조심2010중3700 (2011.06.30)

출연금에 의하여 이루어지는 부분은 무상용역의 공급에 해당하므로 부가가치세 비과세대상에 해당함

각 출연금에 의한 원고의 연구용역 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 위 각 출연금은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로，그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매업세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없음

부가가치세법 제7조

부가가치세법 시행령 제61조

2011구합4010 부가가치세부과처분취소

AAA기술연구원

고양세무서장

2012. 5. 22.

2013. 6. 26.

1. 피고가 원고에 대하여 한 2009. 12. 4.자 부가가치세 000원의 부과처분， 2010. 6. 1.자 부가가치세 000원의 부과처분， 2010. 7. 1.자 부가가치세 000원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1983. 6.경 '과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립 ・ 운영 및 육성에 관한 법률'에 의하여 설립된 비영리법인이다.

나. (1) 원고는 2004년 제2기 중 건설교통부장관으로부터 000원의 운영출연금을 지급받고， 2004년 제2기 부가가치세 신고시 부가가치세법 시행령 제61조에 의하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 운영출연금을 면세공급가액에 포함하지 않았다.

(2) 피고는 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하여 운영출연금이 부가가치세법 시행령 제61조 소정의 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다고 보고， 이에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 다시 산정하여 2009. 12. 4. 원고에게 2004년 제2기 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정・고지하였다.

다. (1) 원고는 2005년 제1기 중 건설교통부장관으로부터 000원의 운영출연금 및 7，000원의 연구출연금을 지급받고， 2005년 제l기 부가가치세 신고시 부가가치세법 시행령 저61조에 의하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 운영출연금 및 연구출연금을 면세공급가액에 포함하지 아니하였다.

(2) 중부지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 같은 해 5. 14.까지 원고에 대한 법인세 정기 세무조사를 실시하여 운영출연금 및 연구출연금이 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 이에 피고는 부가가치세법 시행 령 제61조 소정의 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 운영출연금 및 연구출 연금이 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다고 보았고， 2010. 6. 1. 원고에게 2005 년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정・고지하였다.

(3) 원고가 이에 불복하여 심판청구를 제기한 결과 원고의 주장이 일부 받아들여져 2005년 제1기 부가가치세가 000원으로 감액되었다.

라. (1) 원고는 2005년 제2기부터 2009년 제2기까지(단， 2006년 제2기 제외) 국토해 양부장관 등으로부터 000원의 운영출연금 및 000원의 연구출연금을 지급받고， 2005년 제2기， 2006년 제l기， 2007년 제1기-2009년 제2기 부가가치세 신고시 부가가치세법 시행령 제61조에 의하여 공통매입세액(위 나~라항의 공통매입 세액을 합하여 '이 사건 공통매입세액'이라 한다) 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 운영출연금 및 연구출연금을 면세공급가액에 포함하지 않았다.

(2) 중부지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 같은 해 5. 14.까지 원고에 대한 법인세 정기 세무조사를 실시하여 운영출연금 및 연구출연금이 부가가치세법 시행령 제61조 소정의 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하 였다. 이에 피고는 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 다시 산정하여 2010. 7. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2005년 제2기， 2006년 제1기. 2007년 제1기-2009년 제2기 부가가치세 합계 000원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 위 2004년 제2기~2006년 제1기，2007년 제1기~2009년 제2기 각 부가가치세 부과 처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다. 단， 2005년 제1기 부가가치세 부과처분은 다. (3)항과 같이 감액되고 남은 나머지 부분을 가리킨다).

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제4， 5， 7， 8호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 운영출연금， 연구출연금 및 특정사업출연금(이하 '이 사건 각 출연금'이라 한다)은 용역제공의 대가로 수령한 금원이 아니므로， 부가가치세법상 공통매입세액의 안 분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비용에 따라 공통매입세액을 안분계 산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 없다.

