대법원 2010두18369 (2013.06.13)

일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감액을 사용하였는지 여부

일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감세액을 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내 사용하지 못한 것은 회사 노동조합과의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 것이므로 6개월 이후 사용하였다고 보아 부가가치세를 추징함은 부당함

조세특례제한법 제106조의4 제3항

2013누18898 부가가치세경정처분취소

AA산업운수 주식회사

BB세무서장

대법원 2013. 6. 13. 선고 2010두18369

2013. 11. 28.

2013. 12. 26.

1, 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다

가. 피고가 2008. 6. 2, 원고에 대하여 한 2007년 제1기 부가가치세40,286,710원의 부과처분 중 31,880,990원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 4/5는 원고가，나머지는 피고가 각 부담한다.

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 한 2008. 6, 2.자 2007년 제1기 부가가치세 40,286,710원의 부과처분 및 2008. 9. 5.자 2007년 제2기 부가가치세 12,256,770원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제4, 5호증，을 제1，2, 5, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함，이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 일반택시 운송사업자인 원고는 2007년 제1기 예정분,확정분，제2기 예정분 부 가가치세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것，이하 규조세특례제한법이라 한다) 제106조의4 제1항에 따라 아래와 같이 각 부가가치세 납부세액의 50%를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고 납부하였다. 서울특별시 금천구청장은 원고에 대하여 2007년 제1기 예정분,확정분, 2007년 제2기 예정분 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과，원고가 아래와 같이 경감세액 중 일부를 사용하지 않았다고 피고에게 통보하였다.

"나. 피고는 통보 내용을 토대로 원고가 경감된 부가가치세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 아니하였다는 이유로，구 조세특례제 한법 제106조의4 제3항에 따라 원고에게 2008, 6. 2.자로 2007년 제1기 부가가치세 40,286,710원(가산세 포함)을，2008, 9. 5.자로 2007년 제2기 부가가치세 12,256,770원(가산세 포함)을 각 경정,고지하였다(이하 각 처분을 통틀어이 사건 처분'이라 한다).",다. 원고는 2008. 8. 29. 및 같은 해 11. 24. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나，조세 심판원은 2009. 4. 28. 위 심판청구를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

원고는 2007년 제1기 예정분，확정분 및 제2기 예정분 부가가치세 경감세액을 근로자에게 직접 또는 기본급에 포함하여 지급하거나 처우개선에 사용하는 등의 방법으로 모두 사용하였다.

(2) 피고

부가가치세 경감세액은 이를 기본급에 포함하여 지급하는 경우에는 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기하여야 하고，이를 처우개선 등에 사용하는 경우에는 사용용도방법 등을 근로자들이 자율적으로 결정하도록 하여야 하는데, 원고가 주장하는 사용액은 이와 달리 사용된 것으로 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항에 따 라 사용된 것으로 인정할 수 없고，나아가 부가가치세 경감세액은 부가가치세의 신고 납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하여야 하는데，원고는 기한이 경과한 이후 에 이를 사용하였으므로，그 사용분을 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항에 따른 사용으로 볼 수 없다.

나. 인정 사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제7, 8, 10 내지 13, 16, 24 내지 28호증, 을 제6, 16, 17호증의 각 기재 및 제1심 증인 김CC，환송 전 당심 증인 강DD의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감제도의 시행 (가) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 조세감면규제법이 개정되어 구 자동차운수사 업법(여객자동차운수사업법의 시행으로 폐지된 법률)상 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 중 100분의 50이 경감되게 되자，건설교통부장관(현 국토교통부장관，이하 같다)은 전국 시,도에 택시 부가가치세 세액감면 시행에 따른 지시 라는 제목으로 개정 취지가 부가가치세액의 감면에 따른 경감세액을 택시운전 종사자의 열악한 처우를 개선하는 데 활용되도록 지원하고자 하는 것임을 감안하여 경감세액이 개 정취지 에 부합되게 사용될 수 있도록 당해 사업자 및 관련단체의 지도,감독에 철저를 기하고，구체적 사용방법 등에 대하여는 노사 간의 협의를 통해 자율적으로 정하여 집행토록 지도하여 줄 것을 지시하는 공문을 발송하였다,

