이 사건 양도소득을 법인으로보는단체 승인 이후의 원고에게 귀속시킬수 있는지 여부

원고에 대하여 이 사건 승인이 취소된 바가 없는 이상 그 승인 취소 전에 승인 취소사유가 존재한다는 사정만으로 법인세 과세대상이 되지 아니한다는 주장은 행정처분의 공정력 등에 비추어 타당하지 않음.

법인세법 시행령 제3조 제2항

수원지방법원2016구단8474 양도소득세부과처분취소

AAAAAA종중

BB세무서장

2016.4. 5

2017.5.17

1. 피고가 201*. **. **. 원고에 대하여 한 20**년 귀속 양도소득세 ***,***,***원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 12. 30. 화성시 **면 **리 8**-1 임야 18,878㎡1), 같은 리855-3 임야 3,966㎡, 같은 리 855-4 임야 215㎡, 같은 리 855-5 임야 66㎡, 같은 리855-6 임야 196㎡ 등 합계 5필지 임야 23,321㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010. 7. 6. 소외 *****공사(이하 '소외 공사'라 한다)에 양도한 후 20**. *. **. 피고에게 20**년 귀속 양도소득세 ***,***,***원을 신고・납부하였다. 나. 원고는 20**. *. ** 피고에게 '원고가 20**. 7. 5. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 20**. 7. 6. 위 토지를 양도한 것이므로 그 양도차익에 대하여는 법인세법이 적용되는데 이는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 고정자산을 처분하여 발생된 소득에 해당되어 과세소득에서 제외된다'는 취지로 경정청구를 하였고, 피고가 이를 받아들여 원고에게 양도소득세 ***,***,***원을 환급해 주었다.다. 이후 ****국세청이 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, '이 사건 토지의 잔금청산일은 20**. 6. 22.로 법인으로 보는 단체로의 승인일인 20**. 7. 5. 이전에 법인 아닌 단체인 상태에서 양도되었고 위 토지의 양도대금도 원고가 법인 아닌 단체일 때 모두 소진되어 법인으로 보는 단체로 이전된 사실이 없다'는 이유로 피고에게 원고의 경정청구에 의한 양도소득세 환급결정이 잘못되었다고 통보하자, 피고가 20**. 12. 8. 원고에게 환급해 주었던 위 양도소득세 ***,***,***원을 다시 납부하라고 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 20**. **. ** 조세심판원에 심판청구를 하였으나 20**. **. ** 기각되었다. [인정근거] 다툼 없음, 갑 1 내지 4, 을 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 이 사건 토지 양도로 인한 손익은 '법인으로 보는 단체' 승인일 이전에 발생한 것이나, 구 법인세법(2010. 12. 31. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호, 제62조의2 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 31. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항에 따라 이 사건 토지의 양도로 인한 손익은 법인세 과세대상으로서 과세제외 소득에 해당하므로 이에 반하는 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 토지는 종전부터 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔는데, 1993. 12. 30. 명의신탁 해지를 원인으로 원고에게 소유권이전등기가 경료되었다가 2010. 7. 6. 수용을 원인으로 소외 공사에 소유권이전등기가 경료되었다.

2) 원고는 2010. 6. 22. 소외 공사로부터 양도대금으로 4,358,776,200원을 받았는데, 그 중 약 14억 4,900만 원은 원고 종중 계좌로 임금 받고, 나머지 약 29억 900만 원은 소외 공사로 하여금 종중원 개인들의 각 계좌로 입금하도록 하였다.

3) 원고는 위와 같이 소외 공사로부터 종중원들 개인계좌로 직접 입금한 약 **억 ***만 원에 대하여 이를 원고 중중의 분배금 지급으로 보고 피고에게 약 ***,000,000원의 증여세를 납부하였다.

4) 원고는 종중 명의의 계좌로 입금 받은 돈을, 위와 같이 종중원들에 대한 증여세를 비롯하여 원고 종중의 양도소득세 ***,***,***원, 지방소득세 **,***,***원, 농어촌특별세 **,***,***원 등 제세공과금을 납부하는데 대부분 사용하였다.

5) 한편 원고는 20**. 7. 5. 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항의 '법인으로 보는 단체'로 승인(이하 '이 사건 승인'이라 한다)받았다.

