1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다....

1. 처분의 경위

가. 원고는 공장 건축을 목적으로, 1999. 8. 28. 울산 울주군 B 임야 8,170㎡를 매수(이하 ‘이 사건 매수’라 한다)하였는데, 위 임야는 2000. 4. 12. C 임야 8,407㎡로 등록전환 되면서, C 임야 7,831㎡와 D 임야 576㎡로 분할되었다.

그 후 원고는 2000. 6. 12. C 토지(7,831㎡)상에 공장건물(이하 ‘이 사건 공장건물’이라 한다) 신축을 시작하였고, 2000. 7. 14. 위 토지의 지목을 공장용지로 변경하였다.

나. 이후 위 C 공장용지 7,831㎡는 2009. 11. 25. C 공장용지 4,480㎡와 이 사건 공장건물 부지가 포함된 E 공장용지 2,970㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 공장건물과 포함하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다) 및 F 공장용지 381㎡로 각 분할되었다.

다. 원고는 2013. 6. 26. 이 사건 각 부동산을 수용을 원인으로 하여 한국토지주택공사에게 양도하였는데, 2013. 8. 30. 양도소득세 신고를 하면서, 이 사건 토지의 실지취득가액을 알 수 없고, 원고가 취득할 당시 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 ‘개별공시지가’라 한다)도 없었다고 주장하며, 임야에서 공장용지로 지목이 변경된 이후인 2000. 12. 29. 공시된 개별공시지가 79,600원(1㎡당)을 기준시가로 적용하여 계산한 환산가액 582,320,084원을, 이 사건 공장건물에 대하여는 환산가액 443,575,447원을 각 취득가액으로 신고하였다. 라.

피고는 이 사건 토지에 대하여 1999. 6. 30. 공시된 개별공시지가 6,720원(1㎡당)을 기준시가로 적용하여 환산한 49,160,690원(이하 ‘이 사건 환산금액’이라 한다)을 취득가액으로, 이 사건 공장건물에 대하여는 당초 신고한 환산가액에서 사업소득의 필요경비로 기산입한 감가상각비 73,912,339원을 차감한 369,663,108원을 취득가액으로 하여, 2014....