부가가치세등부과처분취소

이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않고, 설령 사실과 다른 세금계산서라 할지라도 원고에게는 선의, 무과실이 인정되므로 이 사건 부과처분은 위법함

부가가치세법 제32조, 국세기본법 제14조

대전지방법원-2016-구합-101845

세금계산서'라고 한다)를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 해당 매입세

액 공제를 부인하여 부가가치세 과세표준을 증액하고, 법인세 지출증명서류 미수취가

산세(증빙불비가산세)를 적용하여, 2015. 11. 5. 원고에게 2013년 제1기분 부가가치세

14,177,870원, 2013년 제2기분 부가가치세 398,222,280원, 2014년 제1기분 부가가치세

50,595,000원, 2013년 귀속 법인세 50,000,000원, 2014년 귀속 법인세 7,727,640원을

각・경정 고지하였다.

마. 원고는 위 각 과세처분에 불복하여 2015. 11. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였

으나(조심 2015전5613), 2016. 3. 23. 기각결정을 받았다.

바. 한편, 위 각 과세처분의 세액 중 원고가 CC산업으로부터 교부받은 세금계산서

에 관한 부가가치세 및 법인세에 해당하는 안분액은 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는

것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

- 4 -

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 AA산업, BB산업(이하 통틀어 '이 사건 매입처'라고 한다)으로부터 실제

로 고철을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취하였다. 따라서 이 사건 세금계산서는

사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고

로서는 이 사건 매입처가 자료상 또는 위장사업자라고 의심할 만한 사정이 없었고, 이

들이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 과실도 없다.

따라서 이 사건 세금계산서에 해당하는 매입세액 공제를 부인하여 부가가치세 과

세표준을 증액하고, 법인세 지출증명서류 미수취가산세를 적용하여 원고에 대한 부가

가치세 및 법인세를 부과하는 것은 위법하므로, 피고가 2015. 11. 5. 원고에 대하여 한

2013년 제2기분 부가가치세 398,222,280원 중 CC산업 관련 안분액인 46,801,112원을

초과하는 부분, 2014년 제1기분 부가가치세 50,595,000원, 2013년 귀속 법인세

50,000,000원 중 CC산업 관련 안분액인 7,340,960원을 초과하는 부분, 2014년 귀속

법인세 7,727,640원 각 부과처분(이하 원고가 취소를 구하는 위 각 부과처분을 통틀어

'이 사건 처분'이라 한다)은 모두 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 동부제철 주식회사의 이른바 구좌업체(특정 제강사와 거래를 하기로 하

고 등록한 고철 매입업체)로서, 원고의 거래방식은 다음과 같다.

- 5 -

○ 원고가 고철 거래상을 물색하여 단가 협의 등을 거쳐 고철을 거래(매입)하기로

한다.

○ 납품할 고철을 확보한 매입처가 원고에게 납품 예정 사실을 통보한다.

○ 원고가 동부제철이 운용하는 검수정보 입력시스템에 상세 운송내역(상차업체,

상차지, 차량번호, 운송자명, 운송자 전화번호 등)을 입력하면, 입고일자와 시간이 지정

된다.

○ 위와 같이 지정된 입고일시에 맞춰 매입처는 직접 동부제철 당진공장으로 고철

을 납품하고, 동부제철에서 검수 및 중량 확정 등을 거쳐 최종 매입가액을 확정하면,

원고는 매입처의 계좌로 매입대금을 지급한다.

2) 원고는 2013. 8.경 AA산업(본점 소재지 : 화성시 남양동 65)과의 고철 거래를

개시하였는데, 그 무렵 원고는 AA산업으로부터 AA산업의 사업자등록증, 통장 사본,

AA산업의 대표이사인 DDD의 신분증, 명함을 교부받았다.

3) 원고는 2013. 8. 26.경부터 2013. 9. 30.까지 AA산업으로부터 총 349,158,300

원 상당의 고철을 매입하는 거래를 하였고, 각 거래 당일 또는 그 익일에 그 매입대금

(부가가치세 포함)을 AA산업의 계좌로 입금하였다.