(나) 그 후 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 조 세특례제한법에서 제106조의4 제2항으로 '부가가치세 경감세액은 건설교통부장관이 정 하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다'는 규정이 신설되자，건설교통부장관은 택시부가세 경감세액 사용지침 (2005. 4. 건설교통부 지침， 이하 이사건 건교부지침이라 한다) 이라는 제목으로 택시운송사업자는 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하여야 하고， 과반수 이상의 근로자들이 다른 방법으로 사용할 것을 요구하지 아니하는 한 근로자 개인에게 기본급,수당 등의 명목으로 현금으로 지급하여야 하며，현금지급 방법, 시기 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자 간에 자율적으로 결정하도록 하고, 부가세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 경감세액을 사용하는 행위를 금지하는 것 등을 내용으로 하는 지침을 마련하고，이를 지방자치단체 및 전국택시운송사업조합 연합회 등에게 통보하였다.

(2) 원고와 그 노동조합 사이의 합의의 경과

(가) 노동조합의 현황

택시운송사업자에 대한 부가가치세액 경감제도가 시행된 1990년대 중반 무렵，회사 택시를 운전하는 근로자들이 조직한 노동조합은 한국노총 산하의 전국택시 노동조합연맹(이하 '전택'이라 한다) 및 전택 소속이면서도 전택과 노선을 달리하는 전국택시노동조합연맹 서울지역 택시노동조합(이하 '지역노동조합'이라 한다; 지역노동조합은 이후 가입 단위노조의 수가 늘어나면서 민주노총 산하의 전국민주택시노동조합연맹(이하 '민택'이라 한다)이 되었다]으로 나뉘어져 있었다. 원고의 노동조합은 지역노동조합에 소 속되어 있었으나 1997년경 민택이 설립되면서 민택으로 소속을 변경하였다.

(나) 1995년 임금협정

1) 전택 서울시지부는 산하 163개 단위노조로부터 임금협정의 교섭, 체결을 위임받아 택시회사들로부터 위임 받은 서울택시사업자협의회와 사이에 i995. 9. 22. 월 임금총액을 630,000원에서 697,513원으로 67,513원 인상하되 인상액 중에는 부가가치 세 경감세액 중 34,328원을 포함시킨다는 내용의 1995년 임금협정을 체결하였다.

2) 원고를 비롯한 16개 운수회사로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 지역노동조합은 1995. 12. 31. 1995년도 임금협정을 체결함에 있어 기본급 및 제 수당 을 인상하면서 가가치세 감면분 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고(다만， 임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액은 명시하지 아니하였다), 간접수혜분은 사 업자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다고 명시하였다.

3) 한편, 지역노동조합 산하의 단위노조가 설립된 5개 회사(원고는 포함되어 있지 않다)와 지역노동조합 간의 1995년 임금협정 체결을 위한 단체교섭이 타결되지 아니함에 따라 개시된 노동쟁의 중재신청사건(95쟁의126, 128)에서, 서울특별시지방노동위원회는 1996. 1. 5. "전택 서울시지부의 1995년 임금협정서에 따른 기본급 및 제 수당 인상액 67,513원에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있고，지역노동조합에서도 부가가치세 경감세액의 상당액을 임금에 포함시킨 점(① 월임금총액을 697,941원에서 730,552원으로 32,611원 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감 세액 중 13,112원을 포함시켰고, ② 월임금총액을 646,700원에서 730,552원으로 83,852원 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감세액 중 44,852원을 포함시켰다)을 고려하여，5개 회사에 대해서 전택 서울시지부의 경우와 같은 수준으로 34,328원 의 부가가치세 경감세액을 포함하여 월임금총액을 646,700원에서 717,500원으로 인상 하고, 임금인상에 반영되지 아니한 나머지 경감세액에 대해서는 근로자의 후생복지 등 처우개선 용도로 적절하게 사용하여야 한다''는 내용으로 중재재정하였다.

