조심2017서464 (2017.07.11)

국내에 실질적 관리장소가 있어 법인세법상 내국법인에 해당되는지 여부 및 부당행위계산부인 대상 해당

이 사건 SPC는 명목회사가 아닌 실제 운영되는 회사이며, 실질적 관리장소가 국내에 있는 내국법인에 해당하나, SPC를 통한 이 사건 자금지원은 경제적 합리성이 있으므로 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니함

법인세법 제1조정의 및 52조부당행위계산의 부인

2017구합80783 법인세등부과처분취소

0000상사 주식회사

00세무서장

2018. 10. 25

2018. 11. 29

1. 피고가 201x. x. x. 원고에 대하여 한 별지[표] '당초 부과세액'란 기재 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분 중 'AAAAA관련 세액'란 기재 각 법인세 및 농어촌특별세 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 탄광ㆍ유전개발 등의 자원개발사업을 목적으로 하는 내국법인이고, YYYY는 OO공화국의 광구에 매장된 LNG를 채굴하여 판매하는 사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 영위하는 법인이다.

나. OO정부는 199x. x. x. □□□ 석유회사인 TTTTT을 이 사건 사업의 주계약자로 선정하였고, 이후 예멘 정부와 TTTTT은 이 사건 사업을 수행하기 위한 특수목적법인인 YYYY를 설립하였는데, OOOO가스공사(이하 'YYY'라 한다)의 전신인 GGC 및 TTTTT이 이 사건 사업을 수행하기 위하여 설립한 특수목적법인인 ○ ○ LNG Company가 YYYY의 주주로 참여하였다.

다. 원고는 해외 LNG 개발사업에 참여할 목적으로 199x. x. xx.경 YYY로부터 YYYY 지분 약 x.xx%(이하 '이 사건 지분'이라 한다)를 취득하고, 해외자원개발 사업법 등 관련 법령에 따라 해외자원개발계획신고 및 해외직접투자신고를 마쳤다.

라. 원고는 200x. x. xx. 자본금 100%(미화12,000달러)를 출자하여 버뮤다에 HHHHH를 설립한 후, 200x. x. x. 보유하고 있던 이 사건 지분 및 YYYY에 대한 채권 등 일체를 HHHHH에 양도함과 동시에 그 양도대금(미화 xxx백만달러 상당, 이하 '이 사건 양도대금 채권'이라 한다)을 미수채권으로 장부에 계상하였고, 같은 날 원고의 HHHHH에 대한 지분 중 49% 및 이 사건 양도대금 채권 중 49%(미화 XX백만달러 상당)를 □□□□공사에 양도하였다.

마. OO지방국세청장은 201x. x. xx.부터 201x. x. xx.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 그 결과 HHHHH가 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인에 해당하고, 원고가 201x 사업연도부터 201x 사업연도까지 특수관계인인 HHHHH에게 이 사건 양도대금 및 YYYY 등에 대한 금융제공 의무를 이행하는데 필요한 금원(이하 위 양도대금 및 원고가 HHHHH에 대여한 금원을 합하여 '이 사건 금원'이라 한다)을 시가보다 낮은 이율로 대여한 것이 법인세법 제52조의 부당행위계산에 해당한다고 보아, 이 사건 금원에 가중평균차입이자율(또는 당좌대출이자율)을 적용하여 산정한 금액과 원고의 대여이자율을 적용하여 산정한 금액의 차액인 xx 백만원(이하 '이 사건 인정이자'라 한다)을 각 사업연도별 소득금액 계산시 익금에 산입하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 피고는 201x. x. x. 원고에게 별지 [표] '당초 부과세액'란 기재 각 법인세 및 농어촌특별세를 결정ㆍ고지하였는데, 그 중 이 사건 인정이자의 익금산입과 관련된 부분은 별지 [표]aaaa 'HHHHH 관련 세액'란 기재와 같다(이하 별지 [표] 'HHHHH 관련 세액'란 기재 법인세 및 농어촌특별세 부과처분 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 201x. xx. x. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 201x. x. xx. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고의 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) 내국법인의 판단에 관한 법인세법상 '실질적 관리장소' 규정은 그 입법취지 등을 고려할 때 조세회피의 목적이 있는 경우에만 제한적으로 적용되어야 하고, 그러한 목적 없이 해외자원개발사업 참여 등 정당한 사업상의 필요에 의하여 설립된 특수목적법인에 대해서까지 위 규정이 적용된다고 할 수 없다. 그런데, HHHHH는 원고가 □□□□공사와 공동으로 이 사건 사업에 투자하기 위해 설립한 특수목적법인이어서 법인세법상 내국법인에 해당하지 않으므로, 원고와 HHHHH 사이의 이 사건 금원 거래에 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다.

