가공의 세금계산서의 실물거래 여부 판단

조세범처벌법위반사건에서 범죄사실이유죄로 판결이 되었더라도 사실상 실물거래에 의한 정당한 공급거래로 증명이 된다면, 법인세법상 손금에 산입이 되고, 부가가치세법상 매입세액 공제함이 타당함

법인세법제19조 손금

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2003. 10. 6. 원고에 대하여 한 법인세 2000 사업연도 귀속분 18,586,390원, 2001 사업연도 귀속분 25,085,960원 및 부가 2000년 제2기분 12,544,000원, 2001년 제1기분 9,358,250원, 2001년 제2기분 7,677,310원의 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다.

처분일자를 2003. 10. 13.('2003. 10. 6.'의 오기로 보인다.)로 한 외에는 주문과 같다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 5, 제4호증의 8, 9, 11, 제5호증의 7, 8, 11, 제6호증의 5, 제7호증의 3, 제8호증의 4, 6, 제16호증의 11, 12, 제21호증의 1, 을 제1호증의 1 내지 3, 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고는 화공약품 제조 및 판매업, 공해방지시설업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서, 기계, 금형, 철구조물 등 제조를 목적으로 설립된 ○○산업(대표자 ○○)으로부터 작성 · 교부받은 공급가액 합계 172,700,000원의 세금계산서 7매(이하 위 각 세금계산서를 통칭하여 '이 사건 세금계산서'라 한다.)에 기재된 공급가액을 각 해당연도 법인 과세표준의 손금에 산입하고, 그 공급가액에 대한 부가 합계 17,270,000원을 각 해당연도 매입세액으로 공제하여 피고에게 2000 · 2001 사업연도 귀속분 법인 및 2000년 제2기분, 2001년 제1, 2기분 부가의 각 과세표준 및 세액을 신고 · 납부하였다.

나. 피고는 2003. 10. 6. 원고에게, ○○세무서장으로부터 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 작성 · 교부된 가공의 세금계산서라고 통보받았음을 이유로, 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액을 손금불산입하여 산출한 법인세액에 신고 및 납부 불성실 가산세를 합한 금액에서 원고가 위와 같이 자진납부한 세액을 공제한 금액으로서 2000 사업연도 귀속분 법인세로 18,586,390, 2001 사업연도 귀속분 법인세로 25,085,960원을 각 경정 · 고지하고, 이 사건 세금계산서에 관한 부가 상당의 매입세액을 불공제하여 산출한 부가액에 가산세를 합한 금액에서 원고가 위와 같이 자진납부한 세액을 공제한 금액으로서 2000년 제2기분 부가 12,544,000원, 2001년 제1기분 부가 9,358,250원 및 2001년 제2기분 부가 7,677,310원을 각 경정 · 고지하였다(이하 위 법인세 및 부가의 각 부과처분을 통칭하여 '이 사건 처분'이라고 한다.).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 ○○무역, ○○염직, 주식회사 ○○건설 및 ○○정밀로부터 폐수 및 대기방지시설 설치공사 등을 도급받아 그 중 일부인 철구조물 설치공사 등을 사업자등록상 대표자인 ○○의 아버지 ○○이 실질적으로 운영하였던 ○○산업에 하도급을 주어 이를 시행하게 하였고, 이 사건 세금계산서는 이에 따라 원고가 ○○산업에게 위 하도급공사대금을 모두 지급하고 ○○산업으로부터 교부받은 것임에도 이를 가공의 세금계산서로 보고 한 이 사건 처분은 위법하고, 가사 이 사건 세금계산서 전부를 실물거래로 인한 것으로 인정할 수는 없더라도 적어도 위 공사 중 원고가 주식회사 ○○건설로부터 하도급을 받아 ○○산업에 재하도급을 주었음이 객관적으로 명백한 공군 제○○부대 내 폐수처리침전조, H빔 설치공사 등을 시행한 부분에 관하여는 ○○산업에 지급한 공사대금은 손금에 산입하여야 하고 그 부가 상당액은 매입세액으로 공제되어야 하므로 이 사건 처분은 위 법위 내에서 위법하다.