(다) 1996년 임금협정

"원고를 비롯한 21개 운수회사(그 중에는 중재재정 대상이었던 회사들도 포함되어 있다)로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 지역노동조합은 1996. 11. 4. 1996년도 임금협정을 체결함에 있어 1995년도 임금협정서와 마찬가지로 기본급 및 제 수당을 인상하면서부가가치세 감면분 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고(다만，임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액은 명시하지 아니하였다)，간접수혜분은 사 자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다'고 명시하였으며(제26조 제4항)，이와 별도 로 운수회사들은 조합원의 복지 향상을 위하여 매월 40만 원의 복지기금을 조합비와 함께 조합에 입금하기로 하였다(제59조).",(라) 이후의 임금협정

원고는 매년 상급단체인 서울택시사업조합과 지역노동조합 사이의 임금협정 결과에 따라 원고의 노동조합과 사이에 개별 임금협정을 체결하여 왔는바, 2001년도 이후의 단체협약이나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었다.

(마) 원고와 노동조합 간의 합의 및 이행

1) 2006. 11. 14.자 합의

2006년경에 이르러 민택과 서울택시사업조합 사이에 1995년도 임금협정에 따라 기 본급에 부가가치세 경감세액 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있는 지를 둘러싼 다툼이 있어 임금협정의 체결이 지연되자，원고는 3차례에 걸친 협의 끝에 2006. 11. 14. 원고의 노동조합과 사이에, 부가가치세 경감세액에 대하여는 원고가 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 근로자 1인당 월 33,000원씩을 기존 임금에 추 가하여 지급하기로 하되, 2006. 11. 이전에 상급 단체에서 2007년도 임금협정 및 부가 가치세 경감세액에 대한 교섭이 체결되면 그 결과에 따르고 미지급분에 대하여는 재협의하기로 합의하였다.

2) 2007. 11. 1.자 합의

원고는 2007. 11. 1. 원고 노동조합과 사이에，2008. 12. 31.까지의 부가가치세 경감 세액에 대하여 원고가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 제1기 부가가치세 경감분 에서 500만 원을 지급하기로 합의하였다.

3) 2008. 6. 20.자 합의

원고는 2008. 6. 20. 원고 노동조합과 사이에 2007. 11. 1.자 합의에 추가하여 다음 과 같이 합의하였다.

① 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함 을 원칙으로 한다.

② 원고는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007.11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만，차액은 제 간접비용,조합원 후생복리기금,임금에 일부 포함하여 지급된 것으 로 한다,

③ 합의기간 중에는 부가가치세 경감세액 지급요구에 관한 민,형사상 책임을 묻지

않으며 합의사항에 대하여 노사는 성실히 이행한다.

④ 본 합의서의 효력은 2007, 11. 1,로 소급하여 적용한다,

4) 합의의 이행

원고는 2007. 11, 1,자 및 2008. 6. 20.자 합의(이하 두 합의를 통틀어 비 사건 각

합의，라 한다)에 따라 아래 표와 같이 2007, 11,부터 2009. 5.까지 근로자 개인에게 1 인당 월 5만 원씩을 지급하였다[이 사건 각 합의에 의하면 2009. 3.까지 지급하여야 하 나, 2009. 1.부터 2009, 3,까지 3개월분(1 인당 5만 원 x 3개월 = 15만 원)을 2009. 3.20,(7만 원) 및 2009. 5, 15.(8만 원) 2회에 걸쳐 나누어 지급하였다; 한편 중간에 퇴직한 근로자에 대하여는 근무시간에 비례하여 정산,지급하였다]

(바) 피고는 원고의 부가가치세 경감세액 사용액을 산정함에 있어, 2007년 제1 기 예정분에 관하여는 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하지 않은 것으로 보고 사용액을 0원으로，2007년 제1기 확정분에 관하여는 2007, 11.부터 2008. 1.까지 매 월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 14,717,625원을 직접 지급하고，회식비 등으로 추가 금원을 지급한 것으로 보아 사용액을 20,253,880원으로，2007년 제2기 예정분 에 관하여는 2008. 2.부터 2008. 4.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 16,092,480원을 지급한 것으로 보아 사용액을 16,092,480원으로 각 인정하였고，나아가 기존 임금에 부가가치세 경감세액이 포함된 것으로 보지는 않았으며, 원고가 이 사건 각 합의에 따라 2008. 5.부터 2009. 3.까지 근로자들에게 지급하였거나 지급할 예정인 금액은 고려하지 않았다.

