조심2012서4437

주택면적이 주택 아닌 면적보다 크다 하더라도 장기보유특별공제율은 전체 주택의 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하는 것은 아님

비과세 규정을 적용함에 있어 하나의 건물이 주택과 주택 아닌 부분으로 복합되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되, 장기보유특별공제율을 적용할 때에는 주택 부분이 주택 외의 부분보다 넓다는 이유로 그 전부를 주택으로 봄과 동시에 그 전체 주택의 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하여야 하는 것은 아님

소득세법 제95조 양도소득금액

서울행정법원2014구단3788

○○○

○○세무서장

2014. 12. 3.

2015. 2. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 7. 1. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함,이하 같다)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 부동산 취득 및 양도 경위

1) 원고는 1975. 4. 4. 아래 표의 1항 기재 대지(이하 '이 사건 1토지'라 한다) 및 2항 기재 토지(이하 '이 사건 2토지'라 한다)를 취득하고, 1996. 12. 11. 그 지상에 같은 표 1항 기재와 같은 3층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 취득하였다.

2) 원고는 2009. 9. 21. 주식회사 ○○○○에 이 사건 1토지와 이 사건 건물(이하 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)을 대금 14억 5,000만 원에, 이 사건 2토지를 대금 10억 5,000만 원에 양도하였다.

[부동산의 표시]

1. 이 사건 부동산

- 대지 : 서울 ○○구 ○○동 ○○○ 대 000㎡ (이 사건 1토지)

- 건물 : 철근콘크리트조, 경량철골조, 연와조 / 제2종 근린생활시설, 단독주택 / 3층

1층 제2종근린생활시설(음식점) 189.94㎡

2층 단독주택(다가구주택 1가구) 186.15㎡

3층 경량철골조 108.48㎡

3층 연와조 22.50 단독주택 130.98㎡ (이 사건 건물)

2. 이 사건 2토지

: 서울 ○○구 ○○동 ○○○전 969㎡

나. 양도소득세 부과 경위

1) 원고의 신고・납부 내역

원고는 2009. 11. 30. 피고에게 양도소득세를 신고하면서, 아래 표 기재와 같이 이

사건 부동산은 1세대 1주택으로서 주택으로 보유한 기간을 10년 이상으로 보아 장기보유특별공제율(이하 '공제율'이라 한다) 80%를 적용하고, 이 사건 2토지는 사업용(농지)에 해당하는 것으로 보아 공제율 30%를 적용하여 산출한 양도소득세 000,000,000원을 신고・납부하였다.

2) 피고의 원처분 내역

피고는 세무조사 결과, ① 이 사건 건물은 그 2층이 주택이 아닌 근린생활시설이

므로 이 사건 건물을 주택으로 인정할 수 있는 기간은 3년 5개월이라고 보고, 그 기간에 해당하는 1세대 1주택의 장기공제율 24%와 1세대 1주택이 아닌 자산으로서 보유기간 10년 이상인 때의 공제율 30% 중 원고에게 유리한 30%를 적용하고, ② 이 사건 2토지에 관하여는 그 중 일부(138.21㎡)는 사업용(도로)으로서 공제율 30%를 적용하고, 나머지 830.79㎡(이하 '쟁점부분'이라 한다)는 양도 당시 농지에 해당하지 않아 비사업용 토지로 보고 장기보유특별공제를 배제하는 방법으로, 원고에 대한 2009년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 결정하고, 여기에서 이미 납부된 세액을 뺀 000,000,000원을 2012. 7. 1. 원고에게 경정・고지하였다.

3) 피고의 경정처분 내역

원고는 위 2)항 처분에 대하여 2012. 9. 25. 심판청구를 하였고, 조세심판원은

2013. 12. 4. "이 사건 건물의 2층이 2005. 9. 10.부터 2009. 8. 23.까지 주택으로 사용된 것으로 인정하여 공제율을 56%로 인정한다"고 결정하였다.

이에 피고는 2차에 걸쳐 원처분 세액에서 합계 00,000,000원을 감액하였다(피고의

2012. 7. 1.자 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 000,000,000원을 '이 사건 처분'이라 한다).