2) 설령 HHHHH가 내국법인에 해당한다고 하더라도, 원고가 HHHHH를 설립하여 이 사건 지분 등을 양도하고, □□□□공사에는 HHHHH 지분 등을 양도한 경위, 원고 등과 HHHHH의 관계, 원고 등이 HHHHH에게 자금을 대여하고, HHHHH로부터 위 자금을 회수한 경위와 형태 등을 고려할 때, 원고가 HHHHH에게 이 사건 금원을 대여하는 형식을 취하기는 하였으나 그 경제적 실질은 위 금원을 이 사건 사업에 직접 투자한 것과 같으므로, 원고가 HHHHH에게 이 사건 금원을 시가보다 낮은 이율로 대여한 것이 경제적 합리성을 결하였다고 할 수 없어 부당행위계산부인의 요건을 충족하지 못하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) YYYY와 그 주주들 사이에 199x. x. xx. 아래와 같은 내용의 협약이 체결되었고, YYYY는 위 협약에 따라 이 사건 사업에 필요한 자금의 60%는 금융기관으로부터 차입하고, 나머지 40%는 주주들로부터 차입하였다. 그 결과 각 주주들은 YYYY 또는 YYY의 자금요청시 지분율에 비례하여 YYYY의 어드밴스(Advances)(YYYY 지분율에 따라 채권 형식으로 투자하는 금액으로, YYYY의 지분과 분리하여 양도 불가능하며, 이자율은 0%이다, 이하 '어드밴스 채권'이라 한다)를 인수할 의무를 부담하고, YYY에 사업자금(YYYY 지분을 보유하였으나 어드밴스 채권 등 투자비를 납입할 능력이 없는 YYY를 대신하여 YYYY의 다른 주주들이 대여금의 형식으로 대납한 투자비로 별도의 이자 약정을 한다)을 대여할 의무를 부담하게 되며, 또한 각 주주들은 지분율에 비례하여 완공보증(Completion Guarantee)의무를 부담하는데, 이는 LNG 광구가 완공되어 정상적으로 가동되는 시점까지 금융기관이 YYYY에게 대여한 금원에 대하여 보증을 제공하는 것을 의미하고, 금융기관들은 완공보증을 제공하려는 회사들에게 '투자적격' 이상의 신용등급을 보유할 것을 요구하고 있다.(협약서 생략)

2) 원고 등과 HHHHH는 200x. x. xx. 산업자원부장관에게 원고가 이 사건 지분 일체를 자회사인 HHHHH에게 양도한 후 HHHHH 지분 일부(49%)를 □□□□공사에게 양도한다는 내용의 해외자원개발사업계획 변경신고서를 제출하였고, 200x. x. xx. 위 변경신고가 수리되었다.

