쟁점주식이 소득세법상 특정주식에 해당하는 것으로 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

가. 청구인과 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 부자(父子)관계로, 서울특별시OOO에 본점을 두고 ‘골프장업’을 영위하는 비상장 중소기업인 주식회사 OOO라 한다)의 발행주식 전부인 OOO주로 이하 “쟁점주식”이하 한다)를 보유하고 있다가, 2007.11.22. 주식회사 OOO이라 한다)에게OOO)에 양도하고, 2007.12.31. 쟁점주식을 일반주식에 해당한다고 보아 10%의 양도소득세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 한편, OOO가 추진하는 OOO를 제외한 2,303,290㎡는 청구인외 10인이 소유하고 있었으며, 이를 “골프장용 토지”라 한다)에 골프장 및 콘도건설사업과 관련하여OOO 주식 전부, 사업권 일체 및 관련 부동산 일체를OOO만원에 양수하기로 하는 사업약정서를 2007.8.9. 체결하고, 청구인외 10인은 골프장용 토지의 양도대금OOO만원을 쟁점주식의 잔금청산일과 같은 날인 2007.11.22. OOO로부터 수령하였다(청구인외 10인과 OOO는 개별적으로 토지 매매계약서를 작성).

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여, OOO가 취득한 골프장용 토지를 포함하면 특수관계에 있는 청구인들이 소유했던 쟁점주식의 양도당시 OOO의 자산총액 중 부동산가액이 차지하는 비율이 50% 이상으로, 「소득세법」 제94조 제1항 다목 및 같은법 시행령 제158조 제1항 제1호의 기타자산(특정주식)의 양도에 해당하므로 양도소득세 일반세율 적용대상이라고 보아, 처분청에 과세자료를 통보하였다.

라. 처분청은 위 과세자료를 근거로 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세 일반세율(9～36%)을 적용하여, 2011.7.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 1,546,745,300원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 OOO의 골프장용 토지의 취득시기를 청구인 등이 토지대금의 잔금을 받은 2007.11.22.로 보았으나, 당초 골프장용 토지와 쟁점주식을 청구인들 등으로부터 매수하려는 거래상대방은OOO로서 OOO는 그 거래의 직접 당사자가 아니었고,OOO는 골프장용 토지 및 쟁점주식의 매수대금을 마련하기 위하여, 동 토지에 「신탁법」에 의한 신탁설정을 하고 채무자의 자격으로 금융기관으로부터 대출받아 2007.11.22. 청구인 등에게 토지 및 주식대금의 잔금을 지급하여, 동 토지의 매입대금을 OOO가 자기자금으로 직접 지급한 사실이 있다거나, 위 같은 날 동 토지의 소유권이 수증 또는 기타의 원인으로 OOO 앞으로 이전된 사실이 없으므로, 위 2007.11.22.은 청구인 등이OOO로부터 골프장용 토지의 대금을 최종적으로 받은 날에 불과할 뿐, OOO가 골프장용 토지를 취득한 날로 볼 수 없다.

앞에서 본 바와 같이,OOO는 2007.11.22. 청구인 등에게 골프장용 토지 매수의 잔금을 지급하고, 같은 날 동 토지에 대하여 신탁법에 의한 신탁설정등기를 하였으며, 이러한 신탁계약 기간 중 OOO는 단순한 수익자(우선수익자는 금융기관임)에 불과했을 뿐 동 골프장용 토지를 배타적으로 지배할 수 있는 소유권자로서의 지위 등은 없었던 상태였고, OOO는 골프장용 토지 상당액에 대하여 2007.12.31. 대차대조표 작성시 건설중인 자산으로 계상(OOO가 쟁점주식 및 골프장용 토지 취득시 발생된 금융기관 채무를 OOO에게 인계하고, 임시계정상 자산계상한 것으로 보임)한 후, 골프장용 토지에 대한 신탁이 종료되고 OOO에게 소유권 이전등기된 2008.3.28.에서야 OOO의 것으로 확정하고 이때 정식으로 토지계정상 자산으로 인식하였으므로, 처분청이 OOO의 골프장용 토지의 잔금청산일인 2007.11.22.을 OOO의 골프장용 토지 취득일로 본 것은 OOO의 회계상 자산인식 시기와 신탁관계 법리를 간과한 잘못된 판단이다.