다. 관계 법령

별지『관계 법령」기재와 같다.

라. 판단

(1) 원고가 2007년 제1기 예정분,확정분, 제2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였는지 여부 (가) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 조세감면규제법 제100조의2는 일반택시 운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위하여 부가가치세 납세의 무자인 일반택시 운송사업자로 하여금 임금인상의 재원(財源) 등으로 사용할 수 있도록 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하는 제도를 도입하였다. 그러나 본래 취지와 달리 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 종전에는 자신이 부담해 왔 던 후생복지비용에 중당하는 등의 문제로 노사분규가 자주 발생하자，2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제2항은 부가가치세 경감세액 전부를 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상 을 위한 목적으로만 사용하도록 하는 규정을 두게 되었고，이 사건 건교부지침도 '원칙적으로 부가가치세 경감세액을 근로자 개인에게 기본급，수당 등의 명목으로 현금으로 지급하되，사업장별 과반수의 근로자들이 현금 이외의 다른 방법으로 그 일부를 사용 하도록 요구하는 경우에는 예외를 인정하며, 사용자가 부가가치세 경감 이전부터 부담 해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지한다'는 등의 규정을 두었으며，나아가 2006. 12, 30. 법률 제8146호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제3항은 일반택시 운송사업 자가 부가가치세 경감세액을 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니한 경우에는 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세를 경감하여야 할 아무런 이유가 없으므로 일반택시 운송사업자로부터 사용하지 아니한 부가가치세 경감세액 상당액을 추징하는 규정을 두게 되었다.

일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 입법취지와 관련 규정의 제,개정경위 등에 비추어 볼 때，노사 간에 부가가치세 경감세액 중 일 부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의를 하였다고 하더라도，노사 간에 이미 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼 이 있어 그 부분은 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다고 합의를 한 경우와 같이합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 부가가치세 경감세액 전부가 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한 실제로는 지급하지 아니한 채 단지 노사 간 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 구 조세특례제한법 제106조의4 제3항에서 규정한 부가가치세의 추징대상에 해당한다고 할 것이다.

"(나) 이와 같은 법리와 위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정，즉 원고를 비롯한 16개 운수회사와 원고의 노동조합이 속한 지역노동조합이 기본급 및 제 수당을 인상하는 1995년도 임금협정을 체결하면서 '부가가치세 경감세액 중 직접수혜 분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 부가가치세 경감세액 중 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리후생 증진에 사용한다'고 명시하였고，원고와 지역노동조합이 체결한 1996년도 임금협정에도 같은 내용이 있었으나，20이년도 이후의 단체협약이나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었던 점，2006년경까지는 원고 와 그 노동조합 사이에 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 그 후에도 계속하여 부가가치세 경감세 액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있었는지 여부를 둘러싼 다툼이 있었고，그 과정에서 원고와 그 노동조합은 2006. 11. 14.부가가치세 경감분에 대하여 2006. 11.부 터 2007. 6.까지 잠정적으로 1인당 33,000원을 지급하되，그 이전이라도 상급단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감분에 대한 교섭이 체결되면 그에 따르고 미지급에 대하여 재협의한다'고 합의하기도 한 점，그 후 원고와 그 노동조합은부가가치 세 경감세액은 임금과 별도로 직접 지급하되, 그 지급액이 실제 부가가치세 경감세액과 차이가 나는 경우 그 차액은 제 간접비용,조합원 후생복리기금,임금에 일부 포함 하여 지급된 것으로 본다'는 내용의 이 사건 각 합의를 하였고, 이러한 합의는 1995년 도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 적어도 2007년도부터는 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있지 아니함을 전제로 한 것으로 보이는 점[단체협약이 실효되었다고 하더라도 임금 등 개별적인 노동조건에 관한 부분은 그 단체협약의 적용을 받고 있던 근로자의 근로계약의 내용이 되어 여전히 사용자와 근로자를 규율하지만, 새로운 단체협약이 체결될 경우에는 더는 개별적인 근로계약의 내용남아 있지 않게 되므로(대법원 2007. 12. 27. 선고 2007다51758등 참조)，임금개별적인 노동조건에 관한 1995년도 또는 1996년도 임금협정의 효력이 그 후에 새로 체결 된 단체협약 또는 임금협정의 효력발생일 이후까지 그대로 미친다고 단정하기는 어렵 다] 등에 비추어 보면，이 사건 각 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세경감세 액 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용평가될 수 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.",따라서 원고가 2007년 제1기 예정분,확정분 부가가치세 경감세액중 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용한 금액은，① 원고가사각따라부가가치세 경감세액으로서 2007. 11.부터근로자 개인에게 지급한 월 5만 원을 해당 기간으로 안분하여 원고가시 운수종사자에게 매월 직접 부가가치세 계산하고，② 여기에 그밖에 제 106조의 4이 사건 건교부지침에 따라 지급 있는 금액을 더하는 방법으로 확정하는 것이 타당하다.

