상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라고 한다)를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되어 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조특법 시행령’이라고 한다) 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것’을 요구하고 있다.

한편 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제2조 제5항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 [별표]의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다’고 규정하고 있다가 개정 조특법 시행령 제2조 제5항으로 개정되면서 ‘[별표]’ 부분이 ‘[별표 1]’로 변경되었다.

한편 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 중기법 시행령’이라고 한다) 제3조 제2호 [별표 2]는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 '제3조 제1호 (나)목의 규정에 의한 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고...