4) 원고는 200x. x. x. HHHHH와 이 사건 지분 등의 양도와 관련하여 아래와 같은 내용의 'YYYY 지분 양수도 계약'을 체결하였다. (계약서 생략)

5) 또한 원고 등과 HHHHH는 200x. x. xx. HHHHH의 운영자금의 대여 등과 관련하여 'SPC 대부계약'(이하 '이 사건 대부계약'이라 한다)을 체결하였고, 원고 등은 200x. xx. xx. HHHHH의 운영과 관련하여 'SPC 운영계약'(이하 '이 사건 운영계약'이라 한다)을 각 체결하였는데, 위 각 계약의 주된 내용은 아래와 같다. (계약서 생략)

6) HHHHH의 현황 및 운영 내역 등은 아래와 같다.

가) HHHHH의 사업장은 버뮤다에 소재하고 있는데, 위 사업장 소재지에 물적 시설 및 상시 근무 인원은 존재하지 않는다.

나) HHHHH는 OO에 소재한 YYYY 이사회 구성원 중 1명을 보유하고 있고, YYYY 사업과 관련된 중요 의사결정을 하는데 필요한 이사회를 두고 있으며, 원고와 □□□□공사 사이에 200x. x. x. 체결된 아래와 같은 내용의 Shareholders' Agreement 추가합의서 및 이 사건 운영계약에 따라 이사회는 원고 측 x명, □□□□공사 측 x명 등 총 5명의 이사로 구성되고, 원고 측에서 HHHHH의 대표이사(사장)를, □□□□공사 측에서는 부사장을 각 지명한다. (합의서 생략)

다) HHHHH의 관리업무는 원고의 위탁을 받은 △△△△개발에서 수행하고 있고, HHHHH는 국내에 개설한 원화계좌를 통해 원고와 □□□□공사로부터 지분비율에 따른 금원을 대여금의 형식으로 입금받아 인건비 및 일반관리비 등의 비용을 지출하고 있다.

라) HHHHH의 대표이사는 △△△△개발 소속 직원(부장)인 김△△이 맡고 있고, HHHHH의 대표이사가 YYYY의 이사로서 이사회에 참석하여 의사결정에 참여하고 있다.

마) HHHHH의 회계처리는 서울에 위치한 △△△△개발의 관련 부서에서 하고 있으며, 회계장부도 △△△△개발 사무실에 보관하고 있다.

바) 설립시부터 201x. x.경까지 개최된 HHHHH 이사회의 일시, 장소 및 의안은 아래 표 기재와 같다. (표 생략)

사) HHHHH는 201x. x. xx. 폐업하였다.

7) HHHHH의 설립 이후 원고와 □□□□공사는 YYYY 또는 YYY의 자금요청이 있을 경우 이 사건 대부계약에서 정한 바에 따라 HHHHH가 YYYY 등에 대하여 부담하는 채무상의 약정 이율과 동일한 이율을 적용하여 HHHHH가 국내에 개설한 외화계좌로 자금을 대여하였고, HHHHH는 YYYY의 채권을 매입하거나 YYY에 자금을 대여하는 방법으로 YYYY와 주주들 사이의 협약에 따른 금융제공 등의 의무를 이행하였다.

8) YYYY는 200x. xx. 최초로 LNG 상업생산을 시작하였고, 201x. xx.경부터 주주들을 대상으로 주주대여금(어드밴스 채권, YYY 대여금) 상환 및 배당을 개시하였으며, HHHHH는 201x 사업연도부터 201x 사업연도까지 YYYY로부터 ① YYY 대여금의 원금 미화 xx백만달러, ② 어드밴스 채권의 원금 미화 xxx백만달러, ③ YYYY 지분에 대한 이익배당 미화 xx백만달러를 각 회수하였는데, 그 중 YYY 대여금의 원금과 어드밴스 채권의 원금은 원고와 □□□□공사의 HHHHH 지분 비율에 따라 대여금의 원금으로 회수하였고, HHHHH가 수령한 YYYY 지분에 대한 이익배당의 경우 ① 우선 HHHHH 운영비로 미화 약 x백만달러를 공제한 후, ② 원고가 지급한 에이전트 비용(Agent Fee) 미화 약 xxx만 달러, 원고가 YYYY 지분을 취득하기 위하여 YYY에 지급한 YYY 프리미엄 미화 약 x,xxx만 달러, 원고와 □□□□공사가 예멘정부에 지급한 보너스 미화 약 xx만 달러의 회수에 충당하고, ③ 남은 금액을 원고와 □□□□공사가 HHHHH 지분에 대한 배당금으로 각 지분 비율에 따라 회수하였는데, 이를 표로 정리하면 아래와 같다. (표 생략)

