5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 설립한 분할신설법인이 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 에 따라 등록세 중과 대상에서 제외되는지 여부(적극)

등록세 중과와 관련한 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제138조 제3항 , 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제102조 제6항 의 규정형식과 입법 취지에 비추어 볼 때, 위 시행령 제102조 제6항 에서 정하는 “… 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 …”에서의 ‘이를’은 ‘그 법인을’ 또는 ‘그 분할법인 설립을’ 의미하는 것이고, 위 규정은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 설립한 법인세법 시행령상의 요건을 갖춘 분할신설법인에 대하여는 지방세법 제138조 제1항의 각 호 를 적용함에 있어 중과세 대상으로 보지 않겠다는 것이므로, 여기에서 중과세 대상으로 보지 않는 등기에는 분할신설법인의 설립등기뿐만 아니라 분할신설법인이 설립등기 이후에 취득하는 부동산등기도 포함되는 것이며, 이러한 해석이 조세법률주의에 반하는 확장해석이라고 볼 것은 아니다.

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제112조 제1항 , 제138조 , 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제102조 제6항 , 법인세법 시행령 제82조 제3항 , 법인세법 시행규칙 제41조의2

원고 주식회사 (소송대리인 법무법인 동인 담당변호사 이준근외 6인)

서울특별시 강동구청장 (소송대리인 법무법인 신세기 담당변호사 양경석외 9인)

2007. 7. 24.

1. 피고가 2005. 12. 10. 원고에 대하여 한 등록세 858,019,050원의 부과처분 중 6,114,150원을 초과하는 부분 및 지방교육세 158,973,810원의 부과처분 중 1,132,830원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제6호증의 1 내지 3, 을 제7호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 소외 1 주식회사는 1958. 8. 20. 설립등기를 한 후 건설업, 철강업 등을 영위해 오던 중 1997. 1. 23. 부도처리되어 같은 해 10. 7. 서울지방법원으로부터 회사정리절차개시결정을 받고, 1998. 11. 19. 그 회사정리계획인가결정을 받았으며, 2002. 11. 27. 다시 같은 법원으로부터 회사정리계획변경계획에 대한 인가결정을 받았다.

나. 소외 1 주식회사는 위 회사정리계획변경계획안에 따라 2002. 12. 5. 건설사업부문을 분할하여 원고(상호 변경 과정 생략)를 설립하였다.

다. 원고는 2004. 4. 27. 소외 2로부터 서울 강동구 (지번 1 생략) 대 914.7㎡ 및 (지번 2 생략) 대 404.7㎡와 그 양 지상 건물(위 2필지 토지와 그 지상건물을 통틀어 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 103억 원에 매수하고 같은 해 6. 29. 그 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 원고는 2004. 6. 29. 피고에게 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제112조 제1항 , 제131조 제1항 에 의한 일반세율을 적용하여 산출한 등록세와 지방교육세 등을 신고·납부하였다.

마. 피고는 2005. 12. 14. 원고에게 원고가 이 사건 부동산에 대한 취득세, 등록세 등을 신고·납부하면서 그 취득부대비용인 부동산중개수수료 150,000,000원을 누락하였고, 당해 부동산에 대한 등기는 대도시 내 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당될 뿐 아니라 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제102조 제6항 에서 규정하고 있는 법인세법 시행령 제82조 제3항 소정의 회사분할에도 해당하지 아니하는 것으로 보고 당초 신고가액에서 누락된 취득부대비용을 합한 10,450,000,000원(10,300,000,000원 + 150,000,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제138조 제1항 의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 858,019,050원, 지방교육세 158,973,810원(각 가산세 포함)원을 부과, 고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

바. 원고는 2006. 3. 13. 이 사건 처분에 불복하여 행정자치부장관에게 지방세심사청구를 하였으나 2006. 6. 27. 기각되었다.