처분청은 청구인들의 쟁점주식 양도시기와 OOO의 골프장용 토지 취득시기를 2007.11.22.로 보면서, 골프장용 토지가 먼저 취득된 것으로 보아야 한다고 주장하며, OOO의 진술서(2011.5.23.)와 쟁점주식에 대한 회계법인의 평가보고서(2007.8.8.)를 제시하고 있으나, OOO이 조사청 조사시에 “OOO가 청구인 등으로부터 골프장 토지를 취득하여 골프장 조성사업을 하였다"는 진술내용은 OOO가 OOO로부터 골프장조성 사업승인을 받은 후에 승인받은 내용의 제반사항을 준수하여 사업시행 준비를 하였다는 차원에서 그렇게 진술한 것이지, OOO가 골프장용 토지가 쟁점주식의 양도시점보다 먼저 취득된 것이라는 의미는 전혀 아니며, 쟁점주식에 대한 회계법인의 평가보고서(2007.8.8.)는 OOO가 향후 골프장을 건설할 경우 2007.8.1.～2014.12.31. 기간 중에 발생할 수익 등을 예측하여 평가일 현재(2007.7.31)의 쟁점주식의 가치를 산출한 것으로, 주식에 대한 평가방법은 미래의 수익가치 평가방법의 하나일 뿐이고, 근본적으로 평가일 현재의 자산가치 평가가 아니어서 비록 동 수익가치 평가시에 골프장용 토지의 매입이 전제되었더라도 OOO의 골프장용 토지의 취득시기가 쟁점주식의 양도시기 보다 먼저라고 단정할 근거는 되지 못한다.

청구인들의 쟁점주식 양도시기와 OOO가 골프장용 토지의 취득시기가 같은 날(2007.11.22) 이라고 본다 할지라도 골프장용 토지를 OOO가 먼저 청구인 등으로부터 취득하고 그 다음에 그 토지를 OOO의 자산으로 이전해 주는 것으로 보아야 거래의 성립과 순서에 맞으므로 쟁점주식의 양도가 골프장용 토지의 취득보다 먼저라고 봄이 합당하다.

설령, 쟁점주식의 양도와 골프장용 토지의 취득이 동시에 이루어진 관계로 그 선후에 대한 사실판단을 할 수 없는 경우에 해당되어도, 이러한 경우 관련 소득세법령에서 그 선후의 판단기준에 관한 명문규정이 없으므로 납세자에게 유리하게 세법을 해석·적용하는 것이 조세법률주의 원칙에 합당하다{대법원 판례(74누44, 1976.2.10.)에서 세법상 과세요건이 불명확할 경우 납세자에게 유리하게 해석한 바 있으며, 「소득세법시행령」 제154조 제9항에서도 2주택 이상을 동시에 양도시 납세자가 양도 선후를 선택하도록 하고 있음}.

또한, 이 건의 경우 「국세기본법」상의 기간계산 규정(민법규정의 적용을 원칙으로 하며, 기간을 일,주,월,연의 단위로 계산할 때 초일은 불산입함)에 비추어 보아도 쟁점주식 양도일 현재의 OOO의 보유 부동산가액 산정시 동 골프장용 토지의 가액을 산입할 수 없다.

쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」상의 비상장주식 평가방법 중 순자산가치 산출방법으로 그 1주당 가액을 계산하면, 2006.12.31. 현재 1주당OOO, 2007,12.31. 현재 1주당OOO원이며, 청구인들이 OOO원(회계법인의 미래수익가치 평가액을 참고하여 거래한 가액임)으로, 실제거래가액이 주식의 자산가치 등 평가액보다 훨씬 많은 것으로 나타나는 것은 현재의 가치보다는 골프장 건설 후 미래에 발생할 수익가치가 높다는 것에 중점을 두어 거래하였기 때문이다.

