주식회사 메이저아이앤디 (소송대리인 변호사 황상현)

서울특별시 성동구청장 (소송대리인 법무법인 대호 담당변호사 김형준)

2017. 5. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2016. 2. 4. 원고에 대하여 한 별지 2 표 기재 각 취득세, 농어촌특별세, 교육세(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라고 한다)에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 후 지식산업센터를 신축하기 위하여 2012. 3. 21. 서울시 성동구 (주소 생략) 외 1필지 토지 면적 합계 5,181㎡를 취득하였고, 2014. 7. 18. 그 지상에 ‘○○○ ○○○○ ○○○ ○○’ 지식산업센터(이하 ‘이 사건 지식산업센터’라고 한다)를 신축하였다.

나. 한편 피고는 원고에 대하여 위 토지에 관한 취득세의 100분의 75를 경감하여 주었고[ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제58조의2 제1항 제1호 본문], 이 사건 지식산업센터 중 지원시설을 제외한 건물분에 관한 취득세의 100분의 50을 경감하여 주었다[ 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제58조의2 제1항 제1호 본문, 이하 위 각 취득세 경감규정을 ‘이 사건 경감규정’이라고 한다].

다. 피고는 ‘원고가 이 사건 지식산업센터의 401호 등 30개 호실은 그 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터의 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하였다.’는 이유로 2016. 2. 4. 원고에 대하여 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 제58조의2 제1항 제1호 단서 (나)목 (이하 ‘이 사건 추징규정’이라고 한다)을 적용하여 위 30개 호실 부분에 관하여 감면된 취득세 319,487,050원, 농어촌특별세 15,237,490원, 지방교육세 23,595,190원 합계 358,319,730원(토지분 253,141,250원 + 건물분 105,178,480원, 각 가산세 포함)을 증액하여 고지하는 처분을 하였다.

라. 이에 대하여 원고는 아래 표 기재와 같이 위 처분 중 총 23개 호실(이하 ‘이 사건 각 호실’이라고 한다)에 관한 283,798,680원의 부과처분 부분(상세 부과내역은 별지 2 표 기재와 같다. 이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)은 위법하다고 주장하면서 2016. 4. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 11. 18. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 10호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 취지

1) 첫 번째 주장

원고는 이 사건 각 호실을 산업집적법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호 에 따른 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설용(이하 ‘사업시설용’이라고 한다)으로 직접 분양하거나 임대하지는 않았으나, 그 수분양자들에게 이 사건 각 호실을 분양하면서 사업시설용으로만 임대하겠다는 취지의 확약서를 징구하였을 뿐만 아니라 실제 위 수분양자들이 이 사건 각 호실을 제조업 등 사업시설용으로만 임대하였으므로, 실질적으로는 원고가 직접 이 사건 각 호실을 사업시설용으로 임대한 것과 다를 바 없다. 따라서 지식산업센터 용도의 시설의 원활한 설립 및 공급을 지원하기 위한 이 사건 경감규정의 입법취지를 고려할 때 원고가 이 사건 각 호실을 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양 또는 임대하였다고 볼 수 없으므로 이 사건 추징규정이 적용되어서는 아니 된다.

2) 두 번째 주장

이 사건 추징규정에서 말하는 ‘다른 용도로 분양하는 경우’란 건물의 객관적인 용도 자체를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 변경하여 분양하는 경우를 말하는 것인데, 원고는 지식산업센터에 적합한 용도로 이 사건 각 호실을 신축하여 이에 관한 용도변경 없이 그대로 분양하였다. 따라서 원고가 이 사건 각 호실을 ‘다른 용도’로 분양한 경우에 해당하지 아니한다.

3) 세 번째 주장

지방세특례제한법 제58조의2 제2항 은 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 지식산업센터를 취득하는 수분양자에 대한 취득세 감면을 규정하면서 수분양자가 직접 사용하지 않는 경우( 제1호 )나 그 취득일로부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 등( 제2호 )에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 따라서 부동산임대사업자인 이 사건 각 호실의 수분양자들은 이 사건 각 호실에 관하여 위 규정에 따른 취득세 감면의 혜택을 받을 수 없다. 이와 같이 지식산업센터의 신축하여 취득한 자가 지식산업센터를 부동산임대사업자에게 분양하여 그를 통하여 사업시설용으로 임대한 경우에는 중간단계에 있는 부동산임대사업자에 대한 취득세 감면의 혜택의 부여되지 않는 이상 지식산업센터를 신축하여 취득한 자에 대하여는 취득세 감면의 혜택이 부여되어야 한다고 봄이 타당하다.