9) 서울지방국세청이 □□□□공사에 대한 세무조사 과정에서 201x. x. xx. HHHHH의 대표자이자 △△△△개발의 직원인 김△△으로부터 받은 문답서의 주된 내용은 아래와 같다. (문답서 생략)

10) 한편, OO지방국세청장은 □□□□공사가 HHHHH에 대여한 금원에 대하여도 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정이 적용된다고 보아 위 금원에 가중평균차입이자율(또는 당좌대출이자율)을 적용하여 산정한 금액과 □□□□공사의 대여이자율을 적용하여 산정한 금액의 차액을 각 사업연도별 소득금액 계산시 익금에 산입하는 내용의 과세자료를 OOO세무서장에게 통보하였다. 이에 OOO세무서장은 201x. x. x. □□□□공사에게 법인세 및 농어촌특별세를 부과하였으나, 이후 다른 해외자원개발사업과 관련한 조세심판원의 결정 등을 고려하여 201x. x. x. 위 부과처분을 취소하였다가 201x. x. x. 다시 □□□□공사에게 HHHHH에 대한 금원의 대여와 관련하여 201x 사업연도 법인세 및 농어촌특별세를 부과하겠다는 과세예고통지를 하였는데, 위 과세예고통지에 대한 □□□□공사의 과세전적부심사청구에서 국세청장은 201x. x. xx. 위 201x 사업연도 법인세 등의 부과가 재처분에 해당함을 이유로 □□□□공사의 위 과세전적부심사를 채택한다는 결정을 하였다.

라. 판단

1) HHHHH가 법인세법상 내국법인에 해당하는지 여부

가) 법인세법 제1조 제1호는 '내국법인이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다'고 규정하고 있고, 제3호는 '외국법인이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다'고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제1조 제1호가 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되면서 내국법인과 외국법인의 구별에 관하여 법인세법은 국내에 '본점'이나 '주사무소' 또는 '사업의 실질적 관리장소'를 둔 법인도 내국법인으로, 내국법인 이외의 법인을 외국법인으로 본다고 규정하게 되었다. 그런데 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 '실질적 관리장소'란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리・처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록・보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, HHHHH는 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① HHHHH는 버뮤다에 주소를 두고 있으나, 위 주소지에는 물적시설과 상근인력 등 실질적이고 독자적인 영업설비가 존재하지 않고, HHHHH의 관리업무는 원고의 위탁을 받은 내국법인인 △△△△개발이 수행하고 있으며, HHHHH는 국내에 개설한 계좌를 통해 원고와 □□□□공사로부터 지분비율에 따른 금원을 대여금 명목으로 지급받아 YYYY의 주주로서 부담하는 금융제공의무에 필요한 비용 및 HHHHH의 운영에 필요한 비용을 지출하고 있다.

② HHHHH는 주된 자산이 이 사건 지분과 YYYY에 대한 채권이고, YYYY의 주주로서의 권리 행사 및 의무의 이행이 HHHHH의 주된 사업으로 보이고, 이 사건 주식의 양도, 이 사건 대부계약 등의 체결, HHHHH 각 사업연도 예산 및 결산 재무제표의 승인, 배당 등 HHHHH의 사업과 관련한 중요한 의사결정이 HHHHH의 이사회를 통해 이루어졌는데, HHHHH의 이사회는 서면으로 갈음하거나 서울에서 개최되었고, HHHHH의 사업장이 있는 버뮤다나 그 밖의 국가에서 어떤 종류의 의사결정이나 관리활동이 이루어진 바가 없다.

