쟁점국고보조금의 성격 및 일시상각충당금 설정 가능 여부 등

1. 청구법인이 수령한 국고보조금 2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 합계 OOO원에 상당하는 금액을 해당 사업연도에 일시상각충당금으로 손금산입하고 손금에 산입한 감가상각비는 손금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하되, 감액되는 세액은 해당 사업연도에 증액경정된 세액을 한도로 한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 석유제품의 연구개발, 시험조사와 석유제품에 대한 품질검사를 수행하여 석유산업의 건전한 발전과 제품의 품질향상에 기여함을 목적으로 하여 1983.11.7. 동력자원부(현 지식경제부)가 100% 출연하여 「민법」제32조에 의거 ‘재단법인 한국석유품질관리원’으로 설립된 후, 2009.1.30. 개정된「석유 및 석유대체연료사업법」제25조의2의 규정에 의하여 2009.5.1. 위 재단법인의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하고 자산과 부채를 장부가액대로 승계받아 설립된 청구법인은 비영리법인이다.

나. 청구법인은 석유제품 품질검사 및 연구용역 등을 수익사업으로 영위하고 있는바, 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」제16조에 의하여 지식경제부장관으로부터 석유제품의 성능평가분석 보조장비, 품질검사 시험장비 등을 취득하기 위한 민간자본보조금(<표1> 참조, 2005～2009사업연도 OOO원, 이하 “쟁점국고보조금”이라 한다)과 유사석유제품 신고 포상재원 및 단속경비 보조 등을 위한 경상비로 민간경상보조금을 교부받았고, 청구법인은 쟁점국고보조금에 대하여 설립일부터 2007사업연도까지는 수익사업의 자본금(출연금)으로 회계처리하면서 취득한 고정자산에 대하여 감가상각비를 계상하였으며, 2008～2009사업연도는 기업회계기준에 따라 자산의 차감항목으로 계상하였다.

OOO

다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하고, 청구법인이 2005년～2009사업연도에 쟁점국고보조금에 대한 세무조정을 누락한 것으로 보아 이를 익금산입하면서, 공제대상인 2000·2001·2004사업연도의 결손금이 해당 사업연도에 수령한 국고보조금을 익금산입하여 재계산할 경우 결손금이 발생하지 아니한다는 사유로 각 사업연도 소득금액에서 공제하지 아니하고 2010.10.18. 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점국고보조금은 정부로부터 반대급부 없이 수령한 자본성격의 출연금이므로 「법인세법」상 수익(익금)에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은「공공기관의 운영에 관한 법률」제5조에 따라 정부가 지정한 준정부기관으로 같은 법 제26조 등에 의거 지식경제부장관의 승인을 받아 임원의 선임 및 해임, 정관의 변경, 예산 및 결산, 경영목표와 경영지침 작성 등을 하고 있는바, 기업회계기준을 사용하는 영리법인과 달리 1989.3.18 구 동력자원부장관(현 지식경제부장관)으로부터 승인을 받은 ‘회계규정’에 의하여 모든 회계처리를 하고 있으며, 동 규정제28조(국고보조금 등)에 따라설립된 후부터 2007사업연도까지는 국고보조금 수령시 출연금으로 계상하고, 동 보조금으로 취득한 고정자산에 대한 감가상각비를 손금계상하여 법인세신고를 하였으며, 2008 및 2009사업연도는「공기업·준정부기관의 정부출연금 등 회계처리지침」(기획재정부 2009.2.17. 시행)의 변경에 따라 국고보조금을 자산차감계정으로 처리하고, 감가상각비 상당액은 손금으로 계상하지 아니하고 법인세 신고를 하였으며, 민간경상보조금은 사업수익으로 계상하였다.

(나) 영리법인이 지원받는 국고보조금과 달리 쟁점국고보조금은 사실상 정부산하기관인 청구법인의 고유목적사업을 수행하기 위하여 정부가 출연하는 자본적 거래로서 이는 청구법인의 기본재산 형성의 성격을 갖는 것으로 「법인세법」제15조 제1항에서 규정한 수익에서 제외되는 자본 또는 출자의 납입(출연금)에 해당한다.

