임시투자세액공제를 배제한 처분의 적법여부, 시행령 부칙의 효력

시행령 부칙도 시행령의 일부를 이루는 것이므로 부칙의 규정에 따라 의제완료일까지 투자가 완료되지 아니한 경우 의제완료일까지 투자분에 대하여 의제완료일이 속하는 과세연도에 임시투자세액 공제를 적용하는 것임

조세특례제한법 26조임시투자세액공제

[대전고등법원2007누1451 (2007.11.29)]

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 법인세 금 147,338,770원의 부과처분을 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다. 그렇다면 제1심 판결은 정당하고, 이에 대한 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[청주지방법원2006구합2041 (2007.6.27)]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

피고가 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 법인세 금 147,338,770원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 '충북 ○○시 ○○구 ○○동 1-8'에 본점을 두고, 인스턴트커피 및 비알콜성음료 등의 제조, 판매 및 수출업을 주업으로 영위하는 회사로서, 커피제품 생산라인의 증설을 위하여 합계 금 2,191,791,386원 상당을 투자하고(그 중 1999 사업연도에 투자한 금액은 금 1,108,685,601원이다), 2001. 3.경 원고의 2000년도 법인세를 신고함에 있어, 위 설비투자금의 7%에 상당하는 금 153,425,397원(2,191,791,386 X 0.07, 원 미만 버림)을 조세특례제한법(2001. 8. 14. 법률 제6501호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 소정의 임시투자세액을 공제신청하여 공제받고 그 무렵 법인세를 납부하였다.

나. 이에 대하여 피고는 원고가 2000년도 법인세 중 임시투자세액을 공제받은 투자금 2,191,791,386원 중 금 1,141,485,601원에 대하여 임시투자세액공제가 부적정하다고 판단하여 2005. 10.경 원고에 대하여 수정신고를 할 것을 통보하였는데, 원고는 피고로부터 통보받은 금원 중 비시설투자금 및 2000년 하반기 투자금 합계 32,800,000원에 대하여만 수정신고를 하였다.

다. 그러자 피고는, 위 금 2,191,791,386원 중 금 1,108,685,601원은 원고가 1999년도에 투자한 금액이므로 1999년도 법인세에서 공제받아야 하고 이를 2000년도 법인세에서 공제받을 수는 없다는 이유로, 2006. 3. 2. 원고에게 부당공제세액 77,607,992원(1,108,685,601원 X 0.07, 원미만버림)에 미납부가산세를 포함한 2000년도 법인세 147,338,770원을 결정, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4,호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 조세특례제한법시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 시행령'이라 한다)은 1999. 12. 31.까지 이루어진 임시투자세액이 공제되는 과세연도와 관련하여 본문(제23조)에서는 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도 중에 납세자가 선택할 수 있도록 하고 있으면서도 부칙에서는 1999. 12. 31. 현재 투자가 종료되지 않은 경우에 그 투자종료를 의제하여 결국 납세자는 선택의 여지없이 1999년도 법인세에서만 투자세액을 공제받을 수 있도록 규정하고 있다. 이는 본문과 부칙의 규정이 서로 상반되어 조세법률주의(명확주의)에 반하고, 규정내용이 모호할 뿐만 아니라, 부칙은 일반적으로 시행령의 개정과 관련된 전후관계, 시행시기, 적용범위를 결정하는 것인데 위 시행령의 부칙은 이를 넘어 본문이 정한 과세연도선택권을 배제하는 내용을 담고 있고, 부칙의 내용대로 반드시 투자가 이루어진 과세연도에 임시투자세액을 공제하도록 할 당위성이 없으며, 원고에게 조세회피의 의도가 없었던 점 등에 비추어 보면 위 부칙은 효력이 없고 납세자로서는 본문에 따라 과세연도를 선택하여 공제받을 수 있다고 보아야하므로 2000년도 법인세에서는 2000. 1. 1.부터 투자한 금액만 공제받을 수 있다는 이유로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 설령 원고가 2000 사업연도 과세표준에서 1999. 12. 31.까지 투자한 금액을 임시투자세액으로 공제받을 수 없다고 하더라도, 원고는 2000 사업연도의 과세표준을 신고함에 있어 1999. 12. 31.까지 투자한 금액을 포함한 투자금 전액에 대하여 공제신청을 하였으므로 단지 1999 사업연도의 과세표준을 신고함에 있어 공제신청을 하지 않고 2000 사업연도의 과세표준을 신고함에 있어 공제신청을 하였다는 이유로 공제가 부당하다고 판단한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 개정 전 시행령 부칙이 무효라는 원고의 주장에 대한 판단