쟁점주식의 양도와 관련한 OOO의 총자산 중 부동산가액 비율산정은 주식 양도시기인 2007.11.22. 당시의 자산상태를 가지고 계산하는 것이 원칙이고, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 「소득세법시행규칙」 제76조 제1항에 따라 직전 사업연도말 현재를 기준으로 계산하여야 함에도, 처분청은 2007.12.31.현재로 작성된 OOO의 대차대조표로 부동산가액 비율을 산정하여 그 계산의 기준시점을 잘못 적용하였으며, 또한 총자산의 계산에서 제외시킨 금융자산(OOO은 주식 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 경우에만 자산총액에서 차감할 수 있는 데, 처분청은 이러한 근거도 없이 위 금융자산과 대여금을 총자산에서 제외시킨 잘못이 있다.

「소득세법」상 특정주식에 대한 중과세 제도는 부동산을 과다하게 보유한 법인 발행의 주식양도의 경우, 그 실질이 부동산의 양도와 동일하거나 유사하므로 일반주식 양도의 세율을 적용한다면 개인이 법인을 통하여 부동산을 보유함으로써 부동산 양도세율의 적용을 회피할 수 있기 때문에 조세부담의 공평을 기하기 위해서 그 형식이 비록 주식양도라 하더라도 부동산 양도세율을 적용하는 것이나, 처분청 처럼 쟁점주식을 양도한 청구인들에게 다시 특정주식이라 하여 일반세율을 적용한다면, 주식과 토지(골프장용 토지)를 같이 소유한 청구인들은 동 재산을 같은 시기에 양도한 것에 대해서 골프장용 토지분에 대하여 양도소득세를 중과세율을 적용하여 신고납부하였음에도, 다시 쟁점주식을 특정주식이라 하여 일반세율을 적용하면 적어도 중과세 부분 만큼은 이중과세에 해당하여 세법이론에 반하는 결과를 가져오며, 납세자의 입장에서 볼 때 골프장용 토지의 양도와 관련하여 소득세를 회피한 사실이 없는데 세법 해석·적용의 잘못으로 부당한 세부담을 하게 되는바, 이러할 경우 특정주식 관련의 과세제도를 둔 규정취지에도 어긋나므로 쟁점주식의 양도는 중과세 대상에 해당하지 아니한다.

한편, 처분청은 쟁점주식의 양도가 사실상 영업권의 양도라고 주장하고 있으나, 영업권은 무형의 재산적 가치를 말하는 것으로서 그 성질상 기업(사업)전체와 분리되어 독립적으로 거래될 수 없는 자산이며, 일반적으로 다른 회사(업체)를 취득, 합병, 인수하는 경우에만 발생할 수 있을 뿐 그것만 따로 떼어서 거래될 수 없는 것이고, 영업권에 대한 과세요건을 규정한 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 가목에서는 “사업용고정자산과 함께 양도하는 영업권”의 경우만 과세대상으로 삼고 있다. 영업권에 대하여 소득세법상 양도소득세가 과세되기 위해서는 사업용고정자산 등 사업(영업)의 양도가 전제되어야 하는 요건이 총족되어야 하며, 어떤 자산(주식 등)의 거래에 있어 사업의 양도 없이 단순히 그 자산에 영업권적 성질의 가액(예: 행정관청의 사업인허가에 따른 경제적 이익 등)이 포함됨으로써 실제의 자산가치보다 높게 거래된 것만 가지고는 영업권의 양도소득에 해당하지 아니한다. 이 사건의 경우, 골프장의 건설에 관한 사업권을 행정관청으로부터 승인받아 동 사업권과 그 밖의 유·무형자산 및 부채 등 일체를 OOO에게 양도한 주체는 OOO이고, 쟁점주식을 OOO에게 양도한 주체는 OOO의 주주였던 청구인 개인(자연인)으로서, 골프장 사업권 등 자산의 양도와 쟁점주식 양도의 주체는 법인격이 각기 다른 법인과 개인(자연인)이어서 그 행위(거래)의 법률적 효과도 엄연히 구분되어 법인과 개인에게 각각 별도로 발생(귀속)되는 것이다.