(2) 원고가 사용한 부가가치세 경감세액의 확정

위와 같은 방법에 따라 원고가 사용한 부가가치세액수를 확정하면 다음과 같다.

(가) 2007. 11.부터 17개월간 근로자 개인에게 지급한 월5만원

원고가 2007. 11.부터 17개월간(실제로는 2007, 11.부터 2009, 5,까지) 근로자 개인에 게 매월 5만 원씩을 지급하였고，그 금액의 합계가 92,522,950원인 사실은 앞서 본 바 와 같고[위 나, ⑵ (마) 4)항]，이 사건 각 합의에 의하면, 위 금액은 2007년 및 2008 년 부가가치세 경감세액을 근로자들에게 직접 지급한 것이므로，위 금액을 해당 기간 (2007년 및 2008년 24개월)으로 안분하여 원고가 그 근로자 개인에게 매월 및 매분기 별 직접 지급한 부가가치세 경감세액을 계산하면 아래 표와 같다.

(나) 회식비 500만 원

이 사건 각 합의에 의하면, 2007년 제1기 부가가치세 경감세액에서 근로자 회식비 명목으로 500만 원을 지급하기로 한 사실은 앞서 본 바와 같고，갑 제15호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，위 합의에 따라 원고는 2007. 12. 3. 2007년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 중 500만 원을 그 근로자들에게 회식비로 지급한 사실을 인정 할 수 있으므로, 위 금액은 2007년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액의 사용액에 포함되어야 한다.

(다) 기타 원고가 주장하는 금액에 관하여

1) 원고의 주장

가) 서울특별시지방노동위원회의 1996, 1. 5.자 중재재정(95쟁의126, 198)에 서 지역노동조합 산하 5개 회사의 임금 인상액 중 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함된 것으로 결정한 점，원고는 위 중재재정의 당사자는 아니지만 지역노동조합에 소속된 회사로서 위 중재재정의 내용과 마찬가지로 원고가 근로자에게 지급한 1995년 도 기본급에는 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다고 볼 수 있는 점，원고에게 적용되는 1995년，1996년, 2001년，2005년，2008년의 각 임금협정서에 첨부된 각 임금산정표에 의하면，원고가 근로자 개인에게 지급하는 기본급은 1995년 이투 감 소됨이 없이 꾸준히 증가되어 온 점，원고와 원고 노동조합은 2009. 9，30. 이후 기본급에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다고 합의를 하기도 한 점 등에 비추어 보면，원고가 1995년 이후 근로자 개인에게 매월 지급한 기본급에는 부가가지 세 경감세액 34,328원이 포함되어 있다고 보아야 하고，위 경감세액 상당액은 실질적 으로 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가될 수 있는 것이므로，주징대상에서 제외되어야 한다.

나) 원고가 2006. 11. 14.자 노사합의서에 따라 근로자 개인에게 매월 지급 한 33,000원 중 2007. 1,부터 2007. 6.까지 지급한 금액은 2007년 제1기 부가가치세경감세액으로 지급한 것으로 보아야 한다.

