1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 2013. 11. 25. 피고에게 전남 함평군 B 일대에 C주택을 건립하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사대금 5,137,579,500원(부가가치세 포함, 이하 같다), 공사기간 2013. 11. 28.부터 2014. 11. 27.까지로 정하여 도급하였다.

나. 그 후 원고와 피고는 위 공사계약에 관하여 여러 차례에 걸쳐 변경계약을 체결하여 최종적으로 공사대금을 5,890,393,000원, 공사기간을 2013. 11. 28.부터 2015. 4. 30.까지로 정하였다

(이하 위와 같이 최종적으로 변경된 공사계약을 ‘이 사건 공사계약’이라 하고, 그 중 원고가 피고에게 공사대금에 부가가치세 상당액을 포함시켜 지급하기로 약정한 부분을 ‘이 사건 부가가치세 지급 약정’이라 한다). 다.

피고는 이 사건 공사계약에서 따라 이 사건 공사를 완료하였다.

원고는 2013. 12. 24.부터 2015. 12. 17.까지 피고에게 이 사건 공사계약에서 최종적으로 정한 공사대금 5,890,393,000원 중 보험료 정산금 부분을 제외한 나머지 5,773,682,250원(이하 ‘이 사건 공사대금’이라 한다)을 지급하였다.

이로써 원고와 피고는 이 사건 공사대금에 관한 정산을 완료하였다. 라.

한편, 2017. 10.경 행정안전부 주관으로 전국 지방자치단체의 공공건축물 부가가치세 과잉납부 실태를 점검한 결과, 이 사건 공사계약이 주택법 제2조 제6호에서 정한 국민주택규모 이하인 주택의 건설용역으로서, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제2호, 제1호, 제51조의2 제3항에서 정한 바에 따라 부가가치세 면제대상에 해당함에도, 원고가 이 사건 공사계약에 따라 원고에게 이 사건 공사대금 중 부가가치세에 해당하는 524,880,207원을 지급한 사실이 확인되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을...