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주문
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 당사자 지위 등 1) 원고들은 해외자원개발사업 등에 자산을 투자운용하여 그 수익을 주주에게 배분하는 것을 목적으로 해외자원개발 사업법에 따라 설립된 해외자원개발 투자회사로서 원고 1은 2012. 6. 13.에, 원고 2는 2011. 8. 2.에 각 설립되었다. 2) 원고들은 각 정관으로 사업연도의 기간을 3개월로 정하여, 원고 1은 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 말일을, 원고 2는 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 5일을 각 사업연도의 종료일로 정하고 있다.
나. 과세표준 0원으로 하는 법인세 신고 1) 원고 1은 2016. 9. 25. ‘2016. 4. 1. ~ 2016. 6. 30. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 27,279,906,100원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다. 2) 원고 2는 2016. 9. 25. ‘2016. 3. 6. ~ 2016. 6. 5. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 10,781,647,934원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다.
(이하 위 단서조항을 ‘이 사건 단서조항’이라 한다). 2016. 1. 1.부터 시행되는 이 사건 단서조항에 따르면, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업 또는 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하지 않는 모든 내국법인은 소득의 100분의 80까지만 이월결손금 공제를 받을 수 있게 되었다. 라.
이 사건 각 처분 피고는, 원고들이 '조세특례제한법이 규정한 중소기업에 해당하지 않고 이 사건 단서조항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 각...