나. 관계 법령

별지 1 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 이 사건 경감규정은 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 이는 지식산업센터를 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대할 목적으로 취득하거나 신축·증축하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터의 원활한 공급을 할 수 있도록 지원하려는 것이다. 한편 이 사건 추징규정은 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

따라서 지식산업센터를 신축하였으나 이를 다른 용도로 사용하는 사람이나 사업시설용으로 분양 또는 임대하지 않은 사람은 원칙적으로 이 사건 경감규정에 따른 세제혜택을 받을 수 없다.

다만 특별한 사정이 없는 한 지식산업센터의 신축자로부터 지식산업센터를 분양받은 부동산임대사업자가 해당 지식산업센터를 사업시설용으로 임대하는 경우에도 예외적으로 지식산업센터 신축자가 해당 지식산업센터를 직접 임대하는 것으로 볼 수 있을 정도로 부동산임대사업자에 대한 지휘, 통제 및 관리 감독의 권한을 가지고 있다면 이 사건 경감규정을 적용할 수 있을 것이나, 이와 달리 지식산업센터 신축자가 부동산임대사업자에 대한 지휘, 통제 및 관리감독의 권한을 보유하고 있지 아니한 경우에는 이 사건 경감규정을 적용할 수 없다.

나) 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 각 호실을 그 취득일로부터 5년 이내에 부동산임대사업자들에게 분양하였고, 위 분양 당시 부동산임대사업자들에게 “상기 본인은 귀사로부터 이 사건 아파트형 공장을 분양받으면서 사업시설용으로만 임대할 것을 확약합니다.”라는 내용의 확인서 징구하였던 사실, 위 부동산임대사업자들은 이 사건 각 호실을 사업시설용으로 임대하였고 이 사건 각 호실에 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설이 입주한 사실은 인정된다.

다) 위 인정 사실에 의하면, 원고로서는 신축하여 취득한 지식산업센터의 미분양에 따른 경제적 손실을 줄이고 부동산임대사업자를 통하여 종국적으로는 이 사건 각 호실을 사업시설용으로 공급하고자 이 사건 각 호실을 부동산임대사업자에게 분양하는 방법을 선택하였던 것으로 보인다. 그러나 원고가 이 사건 각 호실을 부동산임대사업자들에게 분양하면서 부동산임대사업자들로부터 위와 같은 확약을 받았다고 하더라도 그것은 원고와 부동산임대사업자들 간의 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든 위배될 여지가 있으므로 이로써 원고가 해당 부동산임대사업자가 분양받은 해당 호실을 사업시설용으로 임대할지 여부를 결정하는 데에 어떠한 지휘, 통제 및 관리감독의 권한까지 보유하게 되었다고 볼 수 없다.

따라서 사정이 이와 같다면 이 사건 각 호실이 실제 사업시설용으로 임대되어 사용되고 있다고 하더라도, 이는 원고의 이 사건 각 호실의 분양행위와는 무관한 부동산임대사업자들의 임대행위에 기인한 것으로서 그 임대행위에 원고가 지휘, 통제 및 관리감독 권한을 행사하였다는 특별한 사정이 없는 이상, 원고가 지식산업센터의 취득일로부터 5년 이내에 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도(임대사업용)로 분양하였다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에서 하는 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

라) 한편 갑 제9호증의 기재에 의하면, 서울특별시장의 질의회신(서울세제-5137, 2013. 4. 26.)은 ‘지식산업센터를 신축한 자가 지식산업센터가 소재하는 지방자치단체에게 지식산업센터의 임대·관리를 위탁하고, 해당 지방자치단체가 지식산업센터에 입주할 수 있는 사업자에게 임대한 경우는 위 신축자가 지식산업센터를 사업시설용으로 직접 임대한 경우에 해당한다.’는 취지로 회신한 사실을 인정할 수는 있다.

그러나 이는 지식산업센터의 신축자로부터 지방자치단체가 지식산업센터의 임대·관리를 위탁받은 사안에 관한 것으로서 신축자를 위·수탁계약과 임대차계약에 따른 임대인으로 볼 수 있거나 임대인을 지방자치단체로 보더라도 신축자가 언제든지 단독으로 위·수탁계약에 따른 권리의무를 행사할 수 있어서 임대인에 대한 지휘·통제 및 관리감독의 권한을 보유한 경우로 볼 수 있으므로, 신축자가 임대사업자에게 지식산업센터를 분양하고 단지 임대산업자가 신축자에 대한 계약상의 채무만을 부담하거나 그 임대 여부와 임대의 지속 여부가 임대사업자의 판단에 전적으로 달려 있어 신축자가 임대사업자에 대한 지휘·통제 및 관리감독의 권한을 보유한 경우로 볼 수 없는 이 사건에 원용할 수는 없다. 이를 논거로 들고 있는 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

