1. 제1심판결 중 아래에서 지급을 명하는 금액에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고는...

기초사실

원고는 남양주시 퇴계원면 퇴계원리 152-6 일원에 아파트를 신축하는 주택건설사업(이하 ‘이 사건 주택건설사업’이라고 한다)을 시행한 법인으로서, 2010. 6. 1. 남양주시장으로부터 이 사건 주택건설사업에 관한 사업계획승인을 받았고, 이 사업계획승인에 따라 전용되는 농지 70,866㎡에 관한 협의를 거침으로써 농지전용허가가 의제되었다.

이에 구 농지법 제52조(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농지법’이라 한다)에 따라 농림수산식품부 장관으로부터 권한을 위임받은 남양주시장은 2010. 7. 30. 원고에게 위 농지전용에 따른 농지보전부담금을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였고, 원고는 2011. 10. 7. 농지보전부담금 3,464,555,640원 및 가산금 173,227,830원의 합계 3,637,784,470원을 납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 남양주시장에 대한 2017. 8. 15.자 사실조회결과, 변론 전체의 취지 판단 청구원인의 요지 착오납부 농지보전부담금 반환 청구 원고는 농지전용허가신청을 하면서 농지가 아닌 토지 6필지(남양주시 퇴계원면 퇴계원리 160, 190-2, 190-10, 190-11, 190-12, 191-10, 이하 개별 토지를 특정할 때에는 지번만을 기재한다) 합계 4,063㎡를 농지로 착오하여 전용 대상 농지에 포함하였는데, 190-2, 190-10, 190-11 토지는 이 사건 주택건설사업에 관한 사업계획승인 전에 이미 개정 전 농지법(2009. 5. 27. 법률 제9717호로 개정되기 전의 것)에 따라 현행 농지보전부담금에 해당하는 농지조성비를 납부하여 지목이 ‘답’에서 ‘대지’로 각 변경되었고, 160, 190-12 토지는 공부상 지목이 잡종지로서 군사시설용지이었다....