1. 피고가 2015. 8. 10. 원고에 대하여 한 별지1 과세목록 기재의 취득세 및 각 농어촌특별세...

1. 처분의 경위

가. 원고는 파주시 문발동 일원의 토지에서 ‘파주출판문화정보 국가산업단지(2-1단계) 개발사업(이하 ’산업단지 개발사업‘이라 한다)’을 시행하여 2013. 4. 1. 준공인가를 받았고, 파주시 동패동 일원의 토지에서 ‘파주운정 택지개발사업(이하 ’택지 개발사업‘이라 하고, 위 사업을 모두 합하여 이하 ’이 사건 각 사업‘이라 한다)’을 시행하여 2013. 12. 31. 2단계 준공인가를, 2014. 12. 31. 3단계 준공인가를 받았다.

나. 원고는 이 사건 각 사업을 시행하면서 아래 [표]의 기재와 같이 지목변경을 원인으로 파주시 문발동 및 동패동 등 합계 6,691,088.5㎡의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 소요된 공사비용 등 합계 1,994,517,217,798원을 과세표준으로 하고, 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항에 따른 취득세의 경감규정을 적용하여 취득세 및 농어촌특별세 합계 3,949,003,020원을 신고ㆍ납부하였다.

[표] 소재지 사업명 취득일 면적 과세표준(원) 신고납부금액(원) 파주시 문발동 626 외 222필지 산업단지 개발사업 2013. 4. 1. 688,845.2㎡ 64,845,885,001 107,378,000 (농어촌특별세) 파주시 동패동 164 등 택지개발사업 2단계 2013. 12. 31. 5,725,301.5㎡ 1,735,549,781,507 3,646,141,600(= 취득세 3,400,849,930 농어촌특별세 245,291,670) 파주시 동패동 220 등 택지개발사업 3단계 2014. 12. 31. 276,941.8㎡ 194,121,551,290 195,483,420(= 취득세 162,764,830 농어촌특별세 32,718,590) 합계 6,691,088.5㎡ 1,994,517,217,798 3,949,003,020

다. 피고는 2015. 5. 7.부터 2015. 5. 15.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후에 원고가 이 사건 각 사업과 관련하여 납부한 아래 [표]의 기재와 같은 부담금(이를 모두 합하여 이하 ‘이 사건 부담금’이라 한다)은...