다) 원고가 2007. 3. 5,부터 2007. 11, 13.까지 노동조합에 매월 40만 원씩 지급한 복지기금은 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세 경감세액으로 지급한 것으로

보아야 한다.

2) 판단

가) 첫 번째 주장에 관하여

"갑 제24 내지 31호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에게 적용되는 1995년，1996년，2001년, 2005년，2008년의 각 임금협정서(갑 제24 내지 28호증)에 첨부된 각 임금산정표상 원고가 근로자에게 지급하는 기본급은 1995년 392,480원，1996 년 392,480원, 20이년 431,850원, 2005년 521,000원，2008년 615,000원으로 순차 증가 된 사실，원고와 원고 노동조합은 2009. 9. 30. 부가가치세 경감세액의 지급방법에 관 하여2009. 1.부터 2009. 6.월까지는 매월 6만 원씩，2009. 7.부터는 1인당 8만 원씩지급하되, 단 차액은 임금, 후생복리비 및 제 간접비에 포함되어 지급된 것으로 하며， 임금에 포함되어 지급된 것으로 한다는 것은 근로자 1인당 매월 34,328원이 임금이 포함되어 지급되었다는 것을 의미한다'는 내용의 노사합의를 하였고，2010. 12. 31. 원고 가 근로자 개인에게 1인당 매월 95,252원씩의 부가가치세 경감세액을 지급하기로 하면 서，，부가가치세 경감세액 중 임금에 40,872원이 포함된 것으로 하되, 위 금액은 임금 에 기히 포함된 34,328원이 포함된 금액'이라는 내용의 노사합의를 하였으며，2011. 3. 31.에도 위 2010. 12. 31.자 노사합의와 같은 내용의 노사합의를 한 사실을 인정할 수 있다.",그러나 한편, 위 (1)의 (나)항에서 판시한 바와 같이，이 사건 각 합의에 이르게 된 경위에 비추어 보면, 이 사건 각 합의는 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 적어도 2007년도부터는 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있지 아니함을 전제로 한 것 이므로, 이 사건 각 합의에 의하여 임금에 포함되어 지급된 것으로 보기로 한 부가가 치세 경감세액 상당액은 실질적으로 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가될 수 없는 점에 다가，위 증거 및 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사 정，즉 1995년도 및 1996년도 임금협정에서도 부가가치세 경감세액 중 임금에 포함하여 계산된 금액은 명시되지 않은 점，서울특별시지방 노동위원회의 1996. 1. 5.자 중재 재정(95쟁의126, 198)은 원고가 그 당사자가 아니므로 위 중재재정에서 근로자의 임금 인상액 중 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함된 것으로 결정하였다고 하더라도， 그에 따라 원고의 경우에도 1995년부터 위와 같은 금액의 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 지급되었다고 볼 수는 없는 점，설령 1995년 및 1996년에 위와 같은 금액이 임금에 포함되어 지급된 것으로 볼 수 있다고 하더라도，20이년 임금협정 이후에 는 부가가치세 경감세액의 지급 여부 및 그 방법에 관하여 아무런 규정이 없으므로， 기본급에 위 금액의 부가가치세 경감세액이 당연히 포함되어 지급되었다고 보기는 어 려운 점，이와 같이 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 지급되었는지 여부를 둘러싸고 다툼이 있어 이 사건 각 합의에 이른 점，원고와 원고 노동조합은 2009. 9. 30.이후 부가가치세 경감세액 중 34,328원이 기본급에 포함되어 지급된 것으로 본다는 내 용의 노사합의를 하였으나, 이는 이 사건에서 문제된 2007년 및 2008년 부가가치세 경감세액과는 무관한 것이므로, 이를 들어 그 이전에도 위 금액이 임금에 포함되어 지급 되었다고 해석할 수는 없는 점 등의 사정을 보태어 보면，2007년 및 2008년 부가가치세 경감세액 중 근로자 1인당 매월 34,328원씩의 금액이 근로자 개인에게 지급된 기본급 중에 포함되어 지급되었다고 볼 수 없고，또 위 금액이 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 있었다고 볼 수도 없으므로， 위 금액은 2007년 및 2008년 부가가치세 경감세액의 사용액으로 인정할 수 없다. 따라서 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다，

나) 두 번째 주장에 관하여

원고가 2006. 11. 14. 원고 노동조합과 사이에，2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으 로 근로자 1인당 월 33,000원씩의 부가가치세 경감세액을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 한다는 내용의 합의를 한 사실은 앞서 본 바와 같고，갑 제13, 17호증의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하면，원고는 위 합의에 따라 2006. 11. 20.부터 2007.10. 23.까지 근로자 개인에게 매월 33,000원씩의 부가가치세 경감세액을 지급한 사실 을 인정할 수 있다.