(다) 청구법인이 1998년 국세청장에게 질의하여 받은 회신문(법인46012-2909, 1998.10.8.)에서도 “정부의 허가에 의하여 설립된 비영리

법인이 석유제품의 품질관리 등에 필요한 고정자산을 취득하기 위하여 관련법령에 의하여 정부로부터 지급받는 금액은 「법인세법」제1조 제1항(현 제3조 제1항) 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것”으로 해석하였으며, 기획재정부(재법인-667, 2004.12.10.)에서도 “비영리법인이 「법인세법 시행령」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 연구 및 개발업을 수행하면서 용역대가가 없이 정부로부터 받은 출연금은 「법인세법」제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하지 않는 것”이라고 해석하였다.

(라) 청구법인이 고유목적사업을 수행하면서 석유사업자 등으로부터 수령하는 검사수수료 등은 「법인세법 시행령」제2조에서 규정한 ‘수익’에 해당하지만, 쟁점국고보조금은 정부가 당연히 하여야 하는 ‘석유 및 석유대체연료의 공정한 유통질서 확립, 성능평가 및 품질향상을 위한 연구개발’을 수행하기 위하여 청구법인이 정부로부터 아무런 반대급부 없이 수령한 것이므로, 쟁점국고보조금은「법인세법」상 수익(익금)에 해당하지 아니한다.

(마) 청구법인이 쟁점국고보조금 수령시 출연금으로 계상하고 동 보조금으로 취득한 고정자산에 대하여 감가상각비를 계상한 것의 실질은 「법인세법 시행규칙」제76조(영리법인의 구분경리) 제3항에서 규정한 ‘기타사업’에 속하는 자산을 ‘수익사업’에 속하는 자산으로 전입하여 감가상각한 것이므로 2005～2009사업연도에 대한 본 건 처분 중 최소한 쟁점국고보조금을 출연금으로 계상한 2005～2007사업연도의 국고보조금은 익금에 산입할 수 없다.

(2) 만약 쟁점국고보조금이「법인세법」상 익금에 해당한다면 동 금액은 일시상각충당금으로 손금산입되어야 한다.

(가) 위에서 설명한 바와 같이 청구법인은 정부로부터 승인받은 회계규정에 의하여 회계처리를 함에 따라 쟁점국고보조금을 익금산입대상으로 인식하지 못하였는바, 만일 이를 인식하였다면 법인세 신고시 당연히 세무조정을 하여 쟁점국고보조금을 익금산입함과 동시에 일시상각충당금으로 손금산입하였을 것이며, 이는 예산이 부족하여 정부로부터 지원받는 청구법인으로서는 과세이연의 혜택을 배제하고 세금을 납부한다는 것을 생각할 수도 없다.

(나) 처분청은 청구법인의 법인세 신고시 일시상각충당금을 설정하지 아니하고 감가상각비를 계상하여 신고하였기 때문에 쟁점국고보조금을 익금산입하고서도 일시상각충당금으로 손금산입하지 아니하였다고 주장하고 있으나, 「국세기 본법」제45조(수정신고) 제1항 제3호가 2000.12.29. 법률 제6303호로 개정되기 전에는 일시상각충당금의 손금산입에 대한 세무조정이 임의조정사항이라고 할 수 있겠으나, 위 규정이 개정되어 “세무조정과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 불완전한 신고를 한 경우”에 수정신고를 할 수 있도록 변경되었고, 위임을 받은 같은 법 시행령 제25조 제2항에서는 “국고보조금, 공사부담금 등을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 경우”를 규정하고 있으므로 일시상각충당금의 손금산입은 납세자의 선택사항이 아니라 강제조정사항이라 할 것이다. 또한, 「법인세법」제66조(결정 및 경정) 제2항에서는 신고내용에 오류·탈루가 있는 때에는 과소신고는 물론 과다신고도 반드시 경정하도록 규정하고 있으므로, 쟁점국고보조금과 같이 익금과 손금에 동시에 산입되는 세무조정사항을 신고하지 아니하였다 하더라도, 본 건 처분시 이를 당연히 손금에 산입하여야 함에도 익금에만 산입하여 과세한 것은 부당하다.

(3) 2004사업연도 이전에 이미 발생되고 그에 대한 부과제척기간이

경과하여 확정된 이월결손금(OOO원)을 본 건 처분시 각 사업연도 소득금액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다.