(가) 조세특례제한법시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것, 이하 '개정시행령'이라 한다)은 2000년 6월 30일까지 투자한 금액에 대하여 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 정하면서 그 투자개시시기와 관련하여 부칙 제7조에서 2000년 1월 1일 이후 최초로 투자를 개시하는 분, 2000년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977년 1월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여도 적용한다고 명시하고 있고, 개정 전 시행령은 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 대하여 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 정하면서 그 공제시기와 관련하여 '투자가 이루어지는 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도' 중 공제를 신청할 수 있도록 하면서 투자가 완료된 과세연도의 의미와 관련하여 부칙에서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 본다고 명시하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 1999년부터 2000. 6. 30.까지 투자가 계속하여 이루어진 경우에 1999. 12. 31.까지 투자한 금액은 1999 사업연도 법인세를 신고할 때 공제받고, 2000. 1. 1.부터 2000. 6. 30.까지 투자한 금액은 2000 사업연도 법인세를 신고할 때 공제받도록 한 것으로 해석된다.

(나) 개정 전 시행령의 부칙이 무효라는 원고의 주장에 대하여 살피건대, 부칙도 시행령의 일부를 이루는 것으로서 개정 전 시행령 제23조가 '투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도'에서 공제받을 수 있도록 하면서 '투자가 완료'되었다는 의미와 관련하여 부칙에서 '1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 본다'고 규정하여 '투자가 완료된 과세연도'라는 의미를 제한하고 있는바, 위 시행령 제23조에 의하면 원칙적으로 투자가 이루어진 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도를 선택하여 공제 신청할 수 있으나, 부칙에서 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 한하여 실제 투자완료 과세연도가 아닌 1999년도에 투자가 완료된 것으로 의제하여 실제 투자완료 연도에는 받을 수 없도록 하였고, 2000년 이후 투자분에 대해서는 공제시점을 선택할 수 있도록 적용범위를 정한 것이므로 위 시행령 제23조 본문과 시행령 부칙의 내용이 조세법률주의에 반하거나 규정이 모호하다고 할 수 없고, 위 부칙의 내용은 본문의 적용범위를 분명히 하고 있는 것에 지나지 않는다. 또한, 조세특례제한법이 정하는 임시투자세액공제 제도는 일시적인 경기조절을 위한 것이므로 제도운영목적인 투자촉진 효과를 달성하기 위해서는 단시간 시행 후 종료되는 것이 원칙인바, 이에 조세특례제한법 시행령은 6개월을 단위로 하여 적용기간 별로 공제율, 공제대상 자산의 범위 등 임시투자세액공제와 관련된 규정을 개정하고 있고, 이에 그 일시적 시행의 측면을 강조하기 위하여 제도시행기간의 종료일을 투자완료의제일로 규정하는 경우가 많았던 점(조세감면규제법시행령(제15820호, 1998. 7. 1. 대통령령 제15820호로 개정된 것, 1998. 8. 10. 대통령령 제15860호로 개정된 것, 1998. 11. 16. 대통령령 제15932호로 개정된 것) 역시 제24조에서 1999년 6월 30일까지 투자한 금액에 대하여 '투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도'에서 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 하면서 부칙에서는 1999년 6월 30일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 의제하는 규정을 두고 있었고, 조세특례제한법시행령(제17034호, 2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정된 것) 역시 제23조에서 2001년 6월 30일까지 투자한 금액에 대하여 '투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도'에서 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 하면서 부칙에서는 2001년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2001년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2001년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 의제하는 규정을 두고 있었으며, 그 후 2001. 6. 12.(대통령령 제17236호), 2001. 9. 29.(대통령령 제17367호), 2001. 12. 31.(대통령령 제17458호), 2002. 6. 25.(대통령령 제17633호), 2002. 12. 30.(대통령령 제17829호), 2003. 6. 30.(대통령령 제18030호), 2003. 12. 30.(대통령령 제18176호), 2004. 10. 5.(대통령령 제18557호), 2005. 2. 19.(대통령령 제18704호) 각 개정시 6개월 또는 1년을 단위로 하여 제도시행기간을 연장하면서 2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정된 조세특례제한법시행령을 제외하고 모두 본문에서는 '투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도'에서 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 하면서 부칙에서는 각 제도시행기간종료일까지 투자가 완료되지 아니하는 경우 그 때까지 투자한 분에 대하여는 제도시행기간종료일 현재 투자가 완료된 것으로 의제하는 규정을 두고 있었고, 2006. 2. 9.(대통령령 제19329호) 개정시에는 본문에서 '투자가 이루어지는 각 과세연도'에서만 임시투자세액공제를 받도록 명시하였다)을 고려하면, 입법자로서는 위 제도가 일시적인 경기부양을 위하여 납세자에게 혜택을 주는 것으로서 그 제도시행종료일을 기준으로 투자가 완료되지 않았다고 하더라도 시행령 부칙에 의하여 투자가 완료된 것으로 의제하여 당해 투자가 이루어진 과세연도에 투자세액을 공제하도록 할 필요성도 있다고 보인다.