[인정근거] 앞서 든 증거들에 더하여 갑 6, 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 쟁점의 정리

원고가 2010. 7. 5. 피고에 의하여 구 국세기본법 제13조 제2항의 '법인으로 보는 단체'로 이 사건 승인을 받은 사실과 그 이전인 2010. 6. 22. 원고에게 이 사건 토지에 관한 양도대금을 지급받아 위 일자에 양도차익이 발생한 점에 대하여는 앞서 본 바와 같다. 원고의 경우 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라.목에 따라 원칙적으로는 이 사건 승인을 받은 2010. 7. 5.이 최초사업연도의 개시일이 되고, 그 이전에 발생한 위 양도차익은 원칙적으로 법인세법이 적용되지 않으나, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항(이하 '이 사건 쟁점조항'이라 한다)에 의하면 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 법인에 귀속시킨 손익이 최초 발생한 날을 최초 사업연도의 개시일로 규정하고 있는바, 위 양도차익이 위 쟁점조항에 의하여 법인세법의 적용대상이 되는지가 문제된다. 이하에서는 이 사건 쟁점조항의 적용 여부와 관련하여 이 사건 토지 양도차익이 원고 종중에게 사실상 귀속된 것으로 볼 수 있는지, 위 양도차익을 원고의 최초사업연도의 손익에 산입하는 것이 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당하는지, 위 양도차익이 과세제외 법인세에 해당되는지를 차례로 살펴보기로 한다.2)

2) 이 사건 토지 양도대금이 원고에게 사실상 귀속되었는지 여부

먼저 이 사건 토지 양도대금 중 일부가 소외 공사로부터 원고 종중원들 개인에게 직접 지급된 점과 관련하여 양도대금 전부가 원고 종중에게 귀속된 것으로 볼 수 있는지에 관하여 본다. 앞서 본 사실관계와 관계 법령의 규정을 종합해 보면, 아래와 같은 이유로 소외 공사가 지급한 이 사건 토지 양도대금은 그 지급 형식이나 대상에도 불구하고 원고 종중에게 사실상 전부 귀속된 것으로 평가할 수 있다.

○ 원고 종중은 이전부터 종중의 실체를 가지고 있었던 것으로 보이고, 19**. 12. 30.경 종중원 명의로 신탁되어 있던 이 사건 토지에 관하여 명의신탁해지를 원인으로 하여 원고 종중 명의의 소유권이전등기를 마침으로써 원고가 이 사건 토지 양도일까지 그 소유권을 보유하고 있었다.

○ 원고가 20**. 6. 22. 소외 공사로부터 이 사건 토지 양도대금 중 일부만 원고 명의로 계좌로 받고 나머지 금액은 원고 종중원들에게 직접 이체해 줄 것을 소외 공사에게 부탁하여 위 공사로부터 종중원들 개인 명의의 계좌로 곧바로 이체되게 하였는데, 이는 당사자들 사이의 약정이나 의사에 따라 원래는 원고가 소외 공사로부터 받아서 종중원들에게 배분할 돈을 편의상 위 공사로부터 종중원들 개인에게 중간생략 형태로 지급한 것으로 볼 수 있다(피고도 이 사건 손익은 법인 아닌 단체인 원고 종중을 거쳐 종중원에게 귀속되었다고 인정하고 있다)

○ 원고는 그 명의 계좌로 받은 양도대금 대부분을 이 사건 토지 양도와 관련한 증여세와 양도소득세 등 제세공과금 납부용으로 사용하였다.

○ 구 국세기본법 제13조 제2항에서 '법인으로 보는 단체'로 승인을 받은 경우에는 해당 단체의 계속성과 동질성이유지되는 것으로 본다고 규정하고 있는 점에 비추어, 이 사건 토지 양도대금이 비록 원고가 이 사건 승인을 받기 전에 지급되었다고 하더라도 그 손익이 사실상 귀속된 효력은 승인 후의 단체에도 그대로 유지된다고 봄이 타당하다.

3) 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당하는지 여부 이 사건 쟁점조항을 적용하여 이 사건 토지 양도차익을 법인세법 적용대상으로 보는 것이 '조세포탈의 우려'가 있는 때에 해당하는지를 본다. 뒤에서 보는 바와 같이 결과적으로 원고는 위 양도차익과 관련하여 양도소득세나 법인세를 납부하지 않아도 되어 원고가 이러한 절세 혜택을 노리고 잔금 수령 직후 이 사건 승인을 받은 것이 아닌가 하는 의심이 들 수도 있다.