2009.12.31. 개정된 「법인세법」제13조(과세표준) 제1호는 법적 안정성 등을 감안하여 공제가능한 결손금을 명확히 한다는 취지인바, 2000·2001·2004사업연도에 발생한 결손금은 이미 신고로 확정되고 부과제척기간이 경과한 것임에도, 본 건 처분시 해당 사업연도에 수령한 국고보조금을 익금으로 보아 재계산할 경우 결손금이 발생하지 아니한다는 사유로 공제하지 아니하는 것은 위 개정취지에 반하여 부당한 것이므로, 이월결손금 중 2000사업연도 발생분 중 미공제액 OOO원은 공제기간(5년)내의 각사업연도의 소득금액에서 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 정부로부터 수령한 쟁점국고보조금은 청구법인의 수익사업(석유품질검사 및 연구)에 사용되는 기계장치 등의 구입비용이므로 이는「법인세법」상 익금에 해당한다.

(가) 청구법인은 쟁점국고보조금을 자본성격의 출연금이라 주장하고 있으나, 기업회계에서 자본이란 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔여액 또는 순자산으로서 기업실체의 자산에 대한 소유자의 잔여청구권을 의미하는바, 쟁점국고보조금은 청구법인이 수익사업을 영위하는데 필요한 고정자산의 취득자금을 국가에서 보조하여 주는 금액일 뿐이라 청구법인의 자산에 대한 청구권 형태인 자본으로 볼 수 없으며, 또한, 비영리법인인 청구법인의 경우 영리법인과는 달리 자본금이라는 개념이 별도로 존재하지 아니하므로 쟁점국고보조금을 자본성격의 출연금으로 인정할 수는 없다.

(나) 청구법인은 쟁점국고보조금을 출연금으로 계상한 것의 실질은 비영리법인의 ‘기타사업’에 속하는 자산을 ‘수익사업’에 속하는 자산으로 전입한 것과 동일한 것이므로 이를 익금에 산입할 수 없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 설립된 이후 현재까지 「법인세법」제113조(구분경리)에서 규정하는 독립적으로 이루어지는 기타사업(비수익사업)을 영위한 적이 없었으며, 국고보조금 수령시 수익사업에 해당하는 회계처리를 한 것으로 확인되는 점 등으로 보아 그동안 청구법인도 쟁점국고보조금을 수익사업에서 발생된 수익으로 간주한 것으로 판단되므로 청구주장을 받아들일 수는 없다.

(2) 일시상각충당금은 신고조정사항이므로 법인세 신고 당시 이를 설정하여 손금산입하지 아니하였다면 추후에 이를 반영할 수는 없다.

청구법인은 만약 쟁점국고보조금이 「법인세법」상 익금에 해당한다면 본 건 처분시 동 금액을 일시상각충당금으로 손금산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 같은 법 제35조(국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산가액의 손금산입) 및 같은 법 시행령 제64조, 같은 법 기본통칙 19-19…42에 의하면, 국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산은 해당 법인이 감가상가비를 계상하거나 일시상각충당금을 설정하는 방법 중 선택하여 손금에 산입할 수는 있으나, 일시상각충당금은 세무조정계산서에 이를 계상하여 산입한 경우에만 그 금액을 손금으로 보는 것인바, 청구법인이 법인세 신고시 감가상각비를 계상하였으므로 이를 다시 일시상각충당금을 설정하는 것으로 변경할 수는 없다.

(3) 청구법인은 2000·2001·2004사업연도에 발생한 결손금을 본 건 처분시 각 사업연도 소득금액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있

으나, 청구법인이 수령한 국고보조금을 익금산입대상으로 보아 위 사업연도의 소득금액을 재계산하면, 아래 <표2>와 같이 결손금이 발생하지 아니하게 되므로 2005～2009사업연도에 대한 법인세 과세표준 계산시 공제될 수 있는 이월결손금은 없는 것으로 판단된다.

OOO

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 비영리법인인 청구법인이 지급받은 쟁점국고보조금은 정부로부터 반대급부 없이 수령한 자본 성격의 출연금이므로「법인세법」상 수익(익금)에 해당하지 아니한다는 주장의 당부

② 쟁점국고보조금이 「법인세법」상 익금에 해당한다 하여도, 동금액은 일시상각충당금을 설정하여 손금산입하여야 한다는 주장의 당부

③ 본 건 처분시 2004사업연도 이전에 발생되어 이미 확정된 이월결손금(OOO원)을 각 사업연도 소득금액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제15조【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

② 생략

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

제36조【국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」ㆍ「지방재정법」그밖에 대통령령이 정하는 법률에 의하여 보조금 등의 자산(이하 이 조에서 "국고 보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용자산의 가액중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

⑤제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에따라 국고보조금등과 국고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의경우에는 국고보조금등의 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야한다.