쟁점주식을 양도한 청구인은 주식만을 양도한 것이지, 다른 사업용 고정자산 또는 영업(사업)을 함께 양도한 것이 아니므로(골프장 사업권과 기타 사업용 유무형 자산 등 일체를 양도한 주체는 OOO임) 비록, 쟁점주식의 양도가액에 영업권적 성질의 가액이 포함되어 있다고 보더라도 동 거래에 따른 소득은 영업권 양도소득에 해당하지 않는다.

예를 들면, 사업용 자산이나 수익이 별로 없던 어떤 상장회사가 해외에서 다량 매장의 석유채굴권을 취득하게 됨에 따라 미래에 획기적인 영업이익이 예상되어 갑자기 그 발행주식 가격이 시장에서 급등했다고 가정할 때, 그 주식을 소유한 개인 주주가 고액의 양도차익을 남겼다고 하여 주식의 실제가치 초과분 소득에 대하여 영업권의 양도로 과세할 수 없는 것과 같이 쟁점주식의 거래도 같이 적용되는 이치이다.

나. 처분청 의견

내국법인이 토지거래계약 허가구역 내 토지를 토지거래계약의 허가 전에 잔금을 청산하고 매입한 경우, 당해 토지의 취득시기는 대금을 청산한 날로 하는 것(OOO2008.05.26)이며, 「국토이용관리법」상 허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우에 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 양도시기는 대금청산일이 되는 것이므로(OOO 1997.6.27. 참조), OOO가 골프장용 토지를 취득한 시기는 2007.11.22.이다.

청구인들은 골프장용 토지에 대하여 OOO의 자산으로 인식하고 계상한 시기가 토지거래허가구역 해제 등 종료 후 소유권이전등기가 완료된 2008년이므로, 2007.11.22. 쟁점주식 양도시점에서는 OOO의 부동산가액 비율이 0.15%에 불과하다고 주장하나, 골프장용 토지와 쟁점주식의 잔금청산일이 2007.11.22.인 것에 대하여는 청구인과 처분청이 이견이 없으므로, OOO가 골프장용 토지의 취득 시기는 2007.11.22.로, 쟁점주식 양도시점의 OOO의의 부동산가액 비율은 58%를 초과한다.

아울러, OOO의 진술에 의하면, OOO가 가지는OOO골프장 사업권 및 사업계획 인가’는 2007.3.19. OOO로부터 사업계획 승인을 받았으며, 동 골프장 조성사업계획은OOO토지 지상에 27홀(회원제 18홀, 일반대중 9홀) 규모의 골프장 및 부대시설을 조성함에 있어 OOO가 사업시행자로서 승인을 받은 것이고, 골프장 조성사업계획 승인에 따라 OOO가 청구인들 등으로부터 골프장용 토지를 취득하여 사업을 시행하였으며, OOO와 OOO에 체결된 사업약정서(2007.8.9.)의 내용을 보면, 쟁점주식 및 OOO가 가지는 유·무형의 자산 일체, OOO가 가지는 골프장 사업권 및 사업계획 인가에 관한 권리 일체, 골프장용 토지 및 지상, 지중 부속물 일체를 양도·양수하면서 양도·양수대금 및 가수금 등 합계 OOO원을 지급시기로 하는 약정을 체결하였으며, 상기 사업약정서에 의거 골프장용 토지와 쟁점주식이 양도되었고 동 토지와 주식의 실제 잔금청산일은 2007.11.22. 이라고 진술하였는바, 상기와 같은 OOO의 진술에 의하더라도 쟁점토지의 취득일은 2007.11.22. 이라 할 것이므로 이에 반하는 청구주장은 부당하다.

