1. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

2. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분을 각하한다.

3....

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 4. 9. 구 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것)에 의하여 A대학교가 산학협력과 연구 및 사업 등을 위하여 설립한 비영리법인이다.

나. 원고는 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 각 발주처로부터 ‘B 용역’ 등 별지 2011년 1기 연구용역 기재와 같이 59개의 용역(이하 ‘이 사건 각 용역’이라 한다)을 도급받아 수행하면서 그 대가로 지급받은 공급가액 합계 850,182,755원에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않았다.

다. 피고는 2016. 2.부터 2016. 6.까지 원고에 대하여 조사한 결과 원고가 이 사건 각 용역에 관한 부가가치세 신고를 하지 않은 사실을 확인하고, 이 사건 각 용역에 관하여 ‘새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등을 연구한 것이 아니라 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 부가가치세 면제대상이 아닌데, 이 사건 각 용역에 대한 연구사업내용과 계약서가 제출되지 않아 새로운 연구용역ㆍ기술용역인지 여부에 대한 확인이 불가능하여 이 사건 각 용역이 부가가치세 면제용역에 해당한다고 할 수 없다’는 사유로 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법 시행령’이라 한다) 제37조 제1의2호에서 정한 면세용역에 해당하지 않는 것으로 보아 2016. 7. 18. 원고에 대하여 2011년도 제1기 부가가치세 77,289,340원을 결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 라.

원고는 이에...