(2) 이 사건 세금계산서와 관련한 원고의 매출이 실제로 이루어졌음에도 피고가 위 매출에 소요된 공사원가(매입가액)를 계산할 때 ○○산업으로부터의 매입부분에 해당하는 공사원가 전부를 없는 것으로 간주하고 매출액 전액을 소득금액으로 처리하여 법인를 추칭한 것은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4호증의 8, 9, 11, 제5호증의 7, 8, 11, 제6호증의 5, 제7호증의 3, 제8호증의 4, 6, 을 제3호증, 제4호증의 1, 2, 제5, 7호증의 각 1, 2, 3, 제8호증의 1 내지 6, 제10호증, 제11호증의 1, 2, 3, 제15호증, 제16호증의 1, 2, 3의 각 기재와 제1심 법원의 ○○세무서장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

(1) 원고는 ① 2000. 10. 25. 피고에게 2000년 제2기분 부가 예정신고를 하면서 이 사건 세금계산서 중 2000. 9. 20.자 및 2000. 9. 30.자 각 합계금액 38,500,000원(공급가액 35,000,000원+부가액 3,500,000원)의 각 세금계산서를 제출하였고, ② 2001. 4. 25. 피고에게 2001년 제1기분 부가 예정신고를 하면서 이 사건 세금계산서 중 2001. 2. 27.자 합계금액 11,000,000원(공급가액 10,000,000원+부가액 1,000,000원) 및 2001. 3. 30.자 합계금액 49,500,000원(공급가액 45,000,000원+부가액 4,500,000원)의 각 세금계산서를 제출하였으며, ③ 2002. 1. 25. 2001년 제2기분 부가 확정신고를 하면서 이 사건 세금계산서 중 2001. 11. 29.자 합계금액 16,500,000원(공급가액 15,000,000원+부가액 1,500,000원), 2001. 12. 25.자 합계금액 17,270,000원(공급가액 15,700,000원+부가액 1,570,000원)및 2001. 10. 30.자 합계금액 18,700,000원(공급가액 17,000,000원+부가액 1,700,000원)의 각 세금계산서(총 합계금액 189,970,000원)를 제출하였다.

(2) ○○세무서장은 2002. 9.경 ○○산업에 대한 세무조사 결과 대표자인 ○○가 이 사건 세금계산서를 포함하여 2000년 제2기분부터 2001년 제2기분까지 부가 예정 및 확정신고를 하면서 제출한 매출세금계산서 합계 39장 등이 모두 실물거래 없이 작성 · 교부된 가공의 세금계산서로 조사되자, 2002. 9. 23. ○○산업의 대표자인 ○○가 2000. 9. 20.부터 2002. 4. 22.까지 사이에 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 포함한 허위의 세금계산서 39매 공급가액 합계 653,217,000원 상당을 교부하여 거래상대방으로 하여금 부가 매입세액을 부당공제 받게 하였음을 이유로 ○○를 ○○지방검찰청에 조법위반 혐의로 고발하였고, 2002. 10. 1. ○○산업이 ○○세무서장에게 이미 신고한 부가 2000년 제2기분 및 2001년 제1, 2기분의 각 부과처분을 0원으로 경정하였다.

(3) ○○산업의 대표자인 ○○는 조범위반 혐의로 수사기관에서 조사를 받을 당시 자신이 ○○산업의 대표자로서 사업자등록일부터 폐업일 무렵까지 ○○산업을 운영하면서 실제로 제조 및 기계부품 제조업 등의 사업을 영위한 적이 없어 실물거래로 인한 세금계산서를 발행한 적이 없고, 이 사건 세금계산서를 포함한 39매의 허위의 세금계산서를 실물거래 없이 각 거래처에 교부하였다고 수사기관에서 진술하였으며, 그 후 2001. 1.경부터 2002. 1. 일자불상경까지 실제로 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없으면서도 마치 실제로 각 세금계산서에 기재된 공급가액 상당의 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 기재한 ○○산업 명의의 허위의 세금계산서를 가공매입자료를 필요로 하는 사람에게 대가를 받고 판매하는 방법으로 이 사건 세금계산서를 포함한 허위의 매출세금계산서 39장 공급가액 합계금 663,214,780원을 교부하였다는 공소사실로 기소되어, 2003. 1. 23. ○○지방법원 2002고단8902호 조범위반 사건에서 위 범죄사실이유죄로 인정되어 징역 8월, 집행유예 1년의 형에 처한다는 판결을 선고 받았고, 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

라. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로, 법인의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액 또는 부가액을 산정함에 있어 공제되는 매입세액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 또는 매입세액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부 등이 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등에 한하여, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점 등에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있는 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 1983. 12. 13. 선고 83누492 판결 등 참조).

