1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 및 기초사실

가. 원고(상호가 종래 ‘B 주식회사’였다가 2016. 10. 26. 현재의 상호로 변경되었다)는 2013. 8. 26. 원고의 대표이사이자 ‘C’이라는 상호로 분양대행업주차장업을 영위하고 있는 D과 사이에서 아래와 같은 내용의 공사도급계약을 체결하고서, 그 무렵부터 위 계약 내용에 따라 주차장건물 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 실시하여 왔다.

1. 공사명: E 주차전용건축물 신축공사

2. 공사장소: 인천 남동구 E

3. 착공연월일: 2013. 9. 2. 4. 준공예정연월일: 2014. 3. 21. 5. 계약금액: 7,000,000,000원(부가가치세 포함)

6. 기성금: 월 1회 나.

원고는 2013. 12. 10. 건축주인 D에게 이 사건 공사의 3차 기성금 2,000,000,000원 중 500,000,000원에 대한 세금계산서(이하 ‘이 사건 제1 세금계산서’라 한다)를 발급하였다가, 2014. 1. 6. D에게 위 기성금 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원 합계 550,000,000원을 반환하면서 같은 날 D으로부터 ‘선수금 반환’ 명목으로 공급가액 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원이 기재된 세금계산서(이하 ‘이 사건 제2 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.

다. 원고는 2014. 4. 1. D으로부터 ‘이 사건 공사대금’으로 500,000,000원을 지급받았음을 전제로 공급가액 500,000,000원 및 부가가치세액 50,000,000원이 기재된 전자세금계산서(이하 ‘이 사건 제3 세금계산서’라 한다)를 발급하였다. 라.

원고는 이 사건 제2 세금계산서 상 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 이 사건 제3 세금계산서의 매출세액을 납부세액에 포함하여 2014년 1기 부가가치세 신고를 하였고, 피고는 ‘이 사건 제2, 3 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급 없이 발행되었다’는 이유로 2016. 11. 10. 원고에 대하여 2014년 1기분 부가가치세...