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 1, 2, 3호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 부동산에 관하여

① 주위적 주장 : 이 사건 건물은 양도 당시 주택 부분이 주택 아닌 부분보다 더 넓으므로 소득세법 시행령 제154조 제3항에 따라 전체를 주택으로 보아야 하고, 원고의 보유기간이 12년 9개월이므로, 공제율 80%를 적용하여야 한다.

② 예비적 주장 : 설령 이 사건 건물의 1층과 2층은 공제율 56%를 적용하더라도 최소한 계속 주택으로 사용한 3층 부분은 보유기간 12년 9개월에 해당하므로 공제율 80%를 적용하여야 한다.

2) 이 사건 2토지 중 쟁점부분(830.79㎡)에 관하여

③ 원고는 이 사건 2토지를 1975년 취득하여 20년 이상 소유하면서 오랫동안 자두 과수원으로 사용하였다. 원고가 제출한 농지세 과세자료, 조합원 가입자료, 위성사진, 특히 농지원부(갑 10호증)에 대한 ○○구청의 사실조회회신을 보면 이 사건 양도 시점까지 농지로 사용되고 있음을 알 수 있다. 따라서 이 부분도 양도 당시 과수원(농지)인 사업용 토지에 해당하므로 공제율 30%를 적용하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 원고의 이 사건 부동산 관련 주장에 대한 판단

1) 주위적 주장에 대한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 2007. 5. 10. 선고 2006두16182 판결).

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제89조, 제95조 및 구 소득세법 시행령(2010. 02. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제154조 제3항의 규정을 종합해 보면, 일정한 요건을 갖춘 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그중 일정 기준을 초과하는 고가주택은 그 대상에서 제외하고 있고, 위 비과세 규정을 적용함에 있어 하나의 건물이 주택과 주택 아닌 부분으로 복합되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되, 주택 면적이 주택 아닌 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 아닌 부분은 주택으로 보지 않게 된다. 즉, 구 시행령 제154조 제3항의 규정은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 전체를 주택으로 볼 것인지를 정하는 규정이다.

따라서 이와 다른 전제에서 구 시행령 제154조 제3항의 규정을 근거로 구 소득세법 제95조의 장기보유특별공제율을 적용할 때에도 주택 부분이 주택 외의 부분보다 넓다는 이유로 그 전부를 주택으로 봄과 동시에 그 전체 주택의 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 원고의 이 부분 주위적 주장은 이유 없다.

2) 예비적 주장에 대한 판단

구 소득세법 제94조, 제95조의 규정에 의하면, 양도소득은 당해연도에 발생한 '토

지 또는 건물'의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말하며, 양도소득금액은 위 양도소득의 총수입금액에서 필요경비를 공제한 후 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하며, 여기서 장기보유특별공제액은 그 자산의 보유기간에 따라 원칙적으로 제95조 제2항의 표1에 정해진 비율을 적용하여 산출하되, 일정한 요건을 갖춘 1세대 1주택의 경우에는 같은 항의 표2에 정한 비율을 적용한다. 즉 양도소득세의 과세대상이 되는 목적물의 단위는 기본적으로 제94조의 규정과 같이 '토지' 또는 '건물'이므로, 그 목적물 전체를 기준으로 위 각 법령의 적용 여부를 결정할 것이지, 이를 임의로 구분하여 예컨대 각 층별로 구분하여 공제율의 기준이 되는 표를 달리 적용해야 할 아무런 근거가 없다.

따라서 이 사건 건물의 1, 2층과 3층을 구분하여 장기보유특별공제의 기준표를 달리 적용해야 한다는 원고의 이 부분 예비적 주장도 이유 없다.

라. 이 사건 2토지에 관한 판단

1) 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의 7, 제104조의3 제1항 제1호, 제2항, 구 시행령 제168조의14 제3항 제2호의 규정을 종합해 보면, 토지의 양도로 인한 양도소득금액을 정함에 있어 일정한 '비사업용 토지'는 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 여기서 비사업용 토지의 하나로 '전・답 및 과수원으로서 도시지역 안에 있는 농지'를 예시하고 있는데, 다만 '대통령령이 정한 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우'에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있고, 그 위임을 받은 구 시행령은 "2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지・임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지"를 들고 있다.