⑥ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

제13조【과세표준】

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기 본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.

※ 부칙 <제9898호, 2009.12.31.>

제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】

①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 생략

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

제64조【국고보조금 등의 손금산입】

① 법 제36조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업용자산"이라 함은 사업용 고정자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 당해 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」,「지방재정법」 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률에 의한 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 감가상각비(취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업 연도에 전액 익금에 산입한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

※ 기본통칙 19-19…42【세무조정신고의 특례】

법 및 이 통칙에 특별히 규정하는 경우를 제외하고는 다음 각호에 게기하는 손금은 이를 결산에 반영함이 없이 세무조정계산서에 손금으로 계상할 수 없다

1. 영 제19조 제5호 및 제9호의 손비

2. 대손충당금, 퇴직급여충당금

3. 법 및 조세특례제한법에 의한 준비금·일시상각충당금 및 압축기장충당금, 다만, 법 제61조의 규정을 적용받는 경우를 제외한다.

(4) 국세기본법

제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제8호까지에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

3. 제1호 및 제2호외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

(5) 국세기본법 시행령

제25조【과세표준수정신고】

② 법 제45조 제1항 제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 세무조정 과정에서 「법인세법」제36조 제1항에 따른 국고보조금등 및 같은 법 제37조제1항 각 호 외의 부분에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 경우를 말한다.

(6) 석유 및 석유대체연료사업법

제25조의2(한국석유관리원의 설립)

① 석유 및 석유대체연료의 유통과 품질관리사업을 효율적이고 체계적으로 추진하기 위하여 한국석유관리원을 설립한다.

② 한국석유관리원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 석유 및 석유대체연료의 품질검사·시험분석 및 감정

2.석유 및 석유대체연료의 공정한 유통질서 확립을 위한 감시·점검·지도 및 홍보

3. 석유 및 석유대체연료의 성능평가

4. 석유 및 석유대체연료의 품질향상을 위한 연구개발

5. 기술정보의 수집·제공 및 국제기술 협력

6. 품질기준의 제정·개정을 위한 조사·연구

7. 석유 및 석유대체연료에 대한 기술지도·교육 및 홍보

8. 자체검사자에 대한 지도·확인

9.「액화석유가스의 안전관리 및 사업법」제26조에 따른 액화석유가스의 품질검사 등 다른 법령에서 위탁하는 업무

10. 그 밖에 석유제품 및 석유대체연료의 유통·품질관리 등과 관련하여 지식경제부장관이 필요하다고 인정하는 사업

(7) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률

제5조(임원 등)

① 공익법인에는 5명 이상 15명 이하의 이사와 2명의 감사를 두되, 주무 관청의 승인을 받아 그 수를 증감할 수 있다.

② 임원은 주무 관청의 승인을 받아 취임한다.

(8) 공공기관의 운영에 관한 법률

제5조(공공기관의 구분)

① 기획재정부장관은 공공기관을 공기업·준정부기관과 기타공공기관으로 구분하여 지정하되, 공기업과 준정부기관은 직원 정원이 50인 이상인 공공기관 중에서지정한다.

③ 기획재정부장관은 제1항 및 제2항의 규정에 따른 공기업과 준정부기관을 다음 각 호의 구분에 따라 세분하여 지정한다.

1. 공기업

가. 시장형 공기업 : 자산규모가 2조원 이상이고, 총수입액 중 자체수입액이 대통령령이 정하는 기준 이상인 공기업

나. 준시장형 공기업 : 시장형 공기업이 아닌 공기업

2. 준정부기관

가. 기금관리형 준정부기관 :「국가재정법」에 따라 기금을 관리하거나 기금의 관리를 위탁받은 준정부기관

나. 위탁집행형 준정부기관 : 기금관리형 준정부기관이 아닌 준정부기관

제26조 (준정부기관 임원의 임면)

① 준정부기관의 장은 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 주무기관의 장이 임명한다. 다만, 기관 규모가 대통령령이 정하는

기준 이상이거나 업무내용의 특수성을 감안하여 대통령령이 정하는 준정부기관의 장은 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 주무기관의 장의 제청으로 대통령이 임명한다.