③ HHHHH 이사 5명의 거주지가 모두 국내이고, 이 사건 처분 당시 HHHHH 대표이사였던 김△△은 원고의 위탁을 받아 HHHHH의 관리업무를 수행하는 △△△△개발의 직원이며, HHHHH의 회계서류가 작성되어 보관하는 장소 또한 국내에 있는 △△△△개발의 사무실이다.

④ 원고는, 법인세법이 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되면서 내국법인의 판단기준으로 '실질적 관리장소' 개념을 도입하였는데, 그 주된 취지가 조세피난처 등에 명목회사(Paper Company)를 두고 실질적으로는 국내에서 사업활동을 수행함으로써 사실상 내국법인과 동일하게 활동하면서도 과세를 회피하는 것을 방지하기 위한 것인 점, '실질적 관리장소'의 개념 자체가 매우 추상적이고 불명확하여 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 위 기준을 제한적으로 적용할 필요가 있는 점 등을 들어, 해외자원개발사업 참여를 위해 설립된 특수목적법인과 같이 외국에 법인을 설립한 것에 정당한 설립목적이 존재하여 조세회피의도가 없다면 '실질적 관리장소'를 이유로 내국법인으로 간주하여 과세할 수는 없다고 주장한다. 그러나, ㉠ 위와 같은 법인세법의 개정 목적이 국외 명목회사를 이용한 조세회피 방지에 그치는 것으로 보기 어렵고, '실질적 관리장소'는 법원의 해석으로 그 의미가 충분히 분명해질 수 있는 개념에 해당하는 점, ㉡ 세법 규정의 입법목적으로 조세회피 방지를 고려하였다는 것과 그 과세요건으로 조세회피목적을 요구할 것인지는 별개로 보아야 하는 점, ㉢ 법인세법 제1조 제1호는 내국법인의 판단기준인 '실질적 관리장소'와 관련하여 조세회피목적을 별도로 요구하고 있지 않는데, 그럼에도 그 판단에 있어 조세회피목적이 있을 것이 요구된다고 보기 어려운 점 등을 고려할 때, '실질적 관리장소'를 기준으로 HHHHH가 내국법인에 해당하는지 여부를 판단하는 것에 어떠한 위법이 있다거나, 이 사건 처분이 '실질적 관리장소'의 기준을 부당하게 확대 적용한 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 또한 원고는, 기획재정부에서 '내국법인이 해외자원개발사업에 투자하기 위하여 해외에 특수목적법인을 설립하여 주무부장관에게 신고・수리를 받은 후 실제로 그 해외특수목적법인을 통하여 정상적으로 해외자원개발사업을 영위한 경우에는 법인세법상 실질적 관리장소 규정을 적용하여 당해 해외특수목적법인을 내국법인으로 간주할 수 없다'는 취지의 유권해석(국제조세제도과-404, 2016. 10. 28.)을 하였고, 조세심판원도 같은 취지에서 '국내기업이 관련 법령에서 정한 절차에 따라 주무장관에게 신고・수리한 해외자원개발사업에 공동투자하기 위하여 해외에 설립한 특수목적법인에 대하여 실질적 관리장소 기준을 직접 적용하기는 어렵다'라는 판시[조심 2016구2552, 2553, 2016서2554~2559(병합)]를 함으로써, HHHHH와 같이 국내기업들이 공동으로 해외자원개발사업을 시행하기 위하여 해외에 설립한 회사에 대해서는 실질적 관리장소의 기준을 적용하여 해당 법인을 내국법인으로 간주할 수 없다는 입장을 명확히 하였다고 주장한다. 그러나 법인세 과세요건으로서의 내국법인 여부에 대한 법원의 판단이 위와 같은 기획재정부의 입장이나 조세심판원의 결정에 구속되는 것이 아닐 뿐만 아니라, 원고가 들고 있는 기획재정부의 유권해석은 내국법인이 외국법인과 합작하여 해외자원개발사업에 투자하기 위하여 해외에 특수목적법인을 설립한 경우에 대한 것이고, 조세심판원의 위 결정 역시 내국법인인지 여부가 문제된 버뮤다 소재 법인과 HHHHH는 그 세부적인 현황과 운영내역 등에 차이가 존재하는 것으로 보여 이 사건과는 그 사안을 달리하므로, 기획재정부의 위 유권해석 및 조세심판원의 이 결정이 해외자원개발 목적으로 설립된 특수목적법인의 경우 내국법인의 판단기준 중 실질적 관리장소에 관한 규정을 배제하겠다는 입장을 명확히 밝힌 것이라거나 이 사건에 그대로 적용될 수 있다고 보기도 어려우므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