4) 원고와 AA산업 사이의 위 고철 거래에 관하여, '상차지 : AA산업, 하차지 :

동부제철'로 기재된 유한회사 대신특수화물 명의의 운송거래명세서가 존재하고, 동부제

철의 검수내역에 '상차업체 : AA산업'이라는 내용과 함께 각 입고 당시 차량번호, 운

전자, 운전자 연락처, 검수정보(계중일시, 실입고일시, 하차지, 발주등급, 1차등급, 확정

등급, 만차계중량, 공차계중량, 실중량 등)가 등록되어 있다.

5) 원고는 2013. 9.경 BB산업(위 DDD이 사업자등록을 한 상호이다)과의 고철

- 6 -

○ AA산업의 대표 DDD은 고철/비철금속 업종 관련 근무사실이나 사업이력이 없고, 데

이터베이스 확인결과 무자력으로 현금동원능력도 없는 자임

- 사업장 소재지 현지를 확인한바, 사업장은 현재 임대인이 다른 용도로 사용중이어서 지

피산업의 대표자, 종업원 등 관계인을 만날 수 없었음

- 임대인의 진술에 따르면, 2013. 8.경 DDD과 사이에 보증금 1,500만 원, 월세 20만 원

의 임대차계약을 체결하였으나 계약시 첫 달의 월세만 내고 이후 월세를 미납하다 월세를

차감한 잔여 보증금을 찾아가 퇴거하였다고 함.

○ 금융거래 유형 분석

- 매출처에서 AA산업 계좌로 대금을 입금하면 곧바로 (AA산업의) 매입처인 BB산업

DDD, ○○○○○(익명처리되어 있다) 계좌로 그 입금액 대부분이 송금되며, 일부는 운반

비 등 명목으로 지출되고,

- 폭탄업체인 매입거래처 BB산업, ○○○○○은 AA산업으로부터 대금을 입금받는 즉

시 현금으로 인출하여 전형적인 고철・비철 자료상의 자금거래 형태를 갖추고 있음

○ 원고 관련 내용

거래를 개시하였는데, 그 무렵 원고는 DDD으로부터 BB산업 사업자등록증(사업장

소재지 : 화성시 정남면 신리 202), DDD의 통장 사본, 신분증을 교부받았다.

6) 원고는 2013. 10. 4.경부터 2014. 1. 24.까지 BB산업으로부터 총

2,353,214,250원 상당의 고철을 매입하는 거래를 하였고, 각 거래 당일 또는 그 익일에

그 매입대금(부가가치세 포함)을 DDD의 계좌로 입금하였다.

7) 원고와 BB산업 사이의 위 고철 거래에 관하여, '상차지 : BB, 하차지 : 동부'

로 기재된 유한회사 대신특수화물 명의의 운송거래명세서가 존재하고, 동부제철의 검

수내역에 '상차업체 : BB산업'이라는 내용과 함께 각 입고 당시 차량번호, 운전자, 운

전자 연락처, 검수정보(계중일시, 실입고일시, 하차지, 발주등급, 1차등급, 확정등급, 만

차계중량, 공차계중량, 실중량 등)가 등록되어 있다.

8) 중부지방국세청장의 AA산업에 대한 세무조사 결과의 요지는 다음과 같다.

- 원고는 AA산업과의 거래가 실거래임을 입증할 목적으로 세금계산서, 거래확인서, 검

수내역, 금융거래내역 등을 제시하고 있으나 이는 자료상과의 실사업자 거래를 가장할 목적

으로 당사자간 상호 통정에 의해 쉽게 구비할 수 있는 서류로서 신빙성이 없음

- 금융거래 내역을 분석한 결과, 거래 대금이 거래 익일 원고 계좌로부터 AA산업 명의

계좌로 입금된 후, 위 돈은 BB산업 DDD 명의의 계좌로 이체되어 현금으로 이체되는 방

식임(예를 들어, 2013. 9. 6.자 거래대금이 2013. 9. 7. 10:53 원고 계좌로부터 AA산업 계

좌로 입금되고, 같은 날 14:56 AA산업 계좌로부터 BB산업 DDD 계좌로 입금되며, 같

은 날 15:15부터 16:03까지 현금으로 인출되었다)

