조심2009지0952 (2010.11.30)

취득

취소

택지개발사업시행자와 공장이전승인권자(처분청)가 동일한 경우로서 피수용인이 처분청의 공장이전불승인처분에 대해 행정소송을 제기하여 승소 판결을 받은 사실 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 대체취득의 지연사유가 법인의 내부사정 등에 기인했다고 볼 수 없으므로 정당한 사유에 해당함

지방세법 제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】 / 지방세법 제127조의 2 【대체취득등기에 대한 비과세】

조심2011지0556

처분청이 2009.6.11., 2009.7.22., 2009.8.14. 청구법인에게 한 취득세79,026,000원, 농어촌특별세 7,902,600원, 등록세 77,494,350원, 지방교육세15,498,870원, 합계 179,921,820원의 부과처분(신고·납부)은 이를 취소한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 OOO 부지에 편입된 OOO 소재토지(이하 “이 건 수용토지”라 한다)가 사업시행자인 처분청과 구 OOO에 수용OOO된 후, 2008.1.25. 보상금을 수령하였고,2009.6.11.과 2009.7.22.에 OOO 외 23필지토지 25,709㎡를, 2009.7.27.에는 같은 곳 22-22지번의 지하수관정(토지및 지하수 관정을 합해 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득하였다.

나. 청구법인은 2009.6.11., 2009.7.22., 2009.8.14. 이 건 부동산의 취득관련 취득세 등을 신고하면서 이 건 부동산을 대체취득함에 있어사업인정을 받은 자의 사정 등 보상금 수령일부터 1년 내에 대체취득이불가능한 사유가 발생하였고, 「지방세법」 제109조 제1항(본문 중단 괄호)의 사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능 경우에는그 가능일을 취득으로 본다는 규정을 들어 사업시행자인 처분청의이건 부동산에 대한 공장이전 승인일(2009.5.28.)을 유예기간의 기산일로하고, 이 시점으로부터 1년 이내에 이 건 부동산을 대체취득하였다 하여 처분청에 취득세 등 비과세신청을 하였다.

다. 처분청은 대체취득이 불가능할 정도의 사업인정을 받은 자의 사정이 존재하지 아니한다 하여, 이 건 부동산의 취득가액 4,592,751,000원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 79,026,000원농어촌특별세 7,902,600원, 등록세 77,494,350원, 지방교육세 15,498,870원,합계 179,921,820원의 납부서를 동 신고일자별로 교부하였고, 청구법인은 2009.6.15., 2009.7.13., 2009.7.22., 2009.8.26. 각각 납부하였다.

라. 청구법인은 동 신고·납부사항에 불복하여 2009.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 OOO 사업시행자 위치에서 청구법인이 이 건 수용토지 관련 대체취득 부동산을 취득하기 위해 신청한 공장이전 승인을 불허하고, 청구법인이 제기한 공장설립불승인처분 취소소송의 판결(2009.4.21. 처분청 패소) 후인 2009.5.28.에 이르러서야 청구법인에게 공장이전승인을 한 사실이 있는바, 청구법인은 이러한 사유로 인해 보상금 수령일(2008.1.25.)부터 1년 이내에 대체부동산을취득하지 못하였고, 이는 「지방세법」 제109조 제1항의 사업인정을받은 자의 사정에 기인한 것으로 볼 수 있어, 청구법인이 이 건 부동산을공장이전승인일부터 1년 이내에 대체취득한 이 건의 경우 취·등록세 등을 비과세함이 타당하다.

나. 처분청 의견

OOO 사업시행자가 처분청이라 할지라도 토지수용으로 인한 대체취득 부동산을 사업시행자인 처분청이 유예기간내에분양하기로 약정한 사실이 없었고, 청구법인의 경우 자유로운 의사에 의해 대체토지를 취득할 수 있었으며, 처분청이 이 건 부동산에 대해 주거환경 파괴에 따른 지역주민의 피해가 우려되는 이유로 공장이전승인을 불승인한 후에도 청구법인은 다른 대체토지를 취득하지 아니하였는바, 사업인정을 받은 자의 사정에 기인하여 대체취득이 불가능하였다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 부동산의 취득이 대체취득에 대한 취득세 등 비과세 대상인지여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 · 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 · 「도시개발법」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」 제55조 제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 「농어촌정비법」 제30조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조 제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(「관광진흥법」에 의한 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 의한 개발계획 고시일을 포함한다)이후에 대체 취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산 등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구와 연접한 시ㆍ군ㆍ구내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 연접한 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제261조 제1항의 규정에 따른 자경농민이 농지경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

가. 제1호의 규정에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역을 제외한 지역

제127조의 2 【대체취득등기에 대한 비과세】② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기ㆍ등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가)이 건 부동산의 취득 및 신고현황을 보면, OOO 외 15필지(잡종지, 유지, 하천) 19,930㎡ 및 OOO 외 2필지(답, 목장용지) 1,774㎡는 2009.6.11. 자로 취득 및 신고를 하였고, OOO 외 4필지(답, 하천, 목장용지) 4,005㎡는 2009.7.22.자로 취득 및 신고를 하였으며, OOO 지하수 관정은 2009.7.27. 취득하여 2009.8.14. 신고한 사실이 취득신고 및 자진납부 세액계산서상 나타난다.

(나) 청구법인은 1974.6.5. 설립되어 레미콘의 제조 및 판매업을 영위하여 왔고, 이 건 수용토지의 소유자이자 청구법인의 계열사인 OOO를 2007.6.9. 흡수합병OOO하였으며, OOO는 청구법인에 흡수합병 될때까지 사업시행자와 보상가액에대한 협의 및 재결·소송의 당사자 지위에 있었음이 판결문 등 관련 증빙자료에 의해 확인된다.