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 부과처분 중 등록세 부분에 대하여만 이의 및 심사청구를 하였을 뿐 지방교육세에 대하여는 이의 및 심사청구를 하지 아니하였다가 이 사건 소에서 등록세부과처분취소와 함께 비로소 지방교육세에 대하여도 그 취소를 구하고 있는바, 이 사건 소 중 지방교육세에 대한 부분은 그 처분 송달일자로부터 90일이 경과되어 제기된 것이 명백하여 제척기간을 도과하여 제소된 부적법한 소라고 주장하나, 을 제7호증(지방세심사청구서)의 기재에 의하면, 원고는 2006. 3. 13. 행정자치부장관에게 지방세심사청구서를 작성하여 제출함에 있어 심사청구서의 표지부분에 통지된 사항 중 부과처분의 ‘세목’란에 ‘부동산 취·등록세’를, ‘세액’란에 1,021,372,860원(이는 등록세, 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 모두 합한 금액이다)을 기재하였고, 또한 심사청구사유 부분에도 Ⅱ. 과세전적부심사결정의 개요에서 처분청이 과세고지하고 원고가 납부한 취·등록세 추징세액의 내용으로 ‘가. 당초신고 과표 : 10,300,000,000원, 나. 경정결정과표 : 10,450,000,000원(중개수수료 포함), 다. 중개수수료 과표누락분에 대한 취득세 합계 : 4,380,000원(취득세 : 4,050,000원, 농특세 : 330,000원), 라. 등록세 중과 누락분 2배 합계 : 995,251,920원(등록세 : 618,000,000원, 가산세 : 221,676,600원, 교육세 : 155,575,320원), 마. 중개수수료 과표누락분에 대한 등록세 3배 중과 합계 : 21,740,940원(등록세 : 13,500,000원, 가산세 : 4,842,450원, 교육세 : 3,398,490원), 바. 추징세액 합계(다 + 라 + 마) : 1,021,372,860원’으로 기재하고 이어서 “그러나 원고의 판단으로는 원고의 영업용 부동산의 취득이 지방세법 시행령 102조 [대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준] 제6항 의 규정에 의한 등록세 중과 제외대상에 해당하므로 지방세법 제73조 [이의신청] 2항 , 동법 제74조 [심사청구] 및 동법 시행령 제55조 [심사청구]의 규정에 따라 심사청구를 하는 바입니다.”라고 기재한 사실, 그러나 같은 심사청구서의 청구의 이유부분에서는 등록세 위주로 이 사건 부과처분의 위법성을 주장한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에 의하면 원고는 이 사건 등록세뿐만 아니라 지방교육세에 대하여도 모두 심사청구를 하였고 다만, 이 사건 부과처분의 주된 부분이 등록세이고 지방교육세는 등록세를 본세로 하는 부가적인 세목 등인 점에서 청구의 이유부분에서 등록세 위주로 위법성을 주장하였던 것이라 할 것이다.

나아가, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 행정자치부장관은 원고의 위와 같은 심사청구에 대하여 2006. 6. 27. 기각결정을 하고 2006. 7. 10.경 원고에게 그 결정을 통지한 사실을 인정할 수 있고, 한편 이 사건 소는 그 처분의 송달일로부터 90일 이내임이 역수상 명백한 2006. 9. 29. 제기되었음은 기록상 명백하므로 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 분할 당시 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 소외 1 주식회사가 건설사업부문을 분할하여 설립한 회사이고, 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 의 등기에는 법인설립등기뿐만 아니라 설립 이후 취득하는 부동산 등기까지 포함된다고 보아야 하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득함에 따른 등록세 등은 구 법인세법 시행령 제102조 제6항 에 따라 중과세 대상에서 제외된다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 원고가 누락한 부동산중개수수료 1억 5,000만 원 부분에 대한 일반세율에 따른 등록세 6,114,150원 및 지방교육세 금 1,132,830원(각 가산세 포함)을 초과하는 부분은 모두 위법하다.

