조심2008서3411 (2009.04.28)

일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감

일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감세액을 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내 사용하지 못한것은 회사 노동조합과의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 것이므로 6개월 이후 사용하였다고 보아 부가가치세를 추징함은 부당함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 원고에 대하여 한 2008. 6. 2.자 2007년 1기 부가가치세 40,286,710원의 부과처분과 2008. 9. 5.자 2007년 2기 부가가치세 12,256,770원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

기재와 같다.

1. 처분의경위

가. 일반택시 운송사업자인 원고 회사는 2007년 1기 예정분ㆍ확정분, 2기 예정분 부가가치세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제106조의4 제1항에 따라 아래 표와 같이 각 부가가치세 납부세액의 50%를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 서울특별시 ☆☆구청장은 원고 회사에 대하여 2007년 1기 예정분ㆍ확정분, 2007년 2기 예정분 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과, 원고 회사가 아래 표와 같이 경감세액 중 일부를 사용하지 않았다고 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 위 통보 내용을 토대로 원고 회사가 경감된 부가가치세액을 경감된 부가 가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 아니하였다는 이유로, 구 조세특례제한법 제106조의4 제3항에 따라 원고 회사에게 2008. 6. 2.자로 2007년 1기 부가가치세 40,286,710원(가산세 포함)을, 2008. 9. 5.자로 2007년 2기 부가가치세

12,256,770원(가산세 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 위 각 처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고 회사는 2008. 8. 29. 및 같은 해 11. 24. 위 각 처분에 불복하여 조세심판원 에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2009. 4. 28. 위 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1, 2, 5, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자의주장

원고 회사는2007년 1기 예정분ㆍ확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액은 근로자에게 직접 지급하거나 기본급에 포함하여 지급하거나 처우개선 등에 사용하는 등의 방법으로 그 전액을 사용하였다고 주장하고, 이에 대해 피고는 부가가치세 경감 세액은 이를 기본급에 포함하여 지급하는 경우에는 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기하여야 하고, 이를 처우개선 등에 사용하는 경우에는 사용용도ㆍ방법 등을 근로자들이 자율적으로 결정하도록 하여야 하는데 원고 회사가 주장하는 사용액은 이와 달리 사용된 것으로 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항에 따라 사용된 것으로 인정할 수 없고, 나아가 부가가치세 경감세액은 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하여야 하는데, 원고 회사는 위 기한이 경과한 이후에 이를 사용하였으므로, 그 사용분을 구 조세특례제한법 제106조 제2항에 따른 사용으로 볼 수 없다고 주장한다.

나. 인정사실

가. 일반택시운송사업자에대한부가가치세감면제도의시행

(1) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 조세감면규제법이 개정되어 구 자동차운수사업법(여객자동차운수사업법의 시행으로 폐지된 법률)상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액 중 100분의 50이 경감되게 되자, 건설교통부장관은 전국 각 시ㆍ도 에 택시 부가가치세 세액감면 시행에 따른 지시 라는 제목으로 위 개정의 취지가 부가가치세액의 감면에 따른 경감세액을 택시운전 종사자의 열악한 처우를 개선하는데 활용되도록 지원하고자 하는 것임을 감안하여 동 감면세액이 개정취지에 부합되게 사 용될 수 있도록 당해 사업자 및 관련단체의 지도ㆍ감독에 철저를 기하고, 그 구체적인 사용방법 등에 대하여는 노사 간의 협의를 통해 자율적으로 정하여 집행토록 지도하여 줄 것을 지시하는 공문을 발송하였다.

(2) 그 후 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법에서 제106조의4 제2항으로 '부가가치세 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다'는 규정이 신설되자, 건설교통부장관은 택시부가세 경감세액 사용지침(2005. 4. 건설교통부 지침, 이하 '이 사건 건교부지침'이라 한다) 이라는 제목으로 택시운송사업자는 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하여야 하고, 과반 수 이상의 근로자들이 다른 방법으로 사용할 것을 요구하지 아니하는 한 근로자 개인 에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하여야 하며, 현금지급 방법ㆍ시기 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자 간에 자율적으로 결정하도록 하는 것을 내용으로 하는 지침을 마련하고, 이를 지방자치단체 및 전국택시운송사업조합연합회 등에게 통보하였다.

나. 원고회사와그노동조합사이의합의의경과

(1) 원고 회사를 비롯한 167H 운수회사로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합은 1995. 12. 31. 1995년도 임금협정을 체결함에 있어 기본급 및 제 수당을 인상하면서 부가가치세 감면분 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고, 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다고 부칙에 명시하였다(임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액은 명시하지 아니하였으나, 16개 운수회사 중 일부 회사와 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합과 사이의 95쟁의126, 128 노동쟁의 중재신청사건에서 서울특별시지방노동위원회는 1995년도 임금협정서에 따른 기본급 및 제 수당 인상액 67,513원에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있는 것으로 인정하였다).

(2) 이후 원고 회사는 매년 상급단체인 서울택시사업조합과 서울지역택시노동조합 사이의 임금협정 결과에 따라 부가가치세 감면세액의 임금 반영 여부, 부가가치세 감면세액의 사용방법 등을 결정하고, 원고 회사의 노동조합(전국택시노동조합연맹에 소속 되어 있었으나 1997년경 전국민주택시노동조합이 설립되면서 전국민주택시노동조합으로 소속을 변경하였다)과 사이에 개별적인 임금협정을 체결하였다.