(2) 이에 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것인지에 관하여 보건데, ○○산업의 대표자인 ○○가 이 사건 세금계산서를 포함한 39매의 허위의 세금계산서를 실물거래 없이 작성 · 교부하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받아 위 판결이 확정된 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나, 갑 제4호증의 11, 을 제3호증, 제5호증의 3, 제10호증, 제11호증의 2, 제15호증, 제21호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ○○산업은 ○○이 그 아들인 ○○의 명의로 2000. 9. 26. ○○세무서에 사업자등록을 하고 운영하던 업체로서 ○○북도 ○○군 ○○면 ○○리 189에 있던 사업장을 2001. 3. 이후에 ○○시 ○○구 ○○동 303-1로 이전한 사실, ○○는 2002. 9. 18. ○○세무서에서 위 법죄사실과 관련하여 조사를 받으면서 '세금계산서를 교부해 주면서 수수료 명목으로 수취한 금액은 전혀 없다.'는 취지로 진술하였는데, 2002. 10. 17. ○○경찰서에서 조사를 받으면서는 '통상 발행하는 세금계산서상 공급가액의 4%에 해당하는 수수료를 수령하였다.'는 취지로 진술하였고, 이후 2002. 11. 22. 검찰에서 조사를 받으면서는 '전부터 알고 지내던 ○○이 회사의 운영실적을 쌓아 놓으면 은행으로부터 많은 대출을 받을 수 있다고 하여 ○○세무서에 ○○산업이라는 상호로 사업자등록을 하여 실물거래없이 허위의 세금계산서를 발행하게 되었고, 허위의 세금계산서를 발행하여 ○○에게 교부하고 공급가액의 4%에 해당하는 금원을 수수료 명목으로 받았다.'는 취지로 진술함으로써 ○○산업의 설립 및 사업자등록 경위에 관하여 사실과 다르게 진술하는 한편 수수료 명목의 금원 수령 여부에 관하여도 일관되지 않은 진술을 한 사실, 그럼에도 ○○가 이 사건 세금계산서를 포함한 세금계산서를 실물거래 없이 작성 · 교부하였다는 혐의사실을 그대로 시인하자 검찰은 그 공범으로 지목된 ○○이나 허위의 세금계산서를 교부받았다는 거래 상대방, 허위의 세금계산서의 발행, 교부일자 등에 대한 조사가 제대로 이루어지지 않은 상태에서 ○○의 위와 같은 진술만을 토대로 ○○를 조범위반죄로 기소한 사실, 그 결과 공소사실에 기재된 이 사건 세금계산서의 각 발행, 교부일자가 실제의 발행, 교부일자와 일치하지 아니하게 되었고, 특히 원고가 2000. 10. 25. 이미 이 사건 세금계산서 중 2000. 9. 20.자 및 같은 달 30.자 세금계산서를 포함한 매입세금계산서 51매에 관하여 피고에게 2000. 제2기 부가 예정신고를 마쳤음에도(갑 제4호증의 11), 공소사실상으로는 ○○가 2001. 1. 일자불상경 이 사건 세금계산서 중 위 2000. 9. 20.자 및 같은 달 30.자 세금계산서를 ○○에게 발행, 교부한 것으로 되었으며, 원고가 2001. 4. 25. 이미 이 사건 세금계산서 중 2001. 2. 27.자 및 2001. 3. 30.자 세금계산서를 포함한 매입세금계산서 44매에 관하여 피고에게 2001. 제1기 부가 예정신고를 마쳤음에도(갑 제5호증의 11), 공소사실상으로는 ○○가 2001. 7. 일자불상경 이 사건 세금계산서 중 위 2001. 2. 27.자 및 2001. 3. 30.자 세금계산서를 ○○에게 발행, 교부한 것으로 되었는데, ○○가 법정에서도 위 공소사실을 그대로 시인함으로써 ○○에 대한 조법위반 사건은 간이공판절차에 의하여 진행되어 세금계산서의 발행, 교부일자 등에 관하여 객관적 사실과 다른 법죄사실이 그대로 확정된 사실, 한편 피고의 직원은 원고가 시공한 각 공사의 거래처 중 2곳의 현장실사를 통하여 원고의 매출은 가공매출이 아님을 확인하기도 하였던 사실이 인정되는바, 이와 같은 사정에 함께 ○○가 이 법정에 증인으로 출석하여 자신은 실제로는 ○○산업과 관련된 세금계산서를 보거나 그에 관여한 사실이 없으며, 그럼에도 수사기관 등에서 그와 달리 진술하게 된 것은 ○○산업의 사업자등록 대표자가 자신으로 되어 있어 실제 경영자로서 자신의 부(父)인 ○○이 처벌받는 것보다는 자신이 처벌받는 것이 낫겠다고 생각하여 그와 같이 진술하게 된 것이고 ○○은 모르는 사람이라고 진술한 점, 제1심 증인 ○○, ○○, 당심 증인 ○○도 이 사건 세금계산서는 원고와 ○○산업 사이의 실물거래에 기하여 발행, 교부된 것이라는 취지로 진술하였을 뿐만 아니라, 원고가 제출한 현금출납장, 계정별원장, 통장등의 기재에 의하여 원고가 ○○산업에게 지급하였다고 주장하는 공사대금의 출처가 어느 정도 뒷받침되고 있는 등 뒤에서 보는 바와 같이 ○○산업이 이 사건 세금계산서와 관련한 공사를 실제로 수행하였다고 할 것인 점 등의 여러 사정에 비추어 보면, ○○에 대하여 확정된 위 형사판결의 사실판단 중 적어도 ○○가 이 사건 세금계산서 7매를 실물거래 없이 허위로 발행, 교부하였다는 부분은 이를 그대로 채용하기 어렵다고 할 것이고, 그밖에 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라는 점에 부합하는 듯한 을 제4호증의 1, 2, 제5호증의 1, 2 3, 을 제9, 10호증, 제11호증의 1, 2, 3, 제12, 13, 15호증, 제16호증의 1, 2의 각 기재는, 주로 ○○의 조사 및 재판과정에서의 진술을 기재한 것이거나 ○○의 그와 같은 진술을 기초로 하여 작성된 것들로서 위와 같은 이유로 쉽게 믿을 수 없는 것이며, 을 제17호증의 1 내지 5의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것임을 인정하기에 부족하고, 달리 이 점을 인정할 증거가 없다.