(2) 피고의 주장

구 지방세법 시행령 제102조 제6항 은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할( 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호 의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다라고 규정하고 있는바, 이는 법인의 분할로 인한 법인의 설립(신설)등기 및 분할설립(신설)으로 인하여 취득하는 부동산의 등기에 대하여 중과세대상에서 제외한다는 것으로서 분할 당시에 국한되는 것일 뿐이고, 분할로 신설된 법인이 그 설립 이후에 취득하는 부동산등기에 대해서까지 중과세대상에서 제외하는 것이 아니고, 또한 원고는 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호 에서 정한 법인분할의 요건을 결하고 있어 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 의 적용대상에도 해당되지 아니하므로 이 사건 부과처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

앞에서 든 각 증거에 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1 내지 10, 갑 제10호증의 1 내지 4, 을 제3 내지 5호증의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 소외 1 주식회사는 1997. 10. 7. 서울지방법원으로부터 회사정리절차개시결정을 받고, 1998. 11. 19. 그 회사정리계획인가결정을 받은 후 그 회사정리계획에 따라 회사정리절차를 진행하던 중 전반적인 경기침체와 업무부진으로 2000년부터 영업이익만으로 정리계획에 따른 원리금채무를 정상적으로 변제하는 것이 불가능하게 되자, 2002. 11.경 철강사업부문을 영업양수도를 통하여 소외 3 주식회사에 매각하고 건설사업부문은 분할하여 신설회사를 설립한 후 그 지분을 모두 소외 4 주식회사에 매각하는 등의 방법으로 정리채권을 변제한다는 내용의 회사정리계획변경안을 작성하여 정리채권자의 동의를 얻고 2002. 11. 27. 관계인집회에서의 가결을 거쳐 같은 날 서울지방법원으로부터 그 인가를 받았다.

(2) 위 회사정리계획변경안의 건설사업부문 회사분할계획서에 의하면, 그 주요내용은 다음과 같다.

(가) 분할방법 : 소외 1 주식회사의 사업부문 중 건설사업부문을 분할하여 신설회사를 설립하기로 하되, 분할로 인하여 설립되는 신설회사는 분할존속회사가 신설회사의 주주가 되는 물적분할이며, 분할존속회사와 신설회사는 정리계획변경계획안의 적용을 받는 정리회사로 한다.

(나) 분할기준

① 자산의 분할 : 건설사업부문의 자산 중 영업활동과 직접적인 관계가 있는 일체의 분할대상자산을 신설회사로 귀속시키고 영업활동과 직접적인 관계가 없는 나머지 자산은 분할존속회사에 귀속시킨다.

② 공익채권의 최종적인 부담 : 소외 1 주식회사가 변제하여야 할 공익채권 중 건설부문의 영업활동에서 발생된 것은 신설회사가 승계하고 영업활동과 직접 관계가 없는 공익채권은 분할존속회사가 변제책임을 지되 상호간에 변제책임을 지는 공익채권에 대하여 연대책임을 면하지는 아니하고, 조세 등의 채무와 건설공제조합의 정리담보권 보증채무 및 정리채권 보증채무는 신설회사가 면책적으로 승계하고 이를 제외한 정리담보권 및 정리채권은 모두 분할존속회사가 책임을 진다.

(다) 분할 대차대조표 (단위 : 백만 원)

(3) 한편, 소외 1 주식회사는 위 분할 전인 2002. 8. 20. 소외 4 주식회사와 사이에 소외 1 주식회사의 건설사업부문에 관한 영업양수도 계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 양도대상 : 소회 회사의 건설부문에 속하는 다음의 자산, ① 일체의 분할대상 자산과 부채, ② 시공 중인 공사의 권리와 의무, ③ 하자담보책임기간 중에 있는 공사의 하자보수의무, ④ 건설공제조합에 제공한 공사 관련 연대보증의무 및 영업권

(나) 양도제외 대상 : 회사정리계획상의 정리담보권 및 정리채권 등 분할제외대상 자산과 부채

(다) 양도의 방법 : 건설부문 분할에 의한 신설회사 설립 후 양수인이 양수

(라) 양도대상의 정산 : 상기의 양도대금은 분할대상 자산과 부채가 동액일 경우임, ① 자산이 부채를 초과하는 경우 - 동 초과금액을 양도대금과는 별도로 양도인에게 지급, ② 부채가 자산을 초과하는 경우 - 부채에 상당하는 금액 및 주식회사 최소 법정자본금에 상당하는 금액의 자산을 분할대상 자산에 추가

(4) 소외 1 주식회사는 2002. 11. 30. 서울지방법원에 회사정리계획변경계획인가결정에 따라 건설사업부문을 분할하여 원고를 설립하고, 신설회사의 주식을 모두 소외 1 주식회사에 배정하는 내용의 물적 분할을 통한 신설회사 설립 및 등기촉탁허가신청을 하여 2002. 12. 3. 그 허가를 받았다.