(3) 그런데, 2006년경에 이르러 전국민주택시노동조합과 서울택시사업조합과 사이에 여전히 1995년도 임금협정에 따라 기본급에 부가가치세 경감세액 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있는 것으로 볼 것인지 여부를 둘러싼 다툼이 있어 임금협정의 체결이 지연되자 원고 회사는 3차례에 걸친 협의 끝에 2006. 11. 14. 원고 회사의 노동조합과 사이에 부가가치세 경감세액에 대하여는 원고 회사가 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 근로자 1인당 월 33,000원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하되, 2006. 11. 이전에 상급 단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감세액에 대한 교섭이 체결되면 그 결과에 따르고 마지급분에 대하여는 재협의하기로 합의하였다.

(4) 이후 원고 회사는 2007. 11. 1 원고 회사 노동조합과 사이에 2008. 12. 31까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 원고 회사가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인 당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 20071년 1기 부가가치세 경감분에서 500만 원을 지급하기로 합의하였다.

(5) 이어서원고회사는2008. 6. 20. 원고회사노동조합과사이에2007. 11. 1.자합의에추가하여다음과같이합의하였다.

① 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함을 원칙으로 한다.

② 원고 회사는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007. 11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만, 차액은 제 간접비용ㆍ조합원 후생복리기금ㆍ임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다.

③ 합의기간 중에는 부가가치세 경감세액 지급요구에 관한 민ㆍ형사상 책임을 묻지 않으며 합의사항에 대하여 노사는 성실히 이행한다.

④ 본 합의서의 효력은 2007. 11. 1.로 소급하여 적용한다.

(6) 원고 회사는 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 따라 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 개인에게 1인당 월 5만 원씩을 모두 지급하였다.

(7) 피고는 원고 회사의 부가가치세 경감세액 사용액을 산정함에 있어, 2007년 1기 예정분에 관하여는 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하지 않은 것으로 보고 사용액을 0원으로, 2007년 1기 확정분에 관하여는 2007. 11.부터 2008. 1.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 14,717,625원을 직접 지급하고, 회식비 등으로 추가 금원을 지급한 것으로 보고 사용액을 20,253,880원으로, 2007. 2기 예정분에 관하여는 2008. 2.부터 2008. 4.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 16,092,480원을 지급한 것으로 보고 사용액을 16,092,480원으로 인정하였고, 나아가 기존 임금에 부가가치세 경감세액을 포함된 것으로 보지는 않았으며, 원고 회사가 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 따라 2008. 5.부터 2009. 3.까지 근로자들에게 지급하였거나 지급할 예정인 금액은 고려하지 않았다.

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 15호증의 각 기재, 증인 김★★의 증언, 변론 전체의 취지

3. 관계법령

별지기재와같다.

4. 판단

(1) 먼저, 원고 회사가2007년 1기 예정분ㆍ확정분, 2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 원고 회사의 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였는지에 관하여 살펴본다.

앞서 본 택시 부가가치세 세액감면제도가 시행될 당시 서울택시사업자협의회와 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합이 체결한 1995년도 임금협정의 내용, 원고 회사와 원고 회사의 노동조합 사이의 합의 내용, 합의에 이른 경위 등을 종합하여 보면, 원고 회사가 원고 회사의 노동조합과 사이에 2007년분 부가가치세 경감세액에 대하여 합의함에 있어, 비록 종래34,328원의 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 있는지 여부에 대해 분명하게 밝히지는 않았지만, 원고 회사가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하고, 그 지급분과 부가가치세 경감세액과의 차액은 임금 등에 포함하여 지급된 것으로 하기로 합의한 만큼, 원고 회사가 위 합의에 따른 금원을 모두 지급할 경우 2007년 1기 예정분ㆍ확정분, 2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 원고 회사의 운수종사자에게 직접 지급하거나 임금 등에 포함하여 지급하는 방법으로 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 보기로 합의하였다고 봄이 상당하고, 나아가 원고 회사가 실제로 위 합의에 따라 근로자 개인에게 2007. 11.부터 2009. 3.까지 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급한 만큼, 비록 위 지급액이 원고 회사가 별도의 지출장부 등을 잔성하거나 관리하지 않은 상태에서 지급된 것이라고 하더라도, 원고 회사는 2007년 1기 예정분ㆍ확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액을 택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 모두 사용하였다고 봄이 상당하다.

(2) 나아가 원고 회사가 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용한 부가가치세 경감세액을 구 조세특례제한법 제106조 제2항에 따른 사용으로 볼 수 있는지에 관하여 살펴본다.

원고 회사가 2007년 부가가치세 경감세액에 관하여 1기 예정분 전부, 1기 확정분, 2기 예정분 일부를 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 원고 회사는 2007년분 부가가치세 경감세액에 대하여 지급액, 지급시기 그리고 지급방법을 상급단체의 임금협상 결과에 따라 확정하고 이를 사용하려 하였으나 그 협상이 체결되지 아니하여 부가가치세 경감세액을 사용하지 못하다가, 위 협상결과를 더는 기다리지 못하고 원고 회사 노동조합과 개별협상을 통하여 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자로 2007년분 부가가치세 경감세액의 사용에 대한 합의를 하면서 부가가치세 경감세액의 사용을 2007. 11. 1.로 소급하겠다는 내용도 포함한 다음, 이후 위 합의에 따라 근로자들에게 2007. 11.부터 2009. 3.까지 매월 5만 원씩을 지급한 사실도 앞서 본 바와 같이 인정된다.

위와 같이 원고 회사가 2007년분 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 모두 사용하지 못한 것은 상급 사용자단체와 노동조합의 협상과 원고 회사와 원고 회사의 노동조합과의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 것으로 그 경위에 참작할 만한 사정이 있는데다가 이러한 이유로 부가가치세 신고 납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용하게 되는 부분에 대하여는 이를 소급하여 지급한 것으로 보기로 하는 합의까지 하였으므로, 비록 원고 회사가 일부 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용하였다고 하더라도, 원고 회사로부터 그 부가가치세 경감세액을 추정할 수는 없다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서, 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 이를 취소한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.