2) 부당행위계산의 존재 여부

가) 법인세법 제52조 제1항은 '과세관청은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 '부당행위계산'이라 한다)에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다'고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제88조는 '법인세법 제52조 제1항의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다'고 규정하면서 제6호에서 '금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우'를, 제9호에서 '그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'를 들고 있다.

한편, 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 특수관계에 있는 내국법인인 HHHHH에게 YYYY 및 YYY에 대한 금융제공 의무를 이행하기 위한 자금을 시가보다 낮은 이율로 대여한 사실은 위에서 본 바와 같거나 당사자 사이에 다툼이 없다.

그러나, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고의 위와 같은 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것으로서 법인세법 제52조 제1항의 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고는 이 사건 사업에 투자하기 위해 199x. x. xx. 이 사건 지분을 취득하고, YYYY와의 주주간 협약에 따라 YYYY 및 YYY에 대한 금융제공 의무를 이행해 왔는데, 200x년부터 자금사정의 악화로 워크아웃에 들어가게 되면서 신용등급이 하락하게 되었고, 이로 인하여 위 협약에 따른 완공보증 제공의무를 이행할 수 없게 되었으며, 위 협약에 의하면 원고가 완공보증을 제공하지 못할 경우 이사회 의결권을 박탈당하고, YYYY로부터 배당금 등의 금원을 지급받을 수 없게 되므로, 사실상 이 사건 사업을 포기할 수밖에 없게 되는데, 이에 원고는 이 사건 사업에 계속해서 참여하기 위하여 당시 우수한 신용등급을 보유한 □□□□공사에게 원고를 대신하여 완공보증을 제공하여 줄 것을 요청하였고, □□□□공사는 원고가 보유한 이 사건 지분 중 일부를 양도받는 것을 대가로 원고를 대신하여 완공보증을 제공하기로 하였던 것으로 보인다.

② 그런데, YYYY와의 주주간 협약에 따르면, □□□□공사가 원고로부터 이 사건 지분 일부를 직접 양도받을 경우 지분율 xx% 이상에 해당하는 다른 주주들의 동의가 필요하고, YYYY의 다른 주주들이 원고가 양도하려는 지분에 대하여 선매권을 행사할 수 있는 반면, 원고가 xx% 이상의 지분을 보유하고 있는 자회사에 이 사건 지분을 양도할 경우에는 지분율 xx%에 해당하는 주주들의 동의가 필요하였고 다른 주주들이 선매권을 행사할 수도 없으므로, 원고는 위 협약상의 지분양도의 제한을 피하면서 원고를 대신하여 완공보증을 제공하는 □□□□공사에게 이 사건 지분 일부를 양도하는 효과를 누리기 위하여, 명목상 자회사를 설립하여 이 사건 지분 등을 양도하고, □□□□공사에게 위 자회사 지분 일부를 양도하는 방안을 강구하였고, 그에 따라 원고는 버뮤다 법인인 HHHHH를 설립하여 □□□□공사와 공동으로 이 사건 사업에 투자하는 구조를 취하게 되었던 것으로 보인다.