- 위와 같은 금융거래 형태는 불상의 제3자가 조세포탈을 목적으로 폐자원을 무자료로

유통시키기 위해 실사업자인 그 제3자를 은폐하고 거래과정에 개입된 업체들을 거래당사자

로 가장하기 위해 자료상들이 광범위하게 사용해 온 방식으로, 원고 역시 AA산업과 전형

적인 자료상과의 금융거래 형태를 취하고 있어 AA산업과는 실물거래 없이 금융거래의 외

관만 갖춘 자료상 거래를 행한 것으로 판단됨

- 다만, 원고의 거래처인 동부제철은 고로시설을 갖추고 실제 고철재생업을 영위하는 자

로서, 원고가 성명불상 제3자로부터 실제로 고철을 매입하고 그 매입한 고철은 동부제철에

실지 납품한 것으로 판단되므로, 원고가 동부제철에 발행한 매출세금계산서는 실거래에 기

인한 것으로 판단됨

- 원고가 거래당사자로서의 선량한 주의의무를 다하였는지에 관해, (중략) 거래능력이 검

증되지 않은 AA산업과 거래를 보증할 어떠한 안전장치도 없이 거래를 개시한 사실로 미

루어 보건대 원고가 선량한 주의의무를 다하였다고 보기 어려움

○ 사업장에 대한 조사

- 2014. 2. 11.부터 2014. 2. 14.까지 현장확인결과, 사업장 시설 없이 빈터만 남아 있는

것을 확인하여 직권폐업 후 자료상혐의로 조사의뢰하였으며, 조사착수하여 사업장 방문했을

당시 상황도 동일함

○ 대표자에 대한 조사

- DDD : 고철/비철금속 업종 관련 근무사실이나 사업이력이 없고, 재산내역과 소득사

9) 화성세무서장의 BB산업에 대한 세무조사 결과의 요지는 다음과 같다.

항 확인결과 현금동원능력이 없어 사업을 운영할 능력이 없는 자임

○ 금융거래내역 조사

- 매출처에서 BB산업(DDD) 계좌로 자금이 송금되면, 2013. 1. 1.부터 2013. 8. 12.까

지는 당일이나 다음날 매입처 ○○○○○○○(익명처리되어 있다)로 출금되었고, 2013. 8.

12. 이후부터는 바로 현금 출금하거나 DDD의 다른 계좌로 이체 후 현금 출금. 전형적인

고철/비철 자료상의 금융거래 수법임

○ 원고 관련 내용

- 거래사실확인요청에 대하여 계약서, 거래관련 문자내역, 세금계산서, 계좌이체내역, 검

수내역 등을 제출하였으나 이는 자료상과의 거래시 통상 구비해두는 자료로서 얼마든지 허

위로 작성할 수 있어 증빙으로의 신빙성이 없음

- 금융거래내역을 보면 원고로부터 거래대금이 BB산업(DDD) 계좌로 입금되면 바로

현금인출하거나 DDD의 다른 계좌로 이체되었다가 현금인출되는 등 전형적인 자료상의

거래내용으로, BB산업이 원고에게 발행한 세금계산서를 가공확정함.

10) 대전지방검찰청 검사는 2016. 2. 23. 원고 및 원고의 대표이사인 이은무의 조

세범처벌법위반 피의사건에 관하여 '증거에 비추어 AA산업, BB산업(대표자 DDD)

과의 거래가 실질 거래로 확인된다'는 등의 이유로 혐의없음(증거불충분) 결정을 하였

다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 판례

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경

우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 위 '사실과 다른

세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원

- 9 -

2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 여기에서 세금계산서의 기재내용이 사

실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이

명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자

로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계

산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래

계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나

공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다

(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

한편, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자

가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별

한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와

같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급

을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결

참조). 그러나 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적

극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의

여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단

하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사

업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 9.

