000,000 증축공사대금 2013. 4. 23. 300,000,000 30,000,000 증축공사대금 2013. 5. 3. 160,000,000 16,000,000 증축공사대금 2013. 5. 6. 200,000,000 20,000,000 시스템에어컨공사대금 2013. 5. 6. 140,000,000 14,000,000 인테리어공사대금 계 1,240,000,000 124,000,000 원고는 이 사건 세금계산서를 각 과세기간 별로 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하여 2012년 2기에는 6,140,000원을 납부하였고, 2013년 1기에는 61,383,000원을 환급받았다.

다. 피고는 2013. 8. 6.부터 같은 달 14.까지 원고에 대하여 부가가치세 환급현지확인 조사를 시행한 결과, 이 사건 건물 증축공사 용역의 공급시기가 이 사건 건물의 사용승인일인 2012. 5. 4.임을 전제로 이 사건 세금계산서가 공급시기 이후에 교부받은 경우에 해당한다고 보아 이 사건 세금계산서의 매입세액 1,240,000,000원을 공제하지 않기로 하여 2012년 2기분 부가가치세 16,611,400원, 2013년 1기분 부가가치세 61,427,530원을...