1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다....

1. 처분의 경위

가. 원고의 전신인 철도청은 2004. 5. 20. 주식회사 연합뉴스(이하 ‘연합뉴스’라고 한다)와 ‘KTX 열차 내 뉴스 등 영상정보 제공을 위한 방송설비 개량 및 방송콘텐츠 운영에 관한 협약’을 체결하였다

(이하 ‘이 사건 제1차 협약’이라 한다). 그 후 이 사건 제1차 협약은 철도청의 뒤를 이어 2005. 1. 1. 한국철도공사법에 근거하여 철도운영에 관한 사업을 영위하기 위해 설립된 원고와 연합뉴스 사이에 2007. 7. 1.자 제2차 협약, 2008. 9. 1.자 제3차 협약, 2010. 12. 31.자 제4차 협약(이하 위 제2 내지 4차 협약을 ‘이 사건 제2, 제3, 제4차 협약‘이라 각 칭하고, 이 사건 제1 내지 4차 협약을 통틀어 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 통해 각 개정 및 갱신되었다.

나. 원고와 연합뉴스는 이 사건 협약에 따라 KTX 열차 내 모니터, 액자 등 영상ㆍ정보시설을 이용한 광고사업 및 영상ㆍ정보사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행하고, 이 사건 사업에서 발생한 영업이익과 경상이익을 분배하였다.

다. 서울지방국세청장은 2011. 3.경 연합뉴스에 대한 세무조사를 실시하여 원고에게 지급된 이 사건 사업 관련 정산금{별표 1 이 사건 사업의 정산 및 이익배분 내역 중 ‘원고 투자비 회수(E)’란 기재금액 및 ‘원고 분배이익(H)’란 기재금액, 이하 위 각 금원을 합하여 ‘이 사건 정산금’이라 한다}은 원고가 KTX 열차 내 방송시설 이용권을 연합뉴스에 부여하고 그 대가로 받은 것임에도, 원고가 이에 대한 세금계산서를 발급하지 않고 부가가치세 매출세액을 신고하지 않았다고 판단하여 원고에 대한 과세 관할관청인 피고에게 해당 과세자료를 통보하였다.

이에 피고는 위 과세자료를 근거로 2012. 1. 2. 원고에게 부가가치세로 별지 1 처분목록...