② 준정부기관의 상임이사는 준정부기관의 장이 임명하되, 다른 법령에서 상임이사에 대한 별도의 추천위원회를 두도록 정한 경우에 상임이사의 추천에 관하여는 그 법령의 규정에 따른다. 다만, 상임감사위원은 제4항에서 정한 절차에 따라 대통령 또는 기획재정부장관이 임명한다.

③ 준정부기관의 비상임이사(다른 법령이나 준정부기관의 정관에 따라 당연히 비상임이사로 선임되는 사람은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)는 주무기관의 장이 임명하되, 기관규모가 대통령령으로 정하는 기준 이상이거나 업무내용의 특수성을 감안하여 대통령령으로 정하는 준정부기관의 비상임이사는 임원추천 위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 주무기관의 장이 임명한다. 다만, 다른 법령에서 해당 준정부기관의 비상임이사에 대하여 별도의 추천 절차를 정하고 있는 경우에 비상임이사의 추천에 관하여는 그 법령의 규정에 따른다.

④ 준정부기관의 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관이 임명한다. 다만, 기관 규모가 대통령령이 정하는 기준 이상이거나 업무내용의 특수성을 감안하여 대통령령으로 정하는준정부기관의 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관의 제청으로 대통령이 임명한다.

제46조(경영목표의 수립)

① 기관장은 사업내용과 경영환경, 제31조제3항 및 제4항의 규정에 따라 체결한 계약의 내용 등을 고려하여 다음 연도를 포함한 5회계연도 이상의 중장기 경영목표를 설정하고, 이사회의 의결을 거쳐 확정한 후 매년 10월 31일까지 기획재정부장관과 주무기관의 장에게 제출하여야 한다.

제50조(경영지침)

① 기획재정부장관은 공기업·준정부기관의 운영에 관한 일상적 사항과 관련하여 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 다음 각 호의 사항에 관한 지침(이하 "경영지침"이라 한다)을 정하고, 이를 공기업·준정부기관 및 주무기관의 장에게 통보하여야한다.

1. 조직 운영과 정원·인사 관리에 관한 사항

2. 예산과 자금 운영에 관한 사항

3. 그 밖에 공기업·준정부기관의 재무건전성 확보를 위하여 기획재정부장관이 필요하다고 인정하는 사항

다. 사실관계 및 판단

(1)심리자료에 의하면, 처분청은 아래의 <표3>과 같이 쟁점국고보조금을 익금산입하면서, 2008～2009사업연도에 청구법인이 비용으로 계상하지 아니한 감가상각비 상당액(2005～2007사업연도분은 이미 감가상각비를 계상함)을 손금산입한 내역이 확인된다.

OOO

(2) 심리자료에 의하면, 청구법인이 쟁점국고보조금 및 민간경상보조금에 대하여 다음과 같이 회계처리한 내역이 확인된다.

OOO

(3) 심리자료에 의하면, 청구법인이 고유목적사업 등을 수행하면서 발생하는 수입은 ① 지식경제부장관의 고시에 의하여 석유정제업자 및 수출입업자, 석유대체연료 제조업자 및 수출입업자로부터 매월 판매물량 또는 수입물량에 1리터당 일정금액(예 : 연료유의 경우 1리터당 OOO원)을 징수하는 석유류 및 LPG 검사수수료 ② 의뢰시험료 ③ 연구용역수입 ④ 민간경상보조금 등으로 이를 법인세법상 익금으로 계상하여 수익으로 신고하였으며, 사업연도별 수입금액 발생내역은 <표4>와 같다.OOO

(4) 청구인이 2011.12.20. 본 건 심판청구 중 법인세 2007사업연도분 OOO원에 대한 주장은 2011.5.12. 제기한 심판청구(조심 2011중1984)와 동일한 내용으로 심리에서 제외하여 줄 것을 신청하였으므로 이에 대한 심리를 생략하고, 조심 2011중1984 사건에서 심리하기로 한다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다.

