조심2010서3102 (2011.08.09)

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득하여 5년 이내 양도하는 경우 적용됨

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없음

조세특례제한법 제99조의3

2011구단27363 경정청구거부처분취소

이AA

성동세무서장

2012. 2. 17.

2012. 3. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 48.099,260원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 10. 5. 취득한 서울 서초구 OO동 00000-00 BB아파트 O동 000호 (이하 '이 사건 구주택'이라 한다)가 재건축됨에 따라 취득하게 된 신축주택인 같은 곳 CC아파트 000동 0000호(이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 2007. 12. 14. 양도한 후 양도소득세 111,764,770원을 신고・납부하였다.

나. 원고는 2010. 3. 8. 이 사건 신축주택을 그 취득일인 2004. 12. 14.(사용검사 승인일)로부터 5년 이내에 양도하였으므로 구 조세특례제한법(2008.12.26.법률 제9272 호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다) 제99조의3 제1항에 규정한 양도소득세 전액 감면 대상에 해당하므로 기납부세액 111,764,770원에서 법에 따른 조세감면 시 부과되는 농어촌특별세를 공제한 나머지 86,928,160원 전부를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

"다. 이에 대하여 피고는 2010. 6. 11., 이 사건 신축주택이 법 제99조의3 제1항 소정의 취득기간(2001. 5. 23. - 2003.6.30)경과 후에 사용승인을 받았으나 재건축조합 이 그 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 해당하고, 이 사건 신축주택은 잔여주택의 일반분양 당시 고급주 택에 해당하지 않으므로 원고가 이 사건 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로 써 발생한 소득에 대해서는 양도소득세가 면제된다고 전제한 후, 다만 신축주택을 취득한 후 5년 이내의 양도소득에 대해서만 양도소득세가 면제되는 것이어서 이 사건 구 주택의 취득일부터 신축주택 취득일(사용검사 승인일) 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않고 이 사건 신축주택의 취득일인 2004. 12. 14 부터 양도일인 2007. 12. 14 까지의 양도소득에 대한 양도소득세만이 면제되므로 이 사건 구주택을 취득한 때로부터 이 사건 신축주택을 양도한 때까지 발생한 소득에 대한 양도소득세 산출세액 124,183,081원에서 면제되는 양도소득세액을 54,647,350원으로 계산하여 38,253,140원 만을 환급하고 나머지 금액에 대하여는 환급을 거부하는 처분을 하였다가, 2010. 8. 13. 변제되는 양도소득세액을 55,469,856원으로 경정하여 575,750원을 추가로 환급하는 처분을 하여 결국 원고가 환급을 구하는 금액 중 48,099,270원(= 86,928,160원 - 38,253,140원 - 575,750원)에 관해서는 환급을 거부하였다(피고의 경정청구거부처분 중 이와 같이 추가 환급된 부분을 제외한 나머지를 편의상 '이 사건 거부처분'이라 한다)",라. 피고가 이 사건 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액의 계산에 있어 서는, 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 과세대상 소득금액 에서 차감하는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 방법인 구 조세특례제한법시행령(2009.2.4대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 한다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항을 준용하여, 전체 양도소득 금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로 감면대상 양도소득금액을 계산하였는데, 그 구체적인 계산식은 다음과 같다.

마. 피고가 위 전체 양도소득금액 379,953,004원을 계산함에 있어서는 구 소득세법 시행령(2008.2.22.대통령령 저1120618호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법시행령'이 라고 한다) 제166조 제2항 제1호에 따라 계산하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8호증, 을 제1, 2호증(이상 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 거부처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

① 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산하여야 하는 경우는 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 이를 양도하는 경우인데, 원고는 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도를 한 경우에 해당하므로 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용한 계산을 해서는 안 되고 양도소득세 전액을 면제하여야 한다.

② 설령 그렇지 않다고 하더라도 피고가 시행령 제40조 제1항의 공식을 적용하면서 분모상의 '취득 당시 기준시가'로 '구주택의 취득 당시 기준시가'를 대입함으로써 원고가 이 사건 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금 233,864,000원이 분모에서 공제되지 않게 되어 분모금액이 과대 산정된 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되었다.

③ 설령 위 ①의 주장이 배척된다고 하더라도 법 제99조의3 제1항에 의하여 감면되는 신축주택의 양도로 인한 양도소득세는 BB재건축조합이 재건축사업계획승인을 받은 2000. 12. 16.부터 이 사건 신축주택의 양도일인 2007. 12. 17.까지 기간 동안 발생한 양도소득세이다. 일반분양자의 경우 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 얻게 되는 분양계약 체결 이후부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 전액에 대하여 양도소득세를 변제하는 것과의 균형 상 조합원이 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 취득하게 되는 재건축사업계획승인일(신축주택 취득일이 아니라) 이후부터 신축주택 양도시까지 의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하는 것이 타당하고 이것이 법 제99조의3 제1항의 입법취지에도 부합한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다.판단

(1) 원고의 ① 주장에 관하여 보건대,

구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우, 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 "신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득"에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없다. 그리고 피고가 시행령 제40조 제1항을 준용한 것은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이고, 원고의 위 주장은 시행령 제40조 제1항 이 적용될 것으로 당연히 예정된 영역이 아니라는 이유만으로 시행령 제40조 제1항을 준용하지 않아야 되고 따라서 감면되는 양도소득금액을 안분할 것이 아니라 전체로 확장해야 한다는 것으로서 논리상으로도 지나친 비약이 있다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 ② 주장에 관하여 보건대,

피고는 전체 양도소득금액을 계산함에 있어 소득세법시행령 제166조 제2항 제1호를 적용하였고, 그 규정에 의하면, 원고가 신축주택 취득을 위하여 납부한 청산금은 전체 양도소득금액을 계산하는 과정에서 실질상 필요경비로 평가되어 공제되는 것이며, 앞서 든 증거들에 의하면 피고의 계산 방법도 그러하였던 것으로 보인다. 피고가 신축주택 취득일부터 양도시까지 발생한 양도소득금액으로서 감면대상이 되는 양도소득금액을 계산함에 있어 시행령 제40조 제l항을 준용한 것은 위와 같이 청산금이 공제된 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법에 해당하므로 원고가 주장하듯이 분모 부분에 다시 청산금을 공제하는 것은 적절한 환산방법이 되지 않는다. 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 ③ 주장에 관하여 보건대,

이 사건의 경우 법 제99조의3 제1항에 의하여 감면 대상이 되는 것은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세이고, 신축주택 취득일은 사용검사 승인일이라고 보아야 할 것인데, 사업계획승인일 이후의 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과가 초래되는 점, 일반분양자들은 신축주택으로 전환되기 전의 구주택을 소유한 적이 없어 구주택의 취득 이후 신축주택의 취득 전까지 발생한 양도소득을 상정하기 곤란하므로 원고가 주장하는 관점에서 그들과의 형평을 고려하는 것은 적절하지 않은 면이 있는 점을 모두 감안하면, 원고의 위 주장은 조세법률주의에서 파생되는 엄격해석의 원칙에 배치되는 것으로 받아들이기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.