합산 자본액이 1,000억 원이 넘는 경우 중소기업 유예제도의 적용 가부

특정 사업연도에 자본금이 1,000억 원을 넘고, 그에 따라 관계 기업의 자본금도 1,000억 원이 넘은 경우에는 조세특례제한법이 규정하는 중소기업유예제도가 적용될 수 없음

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항

대전지방법원-2017-구합-102869

건일제약 주식회사

천안세무서장

2017. 01. 01

2017. 12. 06

1. 처분의 경위

가. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과

1) 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소

기업의 범위를 정하는 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 다목

을 추가하여 '관계회사'1)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의22)에 따라 산정한 상시 근

로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과

하는 기업이 아닐 것'을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 다목의 개정

규정은 2011. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다.

2) 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되

면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조

제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것'을 규정하면서, 후단에서 "이 경우 중소

기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목을 적용할 때 '중소기업기본법 시행령 제3조 제1

호에 따른 기준을 초과하는'은 '조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분

단서에 따른 기준에 해당하는'으로 본다고 규정하여, 결국 '관계회사에 속하는 기업의

경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수 등이 조세특

1) 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 그 명칭이 '관계기업'으로 변경되었다.

2) 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 제7조의4로 이동하였다.

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례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이

아닐 것'(이하 '관계기업 기준'이라 한다)을 중소기업의 요건으로 규정하였다. 한편, 위

시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호

다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였

다.

나. 원고와 AAA 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)의 지위 및 자기자본

원고는 1955. 12. 23. 설립되어 의약품 제조 및 판매사업 등을 영위하는 법인으

로, 소외 회사는 원고의 주식 46.12%를 보유하고 있어, 원고와 소외 회사는 중소기업

기본법 시행령이 정한 관계기업에 해당한다. 원고의 자기자본은 2011 사업연도

95,984,404,236원, 2012 사업연도 103,941,218,481원이다.

다. 법인세 신고‧납부와 경정청구 등

1) 원고는 2012~2015 사업연도 각 법인세를 신고‧납부하였다가, 2016. 7. 4. 피

고에게 2012~2015 사업연도에 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하면서, 이

미 납부한 법인세에서 조세특례제한법 제7조, 제7조의2, 제10조에 규정된 특별세액감

면 등을 적용하여 산출된 법인세와의 차액에 해당하는 3,684,248,670원(2012 사업연도

772,225,620원, 2013 사업연도 789,909,850원, 2014 사업연도 813,832,610원, 2015 사

업연도 867,466,420원)을 환급해달라고 경정청구하였다.

2) 피고는, 2016. 8. 31. 원고의 자기자본이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1

항 제3호에 규정된 관계기업 기준인 1천억 원을 초과하였고, 원고에 대하여는 같은 조

제2항 단서에 따라 중소기업으로 보는 유예기간의 적용이 배제된다는 이유로, 일반기

업도 적용받을 수 있는 세액공제 및 감면 등을 제외한 부분에 관한 원고의 경정청구를

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거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 10. 17. 조세심판원장에게 심판청구

를 하였으나, 조세심판원장은 2017. 2. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2012 사업연도에 자기자본이 1,000억 원을 초과하여 조세특례제한법 시

행령이 정한 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 그 당연한 결과로 관계기업 기준에 따

라서도 중소기업에 해당하지 않게 되었다.

이러한 경우 ① 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호

로 개정된 것, 이하 '조세특례제한법 시행령'이라고 한다) 제2조 제2항, 제5항에 따라

2012~2015 사업연도 전부에 대하여 중소기업 유예기간이 적용되고, ② 그렇지 않더라

도 2013. 10. 16. 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제9조 제4호가

중소기업이 다른 중소기업의 주식을 소유하는 경우에는 관계기업 기준에 불구하고 중

소기업에 해당한다고 규정하였으므로, 적어도 위 개정규정 시행 이후인 2014 사업연

도, 2015 사업연도에 대하여는 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다.

그런데도 피고는 원고의 2012~2015 사업연도 전부에 대하여 중소기업 유예기

간이 적용되지 않는다고 판단하고 이 사건 처분을 하였으므로, 이는 위법하여 취소되

어야 한다.

나. 관계 법령

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별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문은 "제1항의 규정을 적용함에 있어

서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항

제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사

유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로

보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부

를 판정한다."라고 규정하여, 중소기업이 아닌 기업에 대하여 중소기업에 대한 조세감

면 혜택을 유지하는 중소기업 유예기간을 두고 있고, 다만 조세특례제한법 시행령 제2

조 제2항 단서는 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 본문의 중

소기업 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

위 조항을 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과에

비추어 보면, 원고와 같이 같은 사업연도에 어느 기업 단독으로 중소기업에 해당하지

않게 되고, 그 당연한 결과로 관계기업 기준에 따라서도 중소기업에 해당하지 않는 경

우에는 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문이 정한 중소기업 유예기간을 적용할

수 없다고 봄이 타당하다.

가) 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령이 중소기업 요건에 관

계기업 기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여

는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 취지이다.

나) 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령이 2009. 3. 25.부터 관

계기업 기준을 순차 도입하면서도 그 시행은 2012. 1. 1.로 늦춤으로써 사실상 유예기

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간이 부여되었다.

다) 어느 기업의 자기자본이 1,000억 원에 미치지 못하더라도 관계기업 기

준에 따라 중소기업의 범위에서 제외되면, 이 기업에 중소기업 유예기간이 적용되지

않는 점은 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 명백하다. 그런데 원고와

같이 자기자본이 단독으로 1,000억 원을 넘은 경우에 그 사정에만 주목하여 중소기업

유예기간을 적용하게 되면, 그 기업 자체가 중소기업에 해당하지 않는 경우가 중소기

업에 해당하는 경우보다 유리한 조세감면 혜택을 부여받는 등 관계기업 기준의 도입

취지에 역행하게 된다.

2) 또한, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 중소기업기본법 시행령 제3조

제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]에 규정된 기존의 규모기준, 상호출자제한 기준, 자

산총액 5천억 원 이상 법인의 직‧간접 소유기준 및 관계기업 기준이 변경됨으로써 새

로이 중소기업에 해당하게 되거나 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에 적용되는 것

이고, 중소기업기본법 시행령 및 조세특례제한법 시행령에 새로 관계기업 기준을 도입

함에 따른 유예기간은 각 시행령 부칙에서 별도로 정하였음은 앞서 본 바와 같으므로,

이 조항에 따라 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다.

3) 아울러 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제

2조 제2항은 어느 기업이 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에

도 중소기업 유예기간이 적용되도록 규정하였으나, 위 시행령 부칙 제4조에 의하면 위

개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행(2015. 1. 1.) 이후 최초

로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하므로, 원고와 같

이 위 개정법률 시행 이전에 이미 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된

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경우에는 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다.

4) 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당

여부나 유예 여부는 조세특례제한법과 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하

고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없으므로(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두

10458 판결 참조), 원고 주장과 같이 중소기업기본법 시행령이 개정되어 중소기업이

다른 중소기업의 주식을 소유하는 경우에는 관계기업 기준에 불구하고 중소기업에 해

당한다고 규정하였다고 하여, 위 중소기업기본법 시행령 개정 이후의 사업연도인

2014, 2015 사업연도에 조세특례제한법 시행령이 정한 중소기업 유예기간을 적용할 여

지도 없다.

5) 결국, 2012 사업연도에 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된

원고에게는 중소기업 유예기간을 적용할 수 없고, 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처

분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문

과 같이 판결한다.