그러나 한편, 갑 제13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，원고는 2006년 부가가치세 경감세액 중 약 4,600만 원을 근로자에게 지급하지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 위 2006. 11. 14,자 노사합의 당시에는 부가가치세 경감세액 제도가 2006. 12. 31.까지 시행되는 것으로 예정되어 있었던 점[구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되고 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제106조의4 제1항; 그 후 법 개정으로 2008. 12. 31.까지 부가가치세 경감세액 제도가 연장되어 시행되었다], 따라서 위 2006. 11. 14.자 노사합의는 2006년도분까지의 부가가치세 경감 세액을 지급하기 위하여 체결된 것으로 보이는 점，이 사건 각 합의에 의하면 2007.11. 20.부터 지급되는 매월 5만 원은 2007년 및 2008년 부가가치세 경감세액으로 지급 하기로 하고，나머지 차액은 제 간접비용이나 임금에 일부 포함되는 것으로 합의함으로써 더 이상의 정산문제를 남겨 놓지 않은 점 등의 사정을 종합하여 보면，원고가 위 2006. 11, 14.자 노사합의에 따라 2007. 10. 23.까지 근로자 개인에게 매월 33,000원을 지급한 것은 2006년 이전분 부가가치세 감경세액을 지급한 것이라고 할 것이고，2007년 및 2008년분 부가가치세 경감세액을 지급한 것은 아니라고 봄이 타당하다. (갑 제9호증，을 제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，그 밖에 원고는 2005. 6. 17.자 노사합의에 따라 2005. 6. 20.부터 2006. 8. 7.까지 사이의 기간 중 11개월에 걸쳐 근로자 개인에게 월 6만 원씩의 부가가치세 경감세액을 지급한 사실을 인정할 수 있으나，위 지급액 역시 2006년 이전분 부가가치세 경감세액을 지급한 것으로 봄이 타당하다.)

따라서 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.

다) 세 번째 주장에 관하여

1996년도 임금협정서에는 부가가치세 경감세액에 관한 규정(제26조 제4항)과 별도로 ，회사는 조합원의 복지향상을 위하여 매월 40만 원의 복지기금을 조합비와 함께 조합으로 입금한다，는 규정(제59조)을 두고 있는 사실은 앞서 본 바와 같고，갑 제14，32호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이에 따라 원고는 원고 노동조합에 복지기금 명목으로 매월 40만 원씩을 지급한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 한편，위 임금협정서의 규정체계나 내용에 비추어 보면, 위 복지기금은 부가가치세 경감세액의 지급과 별도의 항목으로 규정되어 있을 뿐만 아니라 원고가 근로자 개인이 아닌 노동조합에 지급하는 것으로 규정되어 있으므로 부가가치세 경감세액과는 별도의 재원으로 지급하여야 하는 것으로 보이는 점，이 사건 건교부지침에 의하면，부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 경감세액을 사용하는 행위를 금지하고 있는바，이에 비추어 보더라도 위와 같이 원고가 부가가치세 경감세액과 무관하게 지급하기로 한 항목에 부가가치세 경감세액을 사용할 수는 없다고 보이 는 점' 설령 원고가 위 복지기금을 부가가치세 경감세액으로 지급하였다고 하더라도， 이 사건 건교부치짐에 의하면，부가가치세 경감세액은 과반수 이상의 근로자들이 다른 방법으로 사용할 것을 요구하지 아니하는 한 근로자 개인에게 기본급，수당 등의 명목으로 현금으로 지급하여야 한다고 규정하고 있는 바，위 복지기금의 지급에 관하여 원고의 근로자들 과반수가 동의하였다는 자료가 없는 점 등을 종합하여 보면' 위 복지기금의 지급은 구 조세특례제한법에 따른 부가가치세 경감세액의 사용이라고 보기 어렵다.

