특수관계법인에게 용역을 고가로 제공하였음을 입증하지 못하는 이상 용역의 시가 산정은 위법함

특허권이 당시 대표이사의 개인 명의로 되어 있기는 하지만, 실제로는 법인이 개발하였거나 공동으로 개발한 것으로 법인의 지분비율이 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된다고 할 것이며, 과세관청이 원고가 특수관계법인에게 용역을 고가로 제공하였음을 입증하지 못하는 이상 용역의 시가 산정은 위법함

2012누24582 법인세등부과처분취소

주식회사 AA

중부지방국세청장

의정부지방법원 2012. 7. 10. 선고 2011구합3864 판결

2013. 5. 30.

2013. 7. 4.

1.원고 및 피고 파주세무서장의 항소를 모두 기각한다.

2.항소비용은 각자 부담한다.

3.제1심 판결의 주문 제1항 중 2009. 10. 15. 을 2009. 10. 7. 로 경정한다.

1. 청구취지(원고는 항소심에서 아래와 같이 청구취지를 정정하였다)

가. 피고 파주세무서장이 원고에 대하여 한， ① 2009. 10. 7. ㉠ 2004 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， ㉡ 2005 사업 연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， ㉢ 2006 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， ㉣ 2007 사 업연도 법인세 000원의 부과처분 및 ② 2009. 10. 1. 2008 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 각 취소한다.

나. 피고 중부지방국세청장이 2009. 10. 12. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 0000원의 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 항소취지(위 청구취지 정정에 따라 원고의 항소취지도 아래와 같이 정정되었다)

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. (1) 피고 파주세무서장이 원고에 대하여 한， ① 2009. 10. 7. ㉠ 2004 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， ㉡ 2005 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원 부분， ㉢ 2006 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원 부분， ㉣ 2007 사업연도 법인세 000원의 부과처분 및 ② 2009. 10.1. 2008 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 각 취소한다. (2) 피고 중부지방 국세청장이 2009. 10. 12. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 0000원의 소득금액변동통지를 취소한다.

나. 피고 파주세무서장

제1심 판결 중 피고 파주세무서장의 패소 부분을 취소하고，위 취소 부분에 해당하는 원고의 피고 파주세무서장에 대한 청구를 기각한다.

1. 제11심 판결의 인용

이 법원이 이 판결에서 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중에서 그 일부를 아래 "제2항"과 같이 고쳐 쓰고， 원고 및 피고 파주세무서장의 주장에 관한 판단을 아래 "제 3항"과 같이 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로， 행정소송법 제 8조 제2항， 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 제l심 판결문 제3쪽 제21행 ~ 제4쪽 제2행의 2009. 10. 15. 원고에 대하여 2004사업연도 법인세 0000원， 2005사업연도 법인세 0000원， 2006사업 연도 법인세 0000원， 2007사업연도 법인세 0000원， 2008사업연도 법인세 000원을 경정 ・ 고지하였는데，" 부분을 2009. 10. 7. 원고에 대하여 2004 사업연도 법인세 0000원， 2005 사업연도 법인세 0000원， 2006 사업연도 법인세 0000원， 2007 사업연도 법인세 000원(한편 과세관청은 2009. 3. 1. 원고에 대하여 위 000원과 별도로 2007 사업연도 법인세 0000원을 부과하였다) 및 2009. 10. 1. 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세 000원(= 11，444，970원 + 28，313，770원)을 각 경정 ・ 고지하였는데，"로 고쳐 쓴다.

나. 제1심 판결문 제4쪽 제11행의 2009. 10. 14. 을 2009. 10. 12. 로 고쳐 쓴다.

다. 제1심 판결문 제4쪽 제15행의 "갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함) 부분을 "갑 제1 내지 4호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 생략， 이하 같다)， 을 제10， 13， 26， 27 호증"으로 고쳐 쓴다.

라. 제1심 판결문 제9쪽 제2행의 "하도급대금 000억 원의 차액인 00억 원을" 부분을 "하도급대금 000억 원의 차액인 00억 원을"으로 고쳐 쓴다.