(5) 소외 1 주식회사는 2002. 12. 23. 서울중앙지방법원에 회사정리계획변경계획인가결정에 따라 건설사업부 재산을 다음과 같이 분할하여 신설회사인 원고에게 이전하겠다는 내용의 존속회사와 신설회사의 재산분할 허가신청을 하여 2002. 12. 24. 그 허가를 받았다.

(단위 : 백만 원)

(6) 소외 1 주식회사는 물적 분할 이후 건설사업에 관련한 면허를 모두 원고 명의로 변경하여 주었고 그에 따라 물적 분할 이후 건설업을 영위하지 않고 있다.

라. 판 단

(1) 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 의 해석

살피건대, 구 지방세법 제138조 는 대도시 지역 내 법인등기 등의 중과에 대하여 규정하면서 그 제3항 에서 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따라 구 지방세법 시행령 제102조 는 “대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준”이라는 제목 아래 각 항에서 법 제138조 제1항 각 호 의 등기의 내용과 그 범위에 관하여 이를 구체적으로 규정하고 있는데, 제6항 은 “분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할( 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호 의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.”라고만 규정함으로써 지방세법 시행령 제102조 제2항 ( 지방세법 제138조 제1항 제3호 관련 규정), 제4항 ( 지방세법 제138조 제1항 제2호 및 제3호 관련 규정), 제5항 ( 법 제138조 제1항 제1호 관련 규정)과는 달리 지방세법 제138조 제1항 제1 , 2 , 3호 에 대한 구분을 두고 있지 않다.

위와 같은 규정형식과 구 지방세법 제138조 의 중과세 규정의 입법 취지에 비추어 볼 때, 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 에서 정하는 “… 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 …”에서의 ‘이를’은 ‘그 법인을’ 또는 ‘그 분할법인 설립을’ 의미하는 것으로 봄이 상당하고, 지방세법 시행령 제102조 제6항 의 의미는 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 설립한 법인세법 시행령상의 요건을 갖춘 분할신설법인에 대하여는 지방세법 제138조 제1항 의 각 호를 적용함에 있어 중과세 대상으로 보지 않겠다는 것이라고 할 것이므로, 여기에서의 중과세 대상으로 보지 않는 등기에는 분할신설법인의 설립등기뿐만 아니라 분할신설법인이 설립등기 이후에 취득하는 부동산등기도 포함된다고 봄이 상당하고, 이러한 해석이 조세법률주의에 반하는 확장해석이라고 볼 것은 아니다.

(2) 이 사건 분할이 구 지방세법 시행령 제102조 제6항 에 해당하는지 여부

(가) 한편, 지방세법 시행령 제102조 제6항 에서 정하는 법인의 분할이란 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호 의 요건을 갖춘 경우라야 하고, 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 는 “분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것”, 제2호 는 “분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.”, 제3호 는 “분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것”이라고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 소외 1 주식회사는 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문인 건설사업부문을 분할하여 원고를 설립하였고, 건설사업부문의 자산 중 영업활동과 직접적인 관계가 있는 일체의 분할대상자산을 신설회사인 원고로 귀속시키고 영업활동과 직접적인 관계가 없는 나머지 자산은 분할존속회사인 소외 1 주식회사에 귀속시키며, 소외 1 주식회사가 변제하여야 할 공익채권 중 건설부문의 영업활동에서 발생된 것은 신설회사가 승계하고 영업활동과 직접 관계가 없는 공익채권은 분할존속회사가 변제책임을 지며, 조세 등의 채무와 건설공제조합의 정리담보권 보증채무 및 정리채권 보증채무는 신설회사가 면책적으로 승계하고 이를 제외한 정리담보권 및 정리채권은 모두 분할존속회사가 책임을 지는 것으로 배분함으로써 건설사업 부문의 영업활동과 관계있는 자산 및 부채가 일응 포괄적으로 승계되었으며, 분할법인인 소외 1 주식회사만의 출자에 의하여 분할되었다 할 것이므로, 원고는 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호 에서 정하는 법인의 분할요건을 갖추고 있다고 할 것이다.