(다) 2003.5.20. 구 OOO은 이 건 수용토지를 포함한 OOO 등 일원 4,692,000㎡를「택지개발촉진법」 상의 관련 규정에 따라 OOO로 지정·고시하면서, 사업시행자는 OOO(처분청)과 구 OOO으로 하여 개발계획을 승인한 사실이OOO 등에 나타난다.

(라) 피합병 소멸법인인 OOO는 2004.4.23. 개인인 OOO로부터 이 건 부동산을 포함한 토지 6,000평을 매수(평당 60만원)하기로하는 부동산매매계약을 체결한 사실이 매매계약서상 나타난다.

(마) 청구법인OOO의 이 건 수용토지 보상가액 수령 관련 재결 및 판결사항에 대해 살펴보면, OOO는 수용재결 결과에 따른 보상금액 16,850,772,400원을 2005.10.11. 법원에 공탁OOO하였고, 청구법인의 이의제기에 따라 OOO는 이의재결을 거쳐 추가 확정된 보상금액520,011,100원을 2006.2.23. 법원에 추가 공탁(청구법인 2006.2.28. 수령)하였으며, 이의재결에 불복하여 청구법인이 제기한 행정소송에서 청구법인이 승소OOO함에 따라 추가 확정된 보상금액 140,156,800원을 청구법인은2008.1.25. 수령(보상 완료)하였고, 이러한 사실은 재결 공탁금 출급확인서 사본 및 보상금 결정 행정소송 판결문 사본 등 관련 증빙자료에의해 확인된다.

(바) OOO는 합병전인 2005.10.20. 이 건 부동산 등을공장소재지로 하여 처분청에 공장이전승인 신청하였고, 처분청은 「국토의계획 및 이용에 관한 법률」 제56조 및 동시행령 제51조(개발행위허가대상), 「농지법」 제39조 및 동시행령 제49조·동시행규칙 제35조의2(농지전용허가 제한대상시설) 규정에 의거 2005.11.2. 공장이전승인 신청 불승인을 통보한 사실이 관련 공문에 나타난다.

(사) 이후, OOO를 흡수합병한 청구법인이 2007년 8월 중2차로 처분청에 공장이전승인을 신청하였으나, 2007.12.31. 처분청은“OOO 주변이 주거지역, 식품공장, 집단화된 농경지 및 국가하천인OOO이 위치하여 공장 가동시 분진 및 오수로 인한 피해발생, 농경지의토양 및 하천의 오염이 예상되고 특히 대형중장비 차량 운행으로 인한교통사고 위험 등 주거환경의 파괴로 지역주민에 대한 피해 우려”가 있다 하여 공장설립 불승인을 청구법인에게 통지하였고, 청구법인은 처분청의 공장이전불승인처분에 대해 행정소송을 제기하여 처분청의 공장이전불승인처분을 취소하도록 하는 승소 판결OOO을 받은 사실이 판결문에 의해 확인된다.

(아) 청구법인은 소송결과에 따라 2009.5.18. 처분청에게 공장설립승인신청을 하였고, 처분청은 2009.5.28. 공장설립승인(기간 2009년 5월～2013.5.31.)을 통보하였으며, 청구법인은 2009.6.11., 2009.7.22., 2009.8.14. 이 건 부동산을 각각 취득한 사실이 관련 공문 등에 의해 확인된다.

(2) 「지방세법」 제109조 제1항에서는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이가능한 날을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에따른 지역에서 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조의 2 제2항에서는법 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기ㆍ등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 하고 있는바, 여기에서 법 제109조 제1항 본문의 괄호에 규정하는 “사업인정을 받은 자의사정으로 대체취득이 불가능한 경우”의 의미는 사업인정을 받은 자가 수용 또는 철거된 자들을 집단적으로 이주시키기 위하여 단지를 조성하거나, 마지막 보상금 수령전에 사업인정을 받은 자가 토지 등을 수용하는 대가로 대체할 토지를 특별분양하기로 하기로 하는 약정이 선행하면서, 공사가 지연되는 등의 사정이 있는 경우를 의미한다고 보아야 하고, 단순히 사업시행자가 공급하는 용지 등을 취득하기 위하여 마지막 보상금 수령일부터 1년이 경과한 후 분양받은 경우나 대체취득의 지연사유가 피수용인(납세자)의 내부사정에 기인한 경우까지는 포함하지 않는다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(3) 살피건대, 이 건은 택지개발사업시행자와 공장이전승인권자(처분청)가 동일한 경우로서 피수용인이 처분청의 공장이전불승인처분에 대해 행정소송을 제기하여 승소 판결을 받은 사실 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 대체취득의 지연사유가 피수용인(청구법인)의 내부사정 등에 기인했다고 볼 수 없으므로 이를 사업인정 받은 자의사정으로 보는 것이 타당한바, 이 건 부동산의 대체취득이 가능한 날인처분청의 공장승인일을 기준으로 1년 이내에 대체취득한 이 건 부동산은 「지방세법」 제109조 제1항에 규정하는 대체취득에 따른 비과세 요건을갖춘 것으로 판단된다. 따라서, 「지방세법」 제109조 제1항 및 제127조의2제2항의 규정에 의거 이 건 토지의 취득 관련 취득세 및 등록세가 비과세 되어야 한다는 청구주장은 설득력이 있다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여주문과 같이 결정한다.