그러나 앞서 인정한 사실관계에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 승인 이후에 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세 ***,***,***원을 성실히 신고・납부하였고, 종중원들에 대한 분배금 지급에 따라 발생하는 증여세 약***,***,***원도 전액 납부한 점, 원고가 뒤늦게 약 4년이 경과한 20**. *. **.경 피고에게 정당한 법 적용을 주장하면서 경정청구를 하였다가 피고로부터 이를 인정받아 기 납부한 양도소득세를 환급받기까지 한 점, 원고는 이 사건 승인신청 당시 '법인 아닌 단체'의 실질을 가지고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 관한 선택권이 있었던 점, 원고가 약 15일 정도 미리 이 사건 승인을 받았더라면 당연히 법인세법을 적용받아 양도소득세 납세의무가 없었을 것인 점 등을 감안해 보면, 비록 이 사건 토지 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 원고 종중의 양도소득세가 면제된다고 하더라도 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당한다고 볼 수는 없다.

한편 피고는, 원고가 이미 양도대금 일부를 종중원들에게 분배하여 구 국세기본법 제13조 제2항 제3호의 요건을 충족하지 못하였음에도 이를 은폐하고 피고를 기망하여 이 사건 승인신청이나 이미 납부한 양도소득세에 대한 경정청구신청을 하였다고 주장하나, 이를 인정할 증거가 없을 뿐더러 앞서 본 제반 사정에 비추어 받아들이기 어렵다. 나아가 피고는 원고에 대한 이 사건 승인 처분은 그 하자가 중대・명백하여 당연무효사유에 해당한다고도 주장하나, 특정 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건 사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없으므로(대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두3743 판결 등 참조), 피고가 주장하는 사유만으로는 원고게 제시한 하급심 판결 등에 비추어 설령 이 사건 승인에 하자가 있다 하더라도 그것이 명백하다고 할 수는 없어 피고의 위 주장도 이유 없다.

4) 법인세가 실제로 부과되는지 여부

앞서 본 사실관계와 관계 법령의 규정을 종합해 보면, 아래와 같은 이유로 원고의 이 사건 토지 양도로 인하여 생긴 수익은 법인세 과세소득의 범위에서 제외되므로 원고는 법인세 납세의무도 부담하지 않는다고 봄이 상당하다.

○ 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따르면 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다.

○ 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 사용되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있는데, 이 사건 토지가 오래 전부터 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔음은 앞서 본 바와 같다.

5) 그 밖의 피고 주장에 대하여 피고는 이 사건 승인일 이전에 이 사건 토지 양도소득이 발생하였으므로 소득세법에 따라 양도소득세 과세대상이고, 그렇지 않고 위 양도소득을 '법인으로 보는 단체'인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되는 것으로 본다면 구 국세기본법 제13조 제2항 제3호(사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것)의 요건 미비 및 구 국세기본법 시행령 제8조 제4항에 따라 원고에 대한 이 사건 승인은 취소되어야 하는 것이어서 위 양도소득은 어차피 소득세 과세대상에 해당된다고 주장하고 있다.

먼저 전자의 주장과 관련하여서는 앞서 본 바와 같이 이 사건 승인일 이전에 양도소득이 발생하였더라도 이 사건 쟁점조항의 요건이 구비되면 법인세 과세대상이 될 수 있으므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다음으로 후자의 주장과 관련하여서는, 원고가 이 사건 토지 양도대금 일부를 종중원들에게 분배한 것이 구 국세기본법 제13조 제2항 제3호를 위반한 것인지는 별론으로 하고, 이 사건 처분 당시까지 원고에 대하여 이 사건 승인이 취소된 바가 없는 이상 그 승인 취소 전에 승인 취소사유가 존재한다는 사정만으로 법인세 과세대상이 되지 아니한다는 주장은 행정처분의 공정력 등에 비추어 타당하지 아니하므로, 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 피고의 위 주장도 이유 없다.

6) 소결론

결국 이 사건 토지의 양도로 인한 손익은 '법인으로 보는 단체'인 원고의 최초사업 연도의 손익에 산입되고, 이는 법인세법 상 과세제외소득이어서 원고는 양도소득세뿐만 아니라 법인세 납세의무도 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 있으므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결 론

원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.