1. 원고의 이 사건 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 희성전자 주식회사(이하 ‘희성전자’라고 한다)가 자본금 100%를 출자하여 2005. 6. 20. 설립한 기업으로서 전기부품 접착재료 제조업 등을 영위하는 법인인데, 2006년, 2007년 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법상 중소기업에 대한 조세특례 및 연구인력개발비에 대한 세액공제를 신청하여 법인세를 감면공제받았다.

나. 피고는, 원고가 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제3호, 개정된 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조 제2호의 규정에 의한 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하여 2006년 사업연도부터 중소기업에 해당되지 아니하게 되었다고 보아 조세특례제한법상 중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의 적용을 배제하고 2011. 2. 14. 원고에게 2006년, 2007년 귀속 법인세 각 463,468,780원과 338,999,870원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다.

원고는 이에 불복하여 2011. 5. 6. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2011. 11. 30. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘원고의 주장’ 부분에서 같다) 제2조 제1항은 중소기업 관련 조세특례 등의 대상이 되는 중소기업의 범위에 관하여 규정하면서 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것을 요구하고 있고, 같은 조 제5항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법...