30. 선고 97누7660 판결 등 참조).

2) 판단

가) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉

① 원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 매입금액에 상응하는 실물 고철을 매입하여

동부제철에 납품한 점(이하 '이 사건 거래'라고 칭한다), ② 이 사건 거래에 관하여 운

송업체가 작성한 운송거래명세서가 존재하고, 그 운송거래명세서에는 상차지가 AA산

업 또는 BB산업으로 기재되어 있는 점, ③ 동부제철의 검수내역에도 이 사건 거래에

관하여 상차업체가 AA산업 또는 BB산업으로 기재되어 있는 점, ④ 이 사건 매입처

의 사업장에 대한 과세당국의 현장조사는 이 사건 거래가 종료한 이후에 이루어진 것

이어서, 위 현장조사 당시 사업장의 현황이 존재하지 않았다고 하여 이 사건 거래 당

시에도 이 사건 매입처의 사업장이 존재하지 않았다고 단정하기 어려운 점, ⑤ 중부지

방국세청장의 AA산업에 대한 세무조사 결과에 의하더라도, AA산업은 실제로 운반

비를 지출한 것으로 보이는 점, ⑥ 피고는 이 사건 세금계산서에 기재된 매입금액에

상응하는 고철을 공급한 실제 공급한 자는 이 사건 매입처가 아니라고만 주장할\u3000 뿐,

실제 공급한 제3자를 전혀 특정하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 실제 공급한 제3자를

특정할 정도로 입증책임을 부담하는 것은 아니라고 할지라도 이 사건 매입처가 이 사

건 거래 직후 거래대금을 현금으로 인출하였다는 사정 이외에 제3자가 이 사건 거래에

관여하였다거나, 이 사건 매입처가 명의만 위장하여 세금계산서만 발급하였다고 의심

할 만한 구체적인 증거나 정황을 밝히지 못하고 있는 점, ⑦ 비록 이 사건 매입처가

단기간에 걸쳐 고철거래를 한 후 폐업 또는 사실상 폐업하고 거래대금의 행방을 추적

하기 어렵게 만들었다고 하더라도, 이 사건 매입처로서는 단기간에 걸쳐 실제로 고철

을 공급한 이후 폐업 등의 방법으로 자신이 부담해야 하는 조세 등을 회피하려 한 것

일 가능성도 있으므로, 위와 같은 사정만으로 이 사건 매입처가 고철을 전혀 공급하지

않았다고 단정하기 어려운 점, ⑧ 원고는 2008. 4.경부터 고철 거래를 하여 왔고, 고로

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시설을 갖춘 제강업체에 고철을 공급하는 구좌업체로서, 2013년 제1기부터 2014년 제

1기까지 부가가치세 과세기간 중 총 461개의 매입처로부터 총 2,061회에 걸쳐 공급가

액 합계 약 829억 원의 매입세금계산서를 수취하였는데, 그 중 과세관청이 위장사업자

로부터 수취한 세금계산서로 판단한 것은 이 사건 세금계산서를 포함하여 총 3개의 매

입처로부터 총 74회에 걸쳐 공급가액 합계 약 31억 원의 세금계산서에 그치는 점(그

중 2개 매입처로부터 총 64회에 걸쳐 수취한 공급가액 합계 약 27억 원이 이 사건 세

금계산서에 해당한다), ⑨ 대전지방검찰청 검사가 원고 및 원고의 대표이사인 이은무의

조세범처벌법위반 피의사건에 관하여 이 사건 거래는 실질 거래로 확인된다는 이유로

혐의없음(증거불충분) 결정을 한 점 등에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 사정만으로는