(3) 오히려, 갑 제4호증의 1, 2, 제5호증의 1, 6, 제6, 7, 8호증의 각 1, 2, 제13호증, 제14, 15호증의 각 1 내지 5, 제17, 18호증, 제19호증의 1 내지 4, 제20호증의 1, 2, 3, 제22, 23, 24호증의 각 1 내지 4, 제25호증, 제26호증의 1 내지 18, 제27호증의 1 내지 9, 제28호증의 1 내지 10, 제29호증, 을 제3호증의 각 기재 또는 사진영상, 제1심 증인 ○○, ○○. 당심 증인 ○○, ○○의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1999. 12. 5. ○○무역의 대표 ○○으로부터 폐수처리시설 및 대기오염 방지시설의 개 · 보수 및 증설공사를 대금 154,000,000원(부가 포함)으로 정하여 수급한 후 2000. 6. 5. 그 중 철구조물공사를 ○○산업에 대금 77,000,000원(부가 포함)에 하도급한 사실, 원고가 2000. 11. 10. ○○염직의 대표 ○○으로부터 대기오염 방지시설의 제작 및 설치공사를 대금 103,400,000원(부가 포함)으로 정하여 수급한 후 2001. 1. 17. 그 중 일부 공사를 ○○에 대금 60,500,000원(부가 포함)에 하도급한 사실, 원고가 2001. 8. 12. ○○건설 주식회사로부터 공군 제○○부대의 폐수처리시설공사 중 토목공사를 제외한 부분을 대금 61,100,000원(부가 포함)으로 정하여 수급한 후 2001. 9. 15. 그 중 일부 공사를 ○○산업에 대금16,500,000원(부가 포함)에 하도급한 사실, 원고가 2001. 10.경 ○○염직의 대표 ○○로부터 싸이클론 집진기 설치공사를 대금 4,000,000원으로 정하여 수급한 후 2001. 10. 20. 그 중 일부 공사와 ○○건설 주식회사로부터 수급하였던 위 공군 제○○부대의 폐수처리시설공사 중 H빔 설치공사 등을 ○○산업에 대금 합계 17,270,000원(부가 포함)에 하도급한 사실, 원고가 2001. 5. 10. ○○정밀의 대표 ○○로부터 폐수처리시설 설치공사를 대금 38,500,000원(부가 포함)으로 정하여 수급한 후 2001. 8. 20. 그 중 일부 공사를 ○○산업에 대금 18,700,000원(부가 포함)에 하도급한 사실, 원고는 ○○산업에 위 각 공사대금 합계 189,970,000원(부가 포함)을 지급한 후 ○○산업으로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았고, 위 각 공사대금은 원고가 매출처로부터 회수하여 가지고 있던 공사대금이나 대표이사 가수금, 예금 인출금 등으로 조달하였던 사실이 인정된다.

(4) 위 인정사실에 의하면, 원고는 ○○산업에게 실제로 위 공사를 하도급한 후 그 공사대금을 지급하고 ○○산업으로부터 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이므로 이 사건 세금계산서의 공급가액 상당은 실물 거래로서 법인세액을 산정함에 있어 모두 손금에 산입되어야 하고, 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 처분 중 위 공급가액 상당을 모두 손금에 불산입하여 산정한 각 법인 부과처분은 위법하며, 나아가 이 사건 세금계산서의 부가액 상당은 매입세액으로서 부가액을 산정합에 있어 모두 매입세액으로 공제되어야 하므로, 이 사건 세금계산서의 부가액 상당의 매입세액을 불공제하여 산정한 위 각 부가 부과처분 역시 위법하다고 할 것이어서, 결국 이 사건 처분은 모두 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이을 인용할 것인바, 이와 결론을 달리 한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.