(나) 이에 대하여 피고는, 영업양수도계약(을 제4호증)에 의하면 “본건 영업의 양도는 양도인이 건설사업 부문을 분할하여 신규로 법인을 설립하여 양수인이 이를 인수하는 방법으로 한다. 이 경우 신규로 설립되는 회사의 자산이 부채보다 주식회사 최소법정자본금을 초과하도록 분할하여야 한다.”고 기재되어 있는바, 이는 이 사건 회사분할이 자산이 부채보다 초과하도록 인위적으로 조정한다는 것으로서 결국 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 의 포괄승계의 요건을 갖추지 못한 것이라고 주장한다.

살피건대, 을 제4호증의 기재에 의하면, 양수도계약 제2조에 피고의 위 주장과 같이 신규로 설립되는 회사의 자산이 부채보다 주식회사 최소 법정자본금을 초과하도록 분할하여야 한다는 규정이 있는 사실은 인정되나, 한편 같은 계약 제1조는 양수도의 목적물인 건설사업에 속하는 모든 일체의 분할대상 자산과 부채가 원고에게 승계되는 것으로 규정하고 있고, 제4조, 제5조 제1항은 분할되는 회사에게 귀속되는 본건 영업의 분할대상 자산과 부채를 동액으로 하는 것을 전제로 총양도대가는 77억 7,700만 원으로 하되, 자산이 부채를 초과하거나 부채가 자산을 초과하는 경우에는 초과하는 금액은 정산하기로 각 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 양수도계약 제2조의 규정은 원고가 소외 1 주식회사의 건설사업부문의 자산과 부채를 포괄적으로 승계하는 것을 전제로 양도대금을 정하고, 영업양도 이후에 정산을 해본 결과, 자산과 부채가 당초 예상한 금액을 초과하는 경우에 사후 정산을 한다는 것을 명확히 한다는 의미에서 주의적으로 규정한 것에 불과하다고 볼 것이므로 이 점에 관한 피고의 주장은 이유 없다.

(다) 피고는, 신설회사인 원고가 건설부문의 영업활동 이외에서 발생한 공익채권에 대하여도 분할존속회사와 연대책임을 지는 것으로 분할이 되었으므로 이는 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되었을 뿐 아니라 분할하는 사업부문 이외의 부채에 대하여도 승계를 하는 것이어서 결국 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 의 포괄승계요건에 해당하지 않는다고 주장하나, 건설부문의 자산과 부채가 포괄적으로 승계되었다면 분할하는 건설사업부문 이외의 부채가 추가적으로 신설법인에 승계되었다 하더라도 이러한 사정이 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 의 포괄승계요건을 충족하지 못하는 것으로 볼 것은 아니므로 피고의 이 점에 관한 주장도 이유 없다.

(라) 피고는 분할대차대조표(갑 제7호증의 2, 을 제5호증)에 의하면, 분할하는 건설사업부문의 영업활동과 관련이 있는 ① 유동자산 항목 중 공사미수금, ② 유동자산 항목 중 재고자산의 완성주택, 용지, ③ 고정자산 항목 중 장기미완성주택, ④ 유형자산 항목 중 토지, 건물, ⑤ 유동부채 항목 중 공사손실충당금, 하자보수충당금 등 일부 자산 및 부채가 분할되지 않고 존속회사에 그대로 남아 있어 이 사건 회사분할이 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 의 포괄승계요건을 갖추지 못하였다고 주장한다.