따라서 원고의 세 번째 주장 역시 이유 없다.

(3) 원고가 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용한 부가가치세 경감세액을 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항에 따른 사용으로 볼 수 있는지 여부

위 인정 사실에 의하면，원고는 2007년 및 2008년 부가가치세 경감세액을 2007. 11. 이후에 지급함으로써 2007년 부가가치세 경감세액 중 제1기 예정분 전부 및 제1기 확 정분 , 제2기 예정분 일부를 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용 하였다고 할 수 있으나，한편 원고는 2007년분 부가가치세 경감세액에 대하여 지급액, 지급시기 그리고 지급방법을 상급단체의 임금협상 결과에 따라 확정하고 이를 사용하려 하였으나 협상이 체결되지 아니하여 부가가치세 경감세액을 사용하지 못하다가，협상결과를 기다리지 못하고 원고 노동조합과 개별협상을 통하여 2007，11，1.자 및 2008. 6. 20.자로 2007년분 부가가치세 경감세액의 사용에 대해 이 사건 각 합의를 한 다음，이후 이 사건 각 합의에 따라 근로자들에게 2007. 11.부터 2009. 5.까지 매월 5 만 원씩을 지급한 것이다.

위와 같이 원고가 2007년분 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종 료일로부터 6개월 이내에 모두 사용하지 못한 것은 상급 사용자단체와 노동조합의 협 상 및 원고와 원고 노동조합과의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 것으로서' 원고에게 지급 지연에 관하여 책임을 묻기 어려운 부득이한 사정이 존재하는 점，원고가 지급을 지연한 것은 운수종사자에게 부가가치세 경감세액의 지급을 위하여 합의를 기다린 것 이지，자신의 이익으로 돌리기 위하여 지급을 지연한 것으로 보기 어려워 추징제도의 입법취지에 반한다고 보기도 어려운 점，이후 원고는 실제로 노사 간 합의를 한 다음 그에 따른 지급을 완료하였고，만약 사용기한 6개월을 지키지 못하였다고 하여 추징을 할 경우, 원고로서는 합의를 이유로 운수종사자에게 부가가치세 경감세액을 지급하였 음에도 추징처분을 당함으로써 이중의 부담을 가져오는 문제가 발생하는 점 등을 종합 하여 보면, 비록 원고가 일부 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종료 일로부터 6개월 이후에 사용하였다고 하더라도，그에 해당하는 부가가치세 경감세액의 추징을 면할 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하므로，위와 같은 이유로 부가가치세 경 감세액을 추징할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2000. 10. 6 선고 98두922 판결 등 참조).

마. 소결론

(1) 원고가 2007년 제1기 예정분 및 확정분，2007년 제2기 예정분 부가가치세 경 감세액 중 근로자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 금액은 아래 표 중 확정 사용액''란 기재 금액과 같다.

구분

경감세액

피고인정사용액

확정사용액

근거

2007년 제1기 예정분

26,241,560

0

10,882,823

위 라(2)(가)항의 표중 해당기간금액합계

2007년 제1기 확정분

24,594,530

20,253,880

15,637,872

위 라.(2)(가)항의 표중 해당 기간 금액 합계 10,637,872+위 라(2)(나)항의 회식비 5,000,000

2007년 제2기 예정분

25,558,630

16,092,480

10,567,886

위 라. (2) (가)항의 표 중 해당기간금액 합계

(2) 위 '확정 사용액'을 전제로 정당한 세액을 계산하면 별지「계산서」기재와 같 이 2007년 제1기 부가가치세 31,880,990원，2007년 제2기 부가가치세 19,410,010원이 된다.

(3) 따라서 2007년 제1기 부가가치세 40,286,710원의 부과처분 중 정당한 세액인 31,880,990원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하고，2007년 제2기 부가가치세 12,256,770원의 부과처분은 정당한 세액 범위 내의 부과처분이므로 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고，나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므 로，제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.