청구인들은 OOO가 골프장용 토지를 2007.11.22. 취득하였다고 하더라도 쟁점주식의 양도시점과 같은 날이므로, 어떤 자산이 먼저 양도되었는지 그 양도의 선후관계를 판단할 수 없는 경우에 해당하며, 이러한 경우 청구인들 등이 쟁점주식을 양도하고 그 이후 OOO가 골프장용 토지를 취득한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구인들이 쟁점주식의 양도가액 OOO억원의 근거에 대하여 조사청에 제출한 주식가치평가보고서를 보면, OOO 주식의 자기자본가치 평가결과인 OOO억원에는 골프장 사업시행을 전제로 하여 주식가치를 평가한 사실을 알 수 있으며(평가대상 회사인 OOO의 사업 내용에 대하여 골프장용 토지를 명시하고 있음), 청구인들의 2007.8.10. 주식 양도·양수계약서상 거래대금 총액OOO은 상기 주식평가 내용을 근거로 하여 산출된 것이라고 OOO 진술하고 있으므로, 쟁점주식의 가액은 골프장용 토지가 없다면 산출이 불가능하다 할 것으로서 골프장용 토지가 쟁점주식 평가의 전제가 되고 있으므로, 양도의 선후관계를 판단할 수 없다는 청구주장은 부당하고, OOO가 골프장용 토지를 취득한 이후 청구인들이 쟁점주식을 양도한 것으로 보아야 한다.

청구인은 회계법인의 쟁점주식 평가시 수익가치평가법을 적용하였으므로 골프장용 토지의 가액이 직접 반영될 여지는 없으며, 동 기업가치 평가내용을 가지고 특정주식 해당여부의 판단기준으로 삼을 수 없는 것이라고 주장하나, 회계법인이 주식가치를 평가하면서 수익가치평가법을 적용하기 위하여는 골프장이 존재하여야 하고 골프장은 골프장용 토지를 기반으로 하는 것이므로 이에 반하는 청구주장은 부당하며 받아들일 수 없다.

청구인은 쟁점주식의 양도는 청구인 개인이 소유하다가 단순히 주식만 양도한 것일 뿐 사업(영업)의 양도가 포함된 것이 아니기 때문에 영업권 양도소득으로 볼 수 없다고 주장하나, 양도소득세 과세대상인 「소득세법」 제94조 제1항 제4호의 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권에는 영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다고 규정하고 있으며, 「소득세법기본통칙」 94-2에는 ‘위 경제적 이익에는 영업권을 양도함으로 발생하는 소득에는 당해 인·허가가 법규상 이전의 금지여부와는 관계없이 사실상 이전됨으로 발생하는 소득을 포함한다’라고 하고 있는바, 2007.8.10. 청구인 등의 ‘주식 양도, 양수 계약서’는 2007.8.9. ‘사업약정서’에 근거하여 작성된 것이며 ‘사업약정서’에는 쟁점주식 및 OOO가 가지는 유·무형의 자산 일체, 청구외법인이 가지는 골프장 사업권 및 사업계획 인가에 관한 권리 일체, 골프장용 토지 및 지상, 지중 부속물 일체를 양도 양수한 사실이 분명하게 확인되고 있고, 한신회계법인의 주식가치 평가보고서상 1주당 평가액의 산출경위를 보더라도, OOO의 주식만을 단순히 양도한 것으로 사업(영업)의 양도가 포함된 것이 아니라는 청구주장은 부당하다.

