조심2013광4392(2013.12.18)

과,면세 겸업을 영위하는 도축업의 공통매입세액은 도축 두수로 그 실질귀속을 구분할 수 있음

과, 면세 겸업을 영위하는 도축업의 경우에 도축공정이 동일하므로 공통매입세액을 안분하는 경우 도축 두수에 따라 그 실질귀속을 구분할 수 있음

법인세법 제67조

전주지방법원-2014-구합-714(2015.01.21)

00산업 주식회사

00세무서장

2014.12.17

2015.01.21

1. 피고가 2013. 6. 26. 원고에 대하여 한 경정청구 거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 00시에 본점소재지를 두고 도축업을 하는 법인으로서, 원고가 판매목적으로 매입한 생우, 생돈의 도축, 가공 및 육류판매업 등 부가가치세 면세사업(이하자 가도축이라 한다)과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업(이하 위탁도축이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 원고는 피고에게 2010. 제1기 ~ 2012. 제2기 중에 발생한 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물 처리비, 수선비 등 도축에 따른 공통매입세액 584,191,333원(이하 이 사건 쟁점매입세액이라 한다)을 공급가액 기준으로 안분계산하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 원고는 2013. 4. 25. 2010. 제1기 ~ 2012. 제2기 부가가치세에 관하여 당초 신고한 이 사건 쟁점매입세액의 공급가액 비율에 따른 안분계산 방식은 타당하지 아니하므로 도축두수에 따라 안분계산해야 한다고 주장하면서 기납부한 세액 중 190,334,650원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2013. 6. 26. 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규정되어 있으므로, 위 규정에 의하여 이 사건 쟁점매입세액은 공급가액비율에 따라 안분계산하는 것이 원칙이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 이 사건 거부처분이라 한다)하였다. 마. 원고는 2013. 9. 25. 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(원고는 이 사건 쟁점매입세액 분류착오로 인하여 190,334,650원 중 114,279,500원에 대하여만 심판청구하였다)를 하였으나, 2013. 12. 18. 그 청구가 기각되었다. 바. 한편 원고의 부가가치세 신고 및 도축두수는 별지 2, 3 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

과세분 공급가액에는 타인 소유의 소와 돼지를 도축가공하여 주는 대가인 수수료만 반영되는 반면 면세분 공급가액에는 원고가 매입한 소와 돼지의 구입가격, 도축가 공원가, 관련 이윤까지 포함되게 되므로, 각 공급가액을 기준으로 이 사건 쟁점매입세액을 안분하는 것은 타당하지 아니하다. 따라서 이 사건 공통매입세액을 공급가액이 아닌 실제 도축두수에 의하여 안분하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

다. 판단

구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제7항 의 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조는 매입세액의 안분계산에 관하여, 제1항 본문에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액이라 한다)은 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 면세공급가액/총공급가액에 의하여 안분계산한다고 규정되어있는 바, 여기에서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 때의 판단기준은 재화 매입당시도 고려되어야 할 것이므로, 면세재화의 구입, 관리, 제조, 가공과정의 투입, 제품공정, 제품생산관리 등 제반실태를 고려하여 전체적으로 구분할 수 있는지 여부를 결정하여야 하고, 재화의 사용량을 구분할 수 없을 때는 물론 사용량을 구분하더라도 그 사용량의 공급가액을 알 수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아야 할 것이다(대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결 참조). 위 법리에 비추어 이 사건 쟁점매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액의 계산을 실지귀속에 따라 구분할 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음의 각 사정들, 즉 원고는 생우, 생돈의 도축가공 및 육류판매업 등의 부가가치세 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업을 겸영하는 사업자로서, 과세사업인 도축가공서비스와 면세사업인 자가도축 이 모두 같은 공정에서 이루어지고, 그 도축이나 가공에 있어 단위당 소요시간에 차이가 없는 점, 이 사건 쟁점매입세액의 매입재화인 전기료, 폐기물 처리비, 수선비 등은 원고의 면세사업인 자가도축과 과세사업인 위탁도축에 공통으로 사용되고 있는 점, 이 사건 쟁점매입세액을 공급가액을 기준으로 하여 안분계산할 경우 면세사업분은 원고가 생우, 생돈을 매입하여 도축가공하여 판매한 가액(생우 1두당 6,000,000원, 생돈 1두당 350,000원)이므로 소와 돼지의 매입가액이 포함되나, 과세사업분은 타인의 소와 돼지를 도축한데 대한 수수료(생우 1두당 87,000원, 생돈 1두당 12,000원)이므로 소와 돼지의 가액이 포함되지 아니하게 되는 결과가 되어 공급가액 중 면세사업분과 과세사업분에 포함되는 가액의 성격이 상이하게 되어 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분하는 것은 불합리다고 보이는 점, 원고는 도축과 관련하여 매월 도축세(지방세)를 납부하고 있는데 원고가 위탁받아 도축한 물량은 부가가치세 과세대상 세금계산서를 발행하고, 자가 도축물량에 대하여는 직접 매입하여 도축 후 면세매출한 자료를 토대로 전북도축산위생연구소 00지소에 도축물량을 신고하고 있어 별지 3 기재 도축 두수는 원고 사업장의 도축두수로서 신빙성이 있다고 보이는 점, 이와 같이 과세분과 면세분의 공급가액은 생우, 생돈의 매입가액 포함 여부에 따라 가액 차이가 상당하여 원고의 경우 공급가액을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 산출하면 98%에 이르지만, 도축두수를 기준으로 면세사업과 관련된 매입세액을 산출하면 64.6%에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액의 계산을 도축공정 및 가공공정의 공정별 도축두수에 따라 실지귀속을 구분할 수 있는 경우에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.