1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 10. 29. 인천 서구 B를 사업장소재지로 하고, 비거주용 건물 임대업을 주업종으로, 스포츠레크레이션보트요트모터싸이클 임대업 등을 부업종으로 하여 ‘C’이라는 상호로 개인사업자등록을 하였다.

나. 원고는 2014. 10. 14. 이탈리아의 D사와 총톤수 54톤의 선박인 E(이하 ’이 사건 선박‘이라 한다)에 관한 매매계약을 체결하였고, 2015. 1. 28. 이 사건 선박을 수입하면서 부산세관장으로부터 공급가액 4,592,520,072원(부가가치세 459,252,007원)의 수입세금계산서를 수취하였으며, 2015. 2. 25. 이 사건 선박에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기를 하였다.

다. 원고는 2015. 4. 25. 2015년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 부가가치세 459,252,007원을 부가가치세법 제39조 제1항 제4호의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 신고하였다. 라.

원고는 2016. 10. 16. 피고에게 F(이하 ‘F’이라 한다)에서 마리나업을 하기 위하여 이 사건 선박을 수입한 것이어서 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 매입세액 459,252,007원은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액으로 부가가치세법 제38조 제1항 제2호에 따라 매출세액에서 공제되었어야 하는 것이라고 주장하면서 이를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2016. 11. 23. 원고에게 이 사건 선박의 수입은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하여 원고가 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제4호의 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액에...