청구인은 부동산가액 비율의 산정은 2007.11.22. 당시의 자산상태를 가지고 계산하는 것이 원칙이고, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 직전사업연도말 현재를 기준으로 계산하여야 하는데 처분청은 2007.12.31. 현재로 작성된 OOO의 대차대조표를 가지고 산정하여 그 계산의 기준시점을 잘못 적용하였다고 주장하나, 「소득세법시행규칙」 제76조에서 ‘기타자산(특정주식)에 해당하는지의 여부는 양도일 현재의 당해법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정하고, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 한다’고 규정하고 있고, 양도일 현재의 자산총액을 산정하면서, 양도일 현재의 OOO의 토지 등 부동산의 가액을 반영하지 않고 직전년도말 기준으로 자산총액을 평가한다면 이는 상기 「소득세법시행령」 등 규정의 법 취지에 상반되는 부당한 법 적용이다.

청구인은 주식과 토지를 함께 소유한 사람이 동 재산을 같은 시기에 양도한 것에 대해서 당초 토지분 양도소득세를 실지거래가로 모두 신고납부하였음에도 다시 주식의 토지관련 양도소득세를 부담하게 되는 것은 중과세 부분만큼 이중과세에 해당하여 세법이론에 반하는 결과라고 주장하나, 청구인의 쟁점주식 양도는 2007.8.9. ‘사업약정서’에서도 언급하고 있고, 실질 내용으로 볼 때, 골프장용 토지와 골프장 허가권(영업권)을 양도한 것이므로, 주식 양도의 형태가 아니라 토지와 골프장 허가권(영업권)을 양도하였다고 전제하는 경우에 그 세율은 토지와 영업권의 양도가 각 36%로서 동일하므로 청구인이 주식의 형태로 양도(특정주식 세율 36%)함으로써 이중과세에 해당하거나 세부담이 가중되었다고 할 수 없다.

따라서, 청구인들이 쟁점주식의 양도시점에 OOO의 부동산 등 비율이 50%를 초과하므로, 쟁점주식은 특정주식에 해당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이 「소득세법」상 기타자산(특정주식)에 해당한다고 하여 일반세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위)① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 사업용고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

나. 생략

다.주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산

제104조(양도소득세의 세율)① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및제4호에 따른 자산

제55조제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

나. 중소기업의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 10

(2) 소득세법 시행령 제158조 (기타 자산의 범위)① 법 제94조제1항제4호 다목에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

가.당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

나.당해 법인의 주식등의 합계액중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

③ 제1항 제1호 가목 및 동항 제5호 가목의 규정에 의한자산총액 및 자산가액은 당해법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다.이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 바목 내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산( 「상속세 및 증여세법」 제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

(3) 소득세법 시행규칙 제76조 (부동산과다보유법인의 범위등)① 영 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는지의 여부는양도일 현재의 당해법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정한다. 다만, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 한다.

②영 제158조 제1항 제5호 나목에서 "재정경제부령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 건설 또는 취득하여 직접 경영하거나 분양 또는 임대하는 사업을 말한다.

1. 골프장

2. 스키장

3. 휴양콘도미니엄

4. 전문휴양시설

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO는 2007.3.19. OOO에게 OOO골프장 조성사업계획를 아래 <표1>과 같이 승인하였다.

신청인	청구법인
업종 및 상호	업종 : 골프장업 상호 : T.A.B.D 컨트리클럽
시설설치장소	충청남도 태안군 근흥면 정죽리 산78번지 외 51필지
부지면적	1,404,500㎡중 1,397,500㎡
주요시설규모	27홀(회원제 18홀, 일반대중 9홀)
사업시행자	태안리조트
설치기간	착공예정일 : 사업승인후 3개월이내 준공예정일 : 착공후 24개월

<표1> 골프장 조성사업계획 승인내역

(O) OOOOOO OOOOOOO 간에 체결한 사업약정서(2007.8.9.)는 아래<표2>과 같다.

<표2> 사업약정서 주요내용

(다) 청구인들과 OOO간에 체결한 쟁점주식 양도양수 계약서(2007.8.10.)의 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점주식 양도양수 내역

(OO : O)

(O) OOO의 요청에 의하여 OOO의 주식가치를 평가한 주식가치평가보고서(2007.8.8.)에 의하면, OOO및 OOO가 제시한 골프장건설 및 운영과 관련한 사업계획의 제반 가정의 합리성을 검토하고 이를 근거로 아래 <표4>와 같이 자기자본의 가치를 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

<표4> 주식가치평가보고서 내역(평가기준일 : 2007.7.31.)