살피건대, 원고 회사를 분할하면서 작성한 분할대차대조표(갑 제7호증의 2)의 기재에 의하면, ① 유동자산 항목 중 공사미수금 중 일부(9,1563,728,051원), ② 유동자산 항목 중 재고자산 중 완성주택(1,767,212,580원), 용지(18,097,209,165원) 전부, ③ 고정자산 항목 중 투자자산의 장기미완성주택(13,264,355,256원), ④ 유형자산 항목 중 토지(5,268,399,727원), 건물(985,025,686원), ⑤ 유동부채 항목 중 공사손실충당금(296,329,792원), 하자보수충당금(3,698,430,999원) 등 일부 자산 및 부채가 신설회사(원고)로 이전되지 아니하고 존속회사에 남이 있는 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

그런데 한편, 갑 제10호증의 8-1 내지 8-14, 갑 제11호증의 1 내지 4, 갑 제16호증의 1, 2-1 내지 2-52, 3, 갑 제17호증의 1 내지 4, 갑 제18호증의 1, 2, 갑 제19호증의 1 내지 10, 갑 제20호증의 1 내지 5, 갑 제21호증의 1 내지 3, 갑 제22호증의 1 내지 12의 각 기재에 의하면, ① 존속회사에 남겨진 공사미수금 채권은 회수불가능한 채권으로 대손처리된 채권들로서 이를 제외한 나머지 공사미수금은 모두 신설회사에 이전되었고, ② 유동자산 항목 중 재고자산의 완성주택, 용지 중 이 사건 회사분할 시점에 이미 소외 1 주식회사의 소유로 남아 있지 않았던 서울 노원구 공릉동 (이름 생략)아파트 1세대와 소외 5 주식회사의 용지로서 건설사업과 무관한 충남 당진군 (소재지 1 생략) 공장용지를 제외한 나머지 완성주택 및 용지는 원고회사의 설립일(2002. 12. 5.) 이후인 2002. 12. 18. 모두 원고 회사에 이전되었으며, ③ 고정자산 항목 중 장기미완성주택은 충남 당진군 (소재지 2 생략) 대지 외 1필지 지상에 신축하던 아파트를 의미하는 것으로 위 명세서의 기준일자에는 위 토지는 소외 1 주식회사 명의로 등기가 되어 있었으나 신설회사인 원고 설립 이후인 2002. 12. 20. 원고 앞으로 등기가 경료된 사실, ④ 유형자산 항목의 토지, 건물 중 일부 토지는 건설사업과 무관한 광업 관련 토지(경북 울진군 후포면 금음리 소재 10필지)거나, 제3자와 공유하는 토지로서 도·소매 유통관련 토지(서울 종로구 공평동, 종로2가, 인사동 소재 3필지)여서 승계대상에서 제외되었고, 그 밖의 나머지 토지, 건물은 모두 원고 회사의 설립 이후인 2002. 12. 20. 회사분할을 원인으로 원고 앞으로 등기가 경료되었고, ⑤ 유동부채 항목 중 공사손실충당금과 하자보수충당금은 평가성충당금으로서 회계상으로만 처리한 것으로서 분할 이후 존속회사의 대차대조표상 위 충당금이 모두 삭제된 사실을 각 인정할 수 있으므로, 분할대차대조표의 기재 내용만 가지고 포괄승계가 이루어지지 않았다는 피고의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.

(마) 피고는 등록세 중과세 제외대상이 되는 물적 분할의 요건 중 포괄승계의 예외를 규정한 구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 단서는 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 전체에 대하여 예외를 인정한 것이 아니라 재정경제부령이 정하는 것에 대하여 제한적으로 예외를 인정하고 있는바, 이 사건 회사분할에 있어 분할 예외로 된 자산과 부채는 이에 해당하지 않는다고 주장하나, 이 사건 회사분할의 분할대차대조표에 건설사업과 관련된 부분이 일부 소외 1 주식회사에 남아 있는 것처럼 되어 있으나 실질적으로는 건설사업의 영업활동과 관련 있는 자산과 부채가 모두 신설회사에 이전이 되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 이 점에 관한 주장도 이유 없다.

(3) 소 결

따라서 원고의 이 사건 부동산 등기는 구 지방세법시행령 제102조 제6항 에 따라 등록세 중과의 예외대상에 해당한다 할 것이므로 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 부과처분 중 등록세 6,114,150원, 지방교육세 금 1,132,830원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로 이의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.