청구법인은 쟁점국고보조금이 정부로부터 반대급부가 없이 수령한 자본성격의 출연금이므로 「법인세법」상 수익(익금)을 구성하지 아니한다고 주장하고 있으나,

쟁점국고보조금은 청구법인의 수익사업에 사용되는 기계장치 등의 구입비용으로 「법인세법」상 자본의 납입에 의하여 생기는 순자산의 증가에 해당하지 아니하므로 이는 익금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 쟁점②에 대하여 본다.

처분청은 쟁점국고보조금에 대한 일시상각충당금은 신고조정사항에 해당되므로 청구법인이 법인세 신고 당시 일시상각충당금을 설정하여 손금산입하지 아니한 이상, 추후에 이를 손금에 산입할 수는 없다는 의견을 제시하고 있다.

살피건대, 증액경정처분이 이루어진 경우 증액된 세액의 범위내에서 동 처분의 원인 이외의 사유, 즉 신고나 결정에 의하여 당초에 확정된 내용의 하자를 대상으로 하여 불복청구를 제기할 수도 있는 것(국심 2003중556, 2003.10.18. 합동회의 같은 뜻임)인바,

고정자산은 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙이나, 국고보조금에 대하여 일시상각충당금의 설정 및 손금산입을 허용하는 취지가 공익사업에 해당하는 자본적 지출에 충당할 국고보조금을 익금에 산입하여 일시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 지급취지인 고정자산 등의 취득에 지장이 초래되므로 동 보조금을 수령한 사업연도에 법인세가 일시에 징수되는 것을 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산 등에 대한 감가상각비와 상계처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는 데 있다할 것인 점,「법인세법」또는「조세특례제한법」에 규정된 일시상각충당금을 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입한 경우에는 그 금액을 손금에 산입한다고 규정하고 있고 이와 같이 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 일시상각충당금은 실제 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 충당금의 설정에 따르는 손금산입이 허용되는 점(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조), 「법인세법 시행령」제98조 제2항에 의하면 국고보조금을 수령한 경우의 손금산입방법으로 결산조정방법(통상의 감가상각으로 처리)과 신고조정방법(일시상각충당금을 손금산입)이 모두 인정되고 있고 이 때 어떻게 처리할 것인지 여부는 전적으로 법인의 선택에 달려 있다 할 것이나, 기업회계기준에서는 일시상각충당금을 조세지원의 수단으로 계상한 손금일 뿐이지 비용이 될 수 없다고 보아 손금계상을 인정하지 아니함에 따라 결산조정에 의하여 세무조정을 할 수 없어 신고조정에 의할 수밖에 없고, 법인이 국고보조금 등을 수령하였으나 그 날이 속하는 사업연도에 일시상각충당금을 설정하고 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 신고하였다 하더라도 국고보조금 손금산입방법이 신고조정사항이 아닌 결산조정사항으로 확정되는 것이 아니라는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 쟁점국고보조금을 수령한 사업연도의 과세표준과 세액을 신고함에 있어 일시상각충당금을 설정하는 손금산입방식으로 하지 아니하였다는 사유만으로 처분청이 본 건 처분시 쟁점국고보조금에 상당하는 금액을 일시상각충담금으로 손금에 산입하지 아니한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

따라서, 청구법인의 2005～2006사업연도 소득금액 계산시 쟁점국고보조금 중 같은 사업연도에 수령한 OOO에 상당하는 금액을 일시상각충당금으로 손금산입하되, 「국세기본법」제22조2 제2항에 따라 증액경정된 세액을 한도로 하는 것이 타당하다고 판단된다.

(7) 쟁점③에 대하여 본다.

청구법인은 기신고한 이월결손금인 2000사업연도 발생분 중 미공제액 OOO원은 이미 부과제척기간이 경과하여 확정된 것이므로 2005～2009사업연도에 대한 본 건 처분시 각 사업연도의 소득금액에서 공제하는 것이 타당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 각 사업연도의 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 하여 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 확정된 과세처분과는 별개인 이후의 사업연도에 대한 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나「법인세법」에 따라 이월결손금에 변동이 발생한다는 주장을 다시 제기할 수 있는 것(대법원 2001두2652, 2002.11.26., 참조)인바, 국세부과제척기간이 경과한 2000·2001·2004사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다 하더라도 청구법인이 수령한 국고보조금을 익금에 산입하여 재계산하면 결손금이 발생하지 아니하게 되어 2005～2009사업연도 법인세 과세표준 계산시 공제할 수 있는 이월결손금은 없다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 청구주장을 받아들일 수는 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문