(OO : OOO)

O」OOOOOOOO OOO(O,OOOOO)O OOOOO OOOO OO OOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO OOO OOOO

O」OOOO OO OOO OOOOO OOOOOO OOOOOO OOO O OO OOOOOOOO, 「OOO O OOOO」OO OOOO OOO OOOO OOOOO OOOO OOOOOO

(마) 청구인외 10인은 1986.7.14.부터 2002.11.30.까지 골프장용 토지(OOO를 취득하였으며, 소유면적 내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 골프장용 토지 소유면적 내역

(OO : O)

OO) OOOOOOOO OOOOOO OOOO OOOO OO OOOOO

OO) OO OOO OOOO OOO OOOO OOO OOO OO OO OOOOOOO OOOOOO

OO) OOOOOOO OOOOOOOO OOO OO OOO O,OOO,OOOOOO OO OO,OOOOO OOO O OOOOO OOO OO OO OOOO

(바) 청구인들을 포함한 토지 소유자 등은 2007.11.22. 아래 <표6>와 같이 골프장용 토지 및 쟁점주식 양도대금 등 OOO(기 수령한 계약금 등 포함)을 지급받아 잔금을 청산한 것으로 나타난다.

<표6> 골프장용 토지 및 쟁점주식 등 대금 세부내역

(OO : O)

(사) 골프장용 토지의 일부인 충청남도 OOO부동산등기부등본에 의하면, 2007.11.22. 신탁등기(수탁자 OOO) 되었다가, 2008.3.28. 신탁등기가 말소되고 소유권이 OOO로 이전되었다가, 같은 날짜에 OOO신탁 주식회사에 다시 신탁등기된 것으로 나타나고(골프장용 토지 중 농지는 취득제한 등의 이유로 심리일 현재 소유권이 이전되지 않았음), 청구인이 제시한 OOO계약서(2007.)에는 위탁자가 OOO주식회사로, 수익자가 OOO로, 공동1순위우선수익자가OOO로 나타난다.

(아) 청구인외 10인은 골프장용 토지의 양도에 대하여 아래 <표7>과 같이 양도소득세 신고·납부한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOOOOOOO OOO OOOOO OOOO

(OO : O, O)

OO) OOOO OO(O,OOO,OOOO) O OO O,OOOO(OOO O,OOOO, OOO O,OOOO)O OOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOOO, OOOO OOOO OO OOOOO OOO OO OOOO

OO) OOOO(OOOO OO OO)O OOOO OO O O,OOO,OOOO(OO OOOO OOOOO OOOOO)O OOOOO, OOOOO OOOOO(OO OOOO OO OOOOO OOOOO)OO

(자) 청구인들은 쟁점주식의 양도에 대하여 아래<8>과 같이 양도소득세 및 증권거래세를 신고·납부한 것으로 나타난다.

<표8> 쟁점주식의 양도소득세 신고내역

(OO : O, O)

(O) OOOOOOO는 2008.4.2. OOO 주식 전부를 OOO에 양도한 것으로 나타난다.

(2) 조사청은 청구인들에 대한 세무조사를 실시하여, 특수관계에 있는 청구인들이 소유했던 쟁점주식의 양도당시, OOO는 골프장용 토지를 취득하여 아래 <표9>과 같이 2007.12.31. 기준 대차대조표에서 OOO의 자산총액 중 부동산가액이 차지하는 비율이 50% 이상이라고 보아, 「소득세법」 제94조 제1항 다목 및 같은법 시행령 제158조 제1항 제1호의 기타자산(특정주식)의 양도에 해당하므로 양도소득세 일반세율 적용대상이라고 하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 위 과세자료를 근거로 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세 일반세율(9～36%)을 적용하여, 2011.7.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

<표9> OOO의 자산총액 중 부동산가액 비율 산정내역

(OO : O)

(3) 청구인들이 제출한 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 OOO의 1주당 순자산가치는 2007.12.31. 기준으로 OOO으로 나타난다.