따라서 위 규정을 들어 '비사업용 토지의 예외'로 인정받으려면 구 소득세법이 정한 "전・답 및 과수원'으로서 양도 당시까지 농지인 경우에 해당하여야 할 것이다.

2) 이 사건에서 갑 15호증의 기재에 의하면 이 사건 토지는 도시지역에 속한 지목

'전'인 토지이므로, 위 규정에 의해 '비사업용 토지의 예외'로 인정받으려면 그 양도 당시까지 '전, 답, 과수원인 농지'이어야 한다.

그러므로 이를 살피건대, 갑 7, 9, 10호증의 각 기재와 이 법원의 ○○구청에 대한

각 사실조회결과에 의하면, 원고가 1990년 영농규모 1,000㎡ 이상일 것을 조합원의 자격으로 요구하는 협동조합에 가입하였고, 위 토지가 농지로서 비과세 처리된 사실이 있으며, 나아가 최소한 2001. 9. 17.까지는 이 사건 토지를 포함한 같은 동 000-0, 000-0 토지의 현황이 '전'이었고, 원고가 이를 자경한 사실도 인정되나, 이러한 사정들이나 그 밖에 원고가 제출한 갑 11에서 19호증의 각 기재와 영상만으로는 아래에서 살피는 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 토지가 양도 시점(2009. 9. 21.)까지도 '전, 답 또는 과수원인 농지'였다고 인정하기 부족하다.

오히려 위 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면 아래와 같은 사정을 알 수 있다.

① 이 사건 토지는 원고가 취득할 때부터 등기부상 지목이 '전'이었고, 현재까지 그 지목은 그대로이다. 또 이 사건 토지에 대한 농지원부에 의하면 등본의 최종 변경기록일인 2001. 9. 17. 기준으로 농지경작현황이 '과수원'이 아닌 '전'으로 기록되어 있고, ○○구청에 대한 사실조회결과에 의하면 위 농지원부는 실제 지목과 경작 여부를 조사한 후 작성된 것이다. 한편 관계 법령상 '전'은 물을 상시적으로 이용하지 않고 곡물ㆍ원예작물(과수류는 제외한다)ㆍ약초ㆍ뽕나무ㆍ닥나무ㆍ묘목ㆍ관상수 등의 식물을 주로 재배하는 토지와 식용(食用)으로 죽순을 재배하는 토지를 말하고, '과수원'은 사과ㆍ배ㆍ밤ㆍ호두ㆍ귤나무 등 과수류를 집단적으로 재배하는 토지와 이에 접속된 저장고 등 부속시설물의 부지'로 뚜렷이 구분되어 있다(측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 및 그 시행령).

② 그런데 이 사건 토지는 위 양도 시점을 기준으로 일부는 원고가 운영하는 식당의 주차장으로 사용되었고, 또 나머지 부분에는 항공사진상 수목이 식재되어 있다. 이에 대하여 원고는 이 사건 토지와 더불어 그 인근의 원고 소유 토지까지 합하여 '자두 과수원'을 운영하였다고 진술하고 있으나, 그처럼 '전'(밭농사)에서 대규모의 과수원 운영으로 전환한 시기나 그 경위, 또 수확한 과수의 판매처나 그 밖에 과수원을 운영하기 위해 필요한 자재, 경비 등에 관한 객관적 자료가 충분하게 제출되지 아니하였다.

③ 종합하건대, 원고는 최소 2001년까지는 이 사건 토지와 인근의 000-0 토지를 '전'으로 자경하였는데, 어느 시기부터인가 그 일부는 식당 주차장으로 사용되었고, 나머지 부분에는 수종을 알 수 없는 수목이 식재되어 있을 뿐 구체적으로 원고가 이를 양도시점까지 과수원으로 경작하였다고 인정할만한 증거가 부족하다.

3) 결국 이 사건 토지를 양도할 때까지 농지(과수원)로 경작하였다는 원고 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결 론

결국, 피고의 이 사건 처분에 어떤 위법사유가 있다고 인정되지 아니하고, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 주문과 같이 판결한다.