1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 은행업을 영위하는 내국법인인 원고는 1999, 2001 내지 2003, 2005 사업연도에 아래 <표1> 기재와 같이 합계 71,758,833,924원의 연구 및 인력개발비를 지출하였다.

<표1> (단위 : 원) 사업연도 연구개발비 인력개발비 합계 1999 2,252,365,144 0 2,252,365,144 2001 3,178,497,279 552,475,100 3,730,972,379 2002 10,312,529,800 593,171,610 10,905,701,410 2003 9,258,713,294 699,743,310 9,958,456,604 2005 44,155,267,342 756,071,045 44,911,338,387 합계 69,157,372,859 2,601,461,065 71,758,833,924

나. 원고는 1999 내지 2003 사업연도 법인세 신고시 1999 사업연도의 경우 2,252,365,144원, 2001 사업연도의 경우 3,720,172,379원, 2002 사업연도의 경우 10,781,896,410원, 2003 사업연도의 경우 9,721,102,850원 합계 26,475,536,783원을 연구 및 인력개발비로 손금산입하였다.

다. 원고는 2006. 1. 19.부터 2006. 8. 30.까지 서울지방국세청장으로부터 2001 내지 2005 사업연도 법인제세 통합조사를 받은 결과 위 연구 및 인력개발비가 조세특례제한법 제10조에 의한 세액공제 대상에 해당한다는 확인을 받고, 위 각 사업연도의 결손금 등으로 인하여 2005 사업연도 법인세액에서 이월공제를 구하는 감액경정청구를 하여 2007. 6. 1. 5,724,057,655원의 세액공제를 받았다가, 2009. 9. 4. 법인제세 통합조사 결과에 대한 심판청구에서 일부인용 결정을 받음에 따라 2005 사업연도의 과세표준 및 세액이 경정되면서 결손금이 증가하여 납부할 세액이 없게 되자 2009. 9. 25. 위 5,724,057,655원을 2006 사업연도 법인세액에서 이월공제받았다. 라.

원고는 2009. 3. 30. 2005 사업연도의 연구 및 인력개발비 44,716,679,587원에 대하여 세액공제를 신청하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2009. 10. 15. 전담부서를 보유하지 않은 수탁업체에 지급한 3,811,000,000원을 제외한 나머지 40,905,679...