③ HHHHH의 설립 이후 원고와 □□□□공사는 YYYY 또는 YYY의 자금요청이 있을 경우 HHHHH에 자금을 대여한 후 HHHHH를 통하여 YYYY의 채권을 매입하거나 YYY에 자금을 대여하는 방법으로 과거와 동일한 금융제공의무 등을 이행하였고, 반대로 YYYY가 LNG 상업생산을 시작한 이후부터 HHHHH를 통하여 YYYY 및 YYY로부터 배당금과 채권 및 대여금의 원금을 지급받았는데, HHHHH가 YYYY로부터 지급받은 배당금은 일부를 HHHHH 운영비용 등으로 충당한 후 나머지 금원을 그대로 원고와 □□□□공사에 대한 배당금으로 재배당하고, YYYY 및 YYY로부터 지급받은 채권 및 대여금의 원금은 그대로 원고와 □□□□공사에 대여금 상환 명목으로 지급하여 HHHHH의 수입 중 원고와 □□□□공사에 지급되지 아니하고 부당하게 국외에 유보되어 있는 자산은 존재하지 않는 것으로 보인다.

④ 또한 이 사건 사업에 관한 HHHHH의 실질적인 사업활동 및 운영은 원고 등의 의사 결정 내지 원고 등이 체결한 이 사건 대부계약 및 운영계약에 기해 이루어졌고, 201x. x.경 예멘 내전이 악화되면서 YYYY가 불가항력을 선언하고 LNG 플랜트 가동을 정지한 이후부터 HHHHH는 아무런 활동을 하지 않고 있다가 201x. x. xx. 폐업하였다.

⑤ 결국, 원고는 YYYY에 대한 당초의 투자지분을 잃지 않고 그대로 유지하기 위하여 HHHHH를 설립한 것이고, HHHHH의 설립 이후에는 원고가 HHHHH에게 자금을 지급하여 YYYY 등에게 금융제공 의무를 이행하게 한 다음 HHHHH로부터 배당금 등을 지급받는 형태로 투자구조가 변경되었을 뿐, 원고의 권리・의무에는 어떠한 변화도 발생하지 않았고, 원고가 형식적으로는 HHHHH의 지분을 보유하고 있으나, 그 경제적 실질은 YYYY 지분을 직접 보유하면서 이 사건 사업에 직접 투자하는 것과 동일하므로, 비록 원고가 HHHHH에게 대여의 형식을 취하여 YYYY 등에 대한 금융제공 의무 이행에 필요한 자금을 지급하기는 하였으나 YYYY에게 금융제공 의무를 이행한 것과 동일한 내용(대여금액, 이자율 등)으로 위 자금을 지급한 것이다.

⑥ 나아가, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하고, 원고가 통상의 합리적인 거래형식이 아닌 이상한 거래형식을 취함으로써 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위를 하였는지 여부는 단순히 원고가 HHHHH가 아닌 특수관계 없는 법인에게 자금을 대여하는 경우와 비교할 것이 아니라 이 사건 지분을 직접 보유하면서 HHHHH를 거치지 않고 금융제공 등의 의무를 이행하는 경우와 비교하여 결정되어야 할 것인데, 국내 투자자들이 조세회피목적이 없이 공동투자의 일원화를 위하여 중간단계에 특수목적법인을 설립하는 것이 이례적인 경우라 할 수 없고, 원고 등은 200x. x. xx. 해외자원개발사업의 주무부장관인 산업자원부장관에게 HHHHH를 통하여 이 사건 사업에 공동으로 투자한다는 내용의 해외자원개발사업계획 변경신고서를 제출하여 적법하게 수리되었으며, 원고 등이 HHHHH로부터 지급받는 배당금 등의 수입은 YYYY로부터 지급받는 것임을 전제로 관련 세법을 적용하여야 하므로, 원고가 HHHHH를 통하여 YYYY 등에 금융제공 의무를 이행하고, 배당금 등을 받음으로써 조세부담을 부당하게 회피하였다거나 조세부담이 경감된 것으로 보이지 않는다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.