1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 구리스크랩 및 폐동 등을 가공도매하는 업체로서 2011년 제2기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 주식회사 B(이하 ‘B’라고만 한다)로부터 2012. 10. 23. 공급가액 20,000,000원, 같은 해 11. 30. 공급가액 50,000,000원의 각 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 각 발행받는 등 총 19개 업체로부터 공급가액 112,145,356,890원의 각 세금계산서를 발행받아 매출세액에서 위 각 세금계산서상의 매입세액을 공제하는 한편 이를 비용으로 처리하는 방식으로 각 과세기간 및 사업연도에 부가가치세 및 법인세를 각 신고납부하였다.

나. 서울지방국세청은 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 각 세금계산서는 가공거래, 나머지 각 세금계산서는 위장거래에 따른 허위의 세금계산서라고 보고 피고에게 원고에 대한 과세를 통보하였고, 피고는 위 각 세금계산서상의 매입세액 공제 및 그 비용 처리를 불허하여 2013. 12. 2. 원고에 대하여, 2011년 제1기분 부가가치세 1,934,643,310원, 2012년 제1기분 부가가치세 8,036,425,920원, 2012년 제2기분 부가가치세 9,397,960,490원 및 2011 사업연도 귀속 법인세 214,697,960원, 2012 사업연도 귀속 법인세 2,048,319,960원을 각 경정고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 1. 27. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2015. 7. 20. 이 사건 각 세금계산서를 제외한 나머지 각 세금계산서에 대하여 원고가 각 세금계산서를 발급받을 당시 위 각 세금계산서가 허위인 사실을 과실 없이 알지 못하였다는 이유로 그 매입세액 공제 및 그 비용 처리를 허용하는 취지의 결정을 하였고, 피고는 이 사건 각 세금계산서에 대한 매입세액 공제 및 그 비용 처리는 불허한 채 2015. 8. 18....