(다) 따라서 개정 전 시행령의 부칙이 조세법률주의에 반하거나 모호하여 무효라는 이유로 이 사건 처분이 부당하다는 원고의 위 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(2) 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 대하여 적법하게 공제신청을 하였다는 원고의 주장에 대한 판단

임시투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 세액공제신청서를 제출하여야 한다는 규정의 의미는 세액공제를 받을 과세연도의 과세표준신고를 할 때 세액공제신청을 하여야 한다는 의미인바, 원고가 2001. 3.경 2000 사업연도 법인세를 신고하면서 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 대한 임시투자세액공제신청을 한 것은 앞서 본 바와 같고, 이를 2000. 3.경 1999 사업연도 법인세를 신고할 때 임시투자세액공제신청을 한 것과 마찬가지로 볼 수는 없으므로 원고가 적법하게 공제신청을 하였다는 주장 또한 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

관계법령

조세특례제한법

제26조 (임시투자세액공제)

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

조세특례제한법시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것)

제23조 (임시투자세액공제)

① 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 공업디자인서비스업, 포장 및 충전업, 패선디자인업, 영화제작 및 배급업, 라디오방송업, 텔레비전방송업, 유선방송업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 물류산업, 관광진흥업에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의용역업, 폐기물처리업, 폐수처리업을 영위하는 내국인이 2000년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다.

③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도"라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다.

⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

부칙

제7조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조 제1항 및 제2항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2000년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 1977년 1월 1일이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000년 1월 1일이후의 투자분에 대하여도 적용하되, 이 경우의 투자금액은 제4조 제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

조세특례제한법시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것)

제23조 (임시투자세액공제)

① 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 공업디자인서비스업, 포장 및 충전업, 패션디자인업, 영화제작 및 배급업, 라디오방송업, 텔레비전방송업, 유선방송업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의용역업, 폐기물처리업, 폐수처리업을 영위하는 내국인이 1999년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 10을 말한다.

③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도"라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다.

⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

부칙

② (투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례) 제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다. 끝.