원고와 이 사건 매입처 사이의 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위 세금계산서에

해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

나) 나아가 설령 이 사건 매입처가 원고에게 실제로 고철을 공급한 자가 아니어

서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위 세금계산서라고 하더라도, 위 인정사실 및

가)항 기재 사정에 더하여 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉

① 실제 거래대상인 고철이 원고를 거치지 않고 매입처로부터 동부제철로 직접 납품되

는 유통과정을 고려하면, 원고로서는 특별히 고철을 매입할 때마다 일일이 매입처를

방문하여 고철의 이동 여부나 그 매입경로 등을 확인할 필요가 없을 뿐 아니라, 실제

이를 확인하기란 현실적으로 어렵고, 매입처들이 영업비밀로서 이를 원고에게 숨겼을

가능성도 있는 점, ② 원고는 이 사건 매입처의 사업자등록증, 통장 사본 등을 교부받

았고, AA산업 또는 DDD(BB산업) 명의의 통장에 정상적으로 대금을 송금하였으

며, 원고가 대금의 전부 또는 일부를 되돌려 받았다거나 이 사건 거래의 고철 단가가

- 12 -

일반적인 시세보다 현저히 저렴하다는 등의 의심스러운 정황이 없는 점, ③ 위와 같이

의심스러운 정황이 없음에도 원고가 고철의 실제 출처, 매입처 대표자의 경제적 능력

까지 면밀히 살펴볼 주의의무가 있다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 이 사건 매입처에

게 부가가치세를 포함하여 대금을 지급하였는바, 통상 이른바 '자료상'이나 '위장거래

자'를 이용하는 목적은, 사실과 다른 세금계산서를 이용하여 부가가치세의 매입세액을

공제받는 방식으로 조세를 포탈하기 위한 것인데, 원고가 이 사건 거래가 위장거래라

는 점을 알면서도 부가가치세 등을 지급하였다면, 이는 스스로 부가가치세를 이중으로

부담할 위험을 떠안는 것으로 사회 통념상 이례적이라고 할 것인 점(원고가 이 사건

거래에 관한 부가가치세 상당액을 되돌려 받았다고 볼 증거도 없다), ⑤ 결국 피고가

주장하는 사정에 의하더라도 원고는 이 사건 거래와 관련한 세금계산서 발행으로 조세

회피나 경제적인 이익을 취득하였다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고로서는

이 사건 세금계산서의 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였고,

그와 같이 알지 못한 데에 과실이 없다고 봄이 상당하다.

다) 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

주식회사0000

북대전세무서장

2016. 10. 27

2017. 1. 17

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 4. 8. 설립되어 대전 유성구 외삼로 38, 2층(외삼동, 장원빌딩)에

본점을 두고 고철가공 및 도매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2013년 제1기부터 2014년 제1기까지 각 부가가치세 과세기간에 총 461

개의 매입처로부터 총 2,061회에 걸쳐 공급가액 합계 82,963,003,084원의 매입세금계

산서를 수취하고, 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2013년 제1기 및 제2

기, 2014년 제1기 부가가치세와 2013년 및 2014년 법인세를 신고하였는데, 그 중 CC

산업, 주식회사 AA산업(이하 'AA산업'이라 한다), BB산업으로부터 교부받은 세금

계산서의 내역은 다음과 같다.

다. 대전지방국세청장은 중부지방국세청장, 화성세무서장, 수원세무서장으로부터 태

부과세액 CC산업 관련 안분액

2013년 제1기분 부가가치세 14,177,874원 14,177,874원

2013년 제2기분 부가가치세 398,222,280원 46,801,112원

2013년 법인세 50,000,000원 7,340,960원

양산업, AA산업, BB산업에 대한 과세자료를 통보받아 2015. 7. 1.경부터 2015. 8.

31.경까지 조사를 실시한 결과, 원고가 CC산업, AA산업, BB산업으로부터 교부받

은 위 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하고 피고에

게 이를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는, 원고가 CC산업, AA산업, BB산업으로부터 교부받은 위 세

금계산서(그 중 AA산업, BB산업으로부터 교부받은 세금계산서를 통틀어 이하 '이