원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

직권으로 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라 한다)를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호는 그 중 독립성 요건에 관하여 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것’을 요구하고 있다.

한편 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제2호 [별표 2]는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ‘제3조 제1호 (나)목의 규정에 의한 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’을 정하고 있는데, 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제1호 (나)목은 ‘증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인(이하 ’상장법인‘이라 한다)으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’이라고 규정하고 있다가, 구 중기법 시행령 제3조 제1호 (나)목으로 개정되면서 ‘자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’으로 그 규정이 변경되었다.

그리고 구 중소기업기본법...