마. 제1심 판결문 제9쪽 제18행의 2009. 10. IS. 부분을 2009. 10. 7. 로 고쳐 쓴 다.

3.추가 판단 부분

가. 원고의 주장에 관한 판단 (1) 원고 주장의 요지

이 사건 특허권은 BBB 개인의 단독 발명에 해당하고，설령 위 특허권이 BBB의 직무발명에 해당한다고 보더라도， BBB가 이 사건 특허권을 CCC에 양도하고 지급받은 00억 원은 위 특허권에 대한 보상액으로 적정한 금액에 해당한다. 따라서 과세관청이 아무런 법률적 ・사실적 근거도 없이 CCC의 이 사건 특허권 취득가액 00억 원 중 0억 원을 부인하고， 그 부분에 관하여 원고가 흡수합병한 CCC에 대해 법인세를 부과한 것과 소득자를 BBB으로 소득금액을 위 0억 원으로 한 이 사건 소득금액변동통지는 모두 위법하다.

(2) 판단

(가) 살피건대， 비록 이 사건 특허권이 BBB의 명의로 되어 있었지만 앞서 인용한 여러 사정 등에 의하면，실제로는 CCC가 위 특허권을 BBB와 공동으로 개발한 것으로 위 특허권은 CCC과 BBB의 공동소유이고，그에 관한 에스텍의 지분비율이 최소 50%에 해당한다는 사실을 경험칙에 비추어 추정할 수 있는 이 사건에서， 그와 같은 추정과 달리 이 사건 특허권은 BBB의 단독 발명 등에 해당한다는 사실은 원고가 이를 증명하여야 할 것이다(대법원 2008. 5. 29. 션고 2006두13831 판결 등 참조).

(나) 그런데，① 갑 제1호증， 을 제11， 12호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면， BBB는 이 사건 특허권과 유사한 '이중 마루의 다공 판넬용 댐퍼 장치'로 하 는 특허발명(특허번호 제00호，이하，'관련 특허'라 한다)의 실제 발명자 등이 아니라는 이유로 관련 특허를 무효로 한다는 특허심판원의 심결(특허심판원 2001당000)에 대하여 BBB가 관련 특허의 실제 발명자 등에 해당한다는 이유로 위 심결의 취소를 구하는 소를 특허법원 2002허0000호 사건으로 제기하였지만，위 법원은 2003. 1. 16. 관련 특허는 BBB가 대표이사로 있던 CCC1)의 이사인 DDD의 의뢰를 받은 EEE이 아이디어를 구체화하여 이를 도면으로 제작하고， 위 도면을 토대로 기술구성을 최종적으로 완성한 위 EEE이 공동으로 창작하였다는 이유 등으로 BBB의 위 청구를 기각하는 판결을 선고하였고， 대법원은 2005. 3. 25. 2003후373 판결로 BBB의 상고를 기각한 사실이 인정되는 점，② 또한，원고는 CCC가 이 사건 특허권과 관련된 "반도체 크린룸 이중마루판의 다공판넬용 공기조절(뱀퍼) 장치"에 관하여 KT(케이티) 마크 신기술로 인정받을 당시에 CCC가 000만 원의 기술개발비와 기술개발 인력을 3명으로 주장(을 제2호증， 기록 128쪽 참조)하였던 이유에 관하여， 이는 은행 대출이나

