1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 1) 원고는 화학약품 제조업, 수출입업, 의약품 제조업 등을 목적으로 1989. 6. 26. 설립된 회사로 매년 7월 1일부터 6월 30일까지를 사업연도로 하였다(2014 사업연도 이후 매년 1월 1일부터 매년 12월 31일까지를 사업연도로 한다

). 2) 원고는 2011 사업연도 상시 사용하는 종업원 수가 51명, 자본금이 7억 4,000만 원, 매출액이 52,490,371,464원으로 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라 한다)를 두고 있는데, 조세특례제한법 제5조의 위임에 따라 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있다.

에서 정한 중소기업에 해당하였다.

나. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 ㈐목을 추가하여 ‘관계회사’(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 명칭이 관계기업으로 변경되었다,

이하 ‘관계기업’이라 한다

)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 제7조의4로 이동하였다

에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것'을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 ㈐목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행하도록...