(2) 설령 이 사건 처분과 같은 방식으로 공통매입세액의 안분계산을 한다 하더라도， 부가가치세법상 공통매입세액 안분시 출연금의 처리에 관하여 명문 규정이 없으므로， 원고가 공통매입세액 안분시 이 사건 각 출연금을 면세공급가액에 포함하지 아니 하고 신고한 것은 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 가재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 각 출연금이 용역제공의 대가로 수령한 금원에 해당하는지 여부

(가) 운영출연금 부분

살피건대，갑 제1，10호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정，즉 ① 원고가 '과학기술분야 정부출연연구기관 등 의 설립 ・ 운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 설립된 연구기관으로서 그 운영재원은 정부의 출연금과 그 밖의 수익금으로 마련하도록 되어 있는 점(같은 법 제5조)， ② 원고가 위 법 및 원고의 정관에 따라 산업기술연구회에 매년 예산편성을 보고하여 운영 출연금을 승인받은 후 이를 지급받고 있는 점，③운영출연금이 기관운영비(인건비，경상운영비，기관고유사업비)， 일반사업비， 시설비 등으로 구성되어 있는 점 등을 종합하여 보면， 운영출연금은 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급되는 것으로 볼수 없다.

(나) 연구출연금 부분

살피건대， 갑 제11 내지 13호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① 과학기술기본법 제11조는 관계 중앙행정기관의 장으로 하여금 과학기술기본계획에 따라 맡은 분야의 국가연구개발사업과 그 지원시책을 세워 추진하도록 규정하고 있고， 위 법을 모법으로 하는 국가연구개발사업 의 관리 등에 관한 균정은 "출연금이란 국가연구개발사업의 목적을 달성하기 위하여 국가 등이 반대급부 없이 예산이나 기금 등에서 연구수행기관에 지급하는 연구경비를 말한다"라고 정의하고 았는 점(위 규정 제2조 제10호)， ② 원고가 위 법 및 규정에 따라 환경부장관 등파 협약을 체결하고 국가연구개발사업을 수행한 점. ③ 환경기술개발 사업운영규정(환경부 훈령 제944호) 등에 의하더라도 출연금은 반대급부 없이 지급하는 것으로 규정되어 있는 점 등을 종합하여 보면，연구출연금 역시 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급되는 것으로 볼 수 없다.

(다) 특정사업출연금 부분

살피건대，갑 제14，15호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 원고가 국토해양부 등과 정부출연연구사업에 관한 계약을 체결하고 특정사업출연금을 지급받은 사실은 인정되나， 위 출연금이 앞서 본 운영출연금 및 연구출연금과 달라 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급된 것이라는 점을 인정할 만한 증거가 없다(피고는 특정사업출연금 지급의 근거가 된 개별 계약의 범위 및 내용 등에 관해서도 제대로 파악하지 못한 채 이 사건 처분을 한 것으로 보인다). 따라서 특정사업출연금이 연구용역에 대한 대가로서 지급된 것임을 전체로 하는 피고의 주장은 이유 없다.

(라) 소결론

따라서 원고가 제공하는 연구용역 중 이 사건 각 출연금에 의하여 이루어지는 부분은 무상용역의 공급에 해당하므로 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3항의 부가가치세 비과세대상에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 공통매입세액의 안분계산방법

부가가치세법 시행령 제61조 제1항，제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어，매입세액의 안분계산에 관한 위 각 규정은 원고와 같이 면세사업과 과세사업，비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용 된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용하여 이 사건 공통매입세액을 안분계산하였으나，이 사건 각 출연금에 의한 원고의 연구용역 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 위 각 출연금은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로，그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매업세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 피고는 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 부가가치세를 부과하였어야 한다. 그런데 변론종결시까지 제출되는 주장과 자료에 의하더라도 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소 할 수밖에 없고，이 사건의 경우 기록상 정당한 세액을 산출할 수 있는 자료가 나타나 있지 아니하므로，이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다.

3. 결 론

그렇다면，원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.