관련 입찰에서 CCC가 기술 개발에 많은 노력을 기울이고 있다는 것을 나타내기 위 하여 실제와 달리 CCC의 성과물인 것처럼 포장한 것에 불과하다고 주장하지만， 원고가 제출한 증거만으로는 위 주장을 그대로 인정하기 어려운 점，③ 한편， 이 사건 특허권 양도일 당시에 시행되던 구 「특허법J (2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제40조가 정한 종업원의 직무발명에 대한 보상액은 직무발명제도와 그 보상에 관 한 법령의 취지， 당사자들 사이의 관계， 해당 발명의 객관적인 기술적 가치， 유사한 대체기술의 존재 여부， 해당 발명으로 회사가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 종업원 및 사용자 등의 공헌 정도， 해당 특허의 이용 형태 등의 제반 사정을 종합하여 정함이 상당하고(대 법 원 2008. 12. 24. 선고 2007다37370 판결 등 참조)， 이러한 법리와 함께 제1심 판결이 적절하게 들고 있는 바와 같은 CCC와 BBB의 관계， 이 사건 특허권의 내용 및 이 사건 특허권의 객관적 가치가 00억 원으로 평가된 사정(갑 제4호증의 1， 기록 80-81쪽 참조)까지 고려하면， 이 사건 특허권에 관하여 BBB의 지분을 50%로 평가한 것이 BBB가 받을 수 있는 직무발명 보상액에 비추어 부당하게 과소하게 평가된 것이라고 볼 수 없는 점 등을 종합해 볼 때， 원고가 제출한 증거들과 이 법원에 서 추가로 주장하는 사정 까지 모두 고려한다고 하더라도， 앞서 살핀 추정 과 달리 이 사건 특허권을 BBB가 단독으로 발명하거나 고안하였다고 인정하기에 부족할 뿐만 아니라， 그에 관한 조진경의 지분비율을 50%로만 평가하여 CCC의 취득가액 00억 원 중 0억 원을 부인한 피고들의 조치가 잘못된 것이라고 볼 수 없다.

(다) 따라서 그와 다른 전제에 기초한 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나. 피고 파주세무서장의 주장에 관한 판단

(1) 위 피고의 주장 요지

CCC가 이 사건 잔여공사를 직접 시공하지 않고 원고에게 하도급함으로써 그 공사 이익율이 19.3%나 줄었고，원고는 이 사건 잔여공사와 동일한 공사실적과 기술이 전혀 없어 그 시공이 사실상 불가능하였으며， 이 사건 옐시디(LCD) 크린룸 공사의 특성상 원고는 특수관계 법인 이외의 제3자에게 하도급을 줄 수 있는 여건이 아니어서 이 사건 하도급계약이 체결된 당해 사업연도 중 특수관계자가 아닌 자와의 유사 용역 거래가 있을 수 없는 사정까지 고려하면， 이 사건 하도급계약은 경제적 합리성이 없는 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 하도급계약과 관련된 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

(2) 판단

(가) 살피건대， 법인이 특수관계에 있는 자에게 대가를 지급하고 용역을 제공받는 거래가 법인세법령이 정한 부당행위계산 부인 대상으로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하려면， 당해 용역 거래의 대가가 "시가"보다 높 을 것이 요구되고， 위의 "시가"에 대한 증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세 관청에 있다고 할 것이다(대법원 1996. 5. 10. 선고 95누5301 판결， 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

(나) 그런데 앞서 인용한 바와 같이 이 사건 하도급계약은 부당행위계산 부인 대상이라는 이유로 피고 파주세무서장이 이 사건 처분을 하면서 산정한 수익률 등에 기초한 시가는， 위 하도급계약과 비교 대상이 되는 원고와 소외 회사 사이의 공사가 이 사건 엘시디(LCD) 크린룸공사와는 그 공사의 내용， 공사대금 규모 등에 있어 차이가 있을 뿐만 아니라， 그 각 거래 조건이나 시장여건의 변화 등과 같은 제반 요소들에 대 한 합리적 조정과정을 거치는 등으로 가장 진실에 가까운 수익률을 반영할 수 있도록 객관적이고 타당성 있는 근거에 의하여 결정된 수익률 등에 따른 시가라고 볼 근거도 없는 점에 비추어 볼 때， 위 피고가 제출한 증거들과 이 법원에서 추가로 주장하는 사 정을 고려한다고 하더라도， 법인세법령에 따라 적정하게 산정한 시가에 해당한다고 인정할 수 없다.

(다) 따라서 이 사건 하도급계약에 관한 적법한 시가가 산정되었음을 전제로 위 하도급계약이 법인세법령이 정한 부당행위계산 부인 대상에 해당한다는 위 피고의 주 장은 나머지 점에 관하여는 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면， 원고 및 피고 파주세무서장의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하되， 제1 심 판결의 주문 제1항 중 2009. 10. 15은 2009. 10. 7. 의 잘못된 기재임이 기록상 명백하므로 이를 경정하기로 하여，주문과 같이 판결한다.