2) 두 번째 주장에 관한 판단

가) 산업집적법 제28조의5 제1항 은 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설로, 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설( 제1호 ), 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설( 제2호 ), 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설( 제3호 )로 제한하고 있고, 산업집적법 제2조 제13호 는 지식산업센터란 동일 건축물에 제조업, 지식산업 및 정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정하고 있고 그 위임에 따라 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2015. 6. 30. 대통령령 제26357호로 개정되기 전의 것) 제4조의6 은 지식산업센터는 지상 3층 이상의 집합건축물일 것( 제1호 ), 6개 이상의 공장이 입주할 수 있을 것( 제2호 ), 건축법 시행령 제119조 제1항 제3호 에 따른 바닥면적(지상층만 해당한다)의 합계가 같은 항 제2호 에 따른 건축면적의 300퍼센트 이상일 것( 제3호 본문)의 요건을 모두 갖춘 건축물을 말한다고 규정하고 있다. 위와 같이 지식산업센터는 지상 3층 이상의 집합건축물일 것, 6개 이상의 공장이 입주할 수 있을 것, 지상층 바닥면적의 합계가 건축면적의 300퍼센트 이상일 것 외에 그 구조에 관하여는 아무런 제한도 두고 있지 아니하므로, 지식산업센터의 입주자는 그 구조에 관한 변경 없이도 얼마든지 해당 지식산업센터를 제조업 등 지식산업센터 입주가능시설 외의 용도로 이용이 가능하다.

나) 그러나 이와 같은 경우 지식산업센터의 원활한 공급을 도모하고자 하는 산업집적법의 취지가 무색해지므로 산업집적법은 지식산업센터 입주자에 대하여 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도·임대하는 행위를 금지하고 그 위반에 대한 제재규정을 두고 있다( 제28조의7 제1항 제3호 는 지식산업센터의 입주자 등은 위 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도·임대하는 행위를 금지하고 있으며, 제28조의8 은 시장·군수 또는 구청장은 입주자 등이 제28조의5 제1항 에 따른 입주대상시설 외의 용도로 활용하는 경우에는 상당한 기간을 정하여 그 시정을 명하는 등의 조치를 할 수 있다고 규정하고 있다).

다) 위와 같은 관계 법령의 규정에다가 이 사건 경감규정이 지식산업센터를 그 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대할 목적으로 취득하거나 신축·증축하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터의 원활한 공급을 할 수 있도록 지원하려는 데 그 입법취지가 있다는 점까지 고려하면, 이 사건 추징규정에서 말하는 “다른 용도로 분양하는 경우”에 해당하는지 여부는 수분양자의 지식산업센터 실제 이용 상황을 기준으로 “지식산업센터 입주가능시설 외의 용도”로 분양되었는지 여부에 따라 판단되어야 하는 것으로 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에서 하는 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

3) 세 번째 주장에 관한 판단

구 지방세특례제한법 제58조의2 제2항 제1호 본문은 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 분양받은 입주자에 대해서는 그 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

위 규정은 지식산업센터에 입주할 수 있는 실제 수요자가 지식산업센터를 취득하고자 하는 경우 세제혜택을 부여함으로써 이를 간접적으로 지원하기 위하여 마련된 것으로서 사업시설용으로 직접 사용할 의사 없이 지식산업센터를 취득한 부동산임대사업자가 위 규정에 따른 취득세 감면의 혜택을 받지 못함은 분명하고, 이와 같은 사정만으로 임대사업자에게 지식산업센터를 분양한 지식산업센터의 신축자에 대하여 위 규정과는 그 법적 근거와 입법취지를 달리하는 이 사건 경감규정이 당연히 적용되어야 한다고 볼 수는 없다.

한편 종국적으로 이 사건 각 호실이 사업시설용으로 공급되었는데도, 지식산업센터 신축자인 원고, 원고로부터 지식산업센터를 분양받은 부동산임대사업자 중 누구도 취득세 감면의 혜택을 받지 못하게 되는 결과가 초래되기는 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 종국적으로 이 사건 각 호실이 사업시설용으로 공급된 것은 원고의 지휘 등을 받지 아니하는 수분양자들의 임대행위에 따른 것으로 보는 이상 이 사건 각 호실이 사업시설용으로 사용되고 있다는 우연한 사정에 따라 이 사건 감경규정의 적용 여부를 달리 봐야 한다고 할 수는 없다.

따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 각 생략]