1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 경상남도지사는 2008. 6. 10. 경남 함안군 B 일원(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)을 C산업단지(변경 전: D산업단지)로 지정하고, 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다) 제16조에 따라 E 주식회사(변경 전: F 주식회사, 이하 ‘E’라 한다)를 C산업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자로 지정하였다.

나. E는 2008. 11. 7. 원고 및 주식회사 G, 주식회사 H, I단체와 사이에 프로젝트 금융(P/F) 대출약정을 체결하였고, 위 대출금채무의 상환을 담보하기 위하여 2008. 11. 10. 원고와 사이에 위탁자를 E로, 원고를 수탁자로, 원고를 비롯한 위 각 금융기관을 공동 제1순위 우선수익자로 하여 이 사건 사업부지에 관한 담보신탁계약을 체결한 후, 2009. 2. 24.경부터 원고에게 이 사건 사업부지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 이후 E는 이 사건 사업을 시행하여 2012. 12. 20. 경상남도지사로부터 이 사건 사업부지 중 개발이 완료된 1공구 부지 1,204,448.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 부분 준공인가를 받았고, 그 무렵 이 사건 토지의 지목이 임야에서 공장용지로 사실상 변경되었다. 라.

E는 2012. 12. 26. 이 사건 토지의 지목변경에 대하여, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 피고에게 감면신청을 하여 취득세를 감면받고, 농어촌특별세를 472,192,990원으로 산출하여 이를 신고납부하였다.

마. 그 후 피고는 경상남도의 종합감사 결과에 따라 2014. 10. 15. 원고에게, '위 2012. 12. 20.자 부분 준공인가로 인하여 이 사건 토지에 대한 사실상 지목변경이 이루어졌고,...