1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 토공사업, 토목공사업, 건축공사업 등을 영위할 목적으로 2002. 4. 18. 설립된 법인이다.

나. 원고는 2007. 12. 5. 서울 강남구 A 대지 198.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 그 지상 연와조 근린생활시설 205.75㎡ 건물을 매수하여 건물 2층을 원고의 본점으로 사용하던 중, 2009. 7. 16. 본점을 남양주시 B건물 4층 410호로 이전하고, 이 사건 토지 지상의 위 건물을 철거한 다음 2010. 3. 9. 철근콘크리트조 근린생활시설 5층 448.56㎡ 건물(C빌딩, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하고 그 사용승인을 받았으며, 2010. 4. 5. 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 2010. 3. 26. 이 사건 건물의 신축을 취득원인으로 하여 피고에게 취득세 및 등록세 등을 신고ㆍ납부를 하였는데, 원고는 이 사건 건물을 타인에게 분양할 예정임을 전제로 일반세율을 적용하여 신고ㆍ납부하였다. 라.

피고의 직원이 2013. 11. 14. 이 사건 부동산에 출장하여 사용현황을 조사한 결과 이 사건 건물의 2층 일부와 4층을 원고가 직접 사용하고 있다고 판단하고, 이는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호, 제3항, 구 지방세법 부칙 제5조, 제6조(2010. 3. 31. 법률 제10221호), 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라 한다) 제102조 제2항에서 정하고 있는 중과세율 적용대상인 ‘대도시에서 법인의 지점을 설치한 경우’에 해당한다고 보아, 2014. 3. 10. 원고에게 위 법령에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 차감한 건물분 등록세 및 지방교육세 4,339,760원과 토지분 등록세 및...