(4) 청구인들이 제출한 OOO의 대차대조표에 의하면, ‘건설중인인 자산’은 2006.12.31. OOO골프장용 토지가 포함된 것으로 보임)으로 나타나며, ‘건설중인 자산’의 내역은 골프장 인·허가 관현 제반 경비, 환경평가에 관련된 지출내역, 골프장 현지주민과의 분쟁 등에 따른 화의·조정금액 및 골프장 건설관련 종사직원 급여 등이라고 주장하고 있으나, 항목별 구체적인 금액 등을 제시하지 못하고 있다.

(5)「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」제12조, 같은 법 시행령 제10조 및 같은 법 시행규칙 제9조에 따르면, 골프장업 사업계획의 승인을 받으려는 자는 시·도지사에게 사업계획 승인을 받아야 하고, 타인소유 부동산에 골프장을 설치하는 자는 추가로 부동산의 임대차계약서 등 사용권을 증명할 수 있는 서류를 제출하도록 규정하고 있다.

(6) 종합하건대, 처분청은 청구인들이 쟁점주식의 양도시점에 OOO가 골프장용 토지를 취득하여 이를 자산에 포함하여 부동산 등 비율이 50%를 초과하므로, 쟁점주식의 양도에 대하여 「소득세법」상 특정주식에 대한 일반세율(9%～36%)적용하여 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 골프장용 토지 신탁계약은 처분신탁으로 위탁자가 청구인들로, 수탁자가 대한토지신탁으로, 수익자가 OOO로, 공동 1순위 우선수익자가 대출은행으로, 채무자가 OOO나타나고, 골프장용 토지의 등기부등본상으로는 2008.3.28. OOO로 등기된 것으로 나타나며, 골프장용 토지는 토지거래허가구역으로 허가를 받은 이후에야 소급하여 유효한 계약이 되는 점, 「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」등에 따르면, OOO가 골프장 조성을 위하여 골프장용 토지의 소유권을 반드시 취득하여야 하는 것이 아니므로, 회계법인의 쟁점주식 1주당 가액 평가 시 골프장용 토지의 소유권 취득을 전제로 하여 평가하였다는 처분청의 주장은 타당하지 아니하며, 골프장용 토지를 취득을 전제로 하였더라도 자산과 부채가 동시에 증가하여 쟁점주식의 1주당 가액에는 영향이 없었을 것으로 보이는 점, OOO는 골프장용 토지의 사용권만 있으면 골프장업 설치가 가능하였던 점, OOO는 골프장용 토지를 청구인들 등으로부터 취득한 이후에 골프장용 토지와 부채를 OOO에게 이전하였다고 보는 것이 거래단계상 맞다고 보이므로 쟁점주식을 먼저 양도한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점주식이 「소득세법」상 기타자산(특정주식)에 해당하는지를 판단함에 있어, 쟁점주식과 골프장용 토지의 잔금청산이 동시에 이루어진 경우, 골프장용 토지를 자산에 포함하는지 여부에 대하여 명확히 규정하고 있지 않은 것으로 보이며, 세법적용에 있어서 그 규정이 불명확할 경우 납세자에게 유리하게 적용하여야 하는 점, 「소득세법」상 특정주식에 대한 일반세율(9%～36%)적용은 개인이 제3자의 부동산 등을 개인이 소유하고 있는 법인 명의로 취득하고, 동 법인의 주식을 양도함으로써 부동산을 양도하는 것과 동일하면서도 일반주식의 양도세율(10%)을 적용받아, 결국 양도소득세 부담을 회피하는 것을 막기 위한 것으로 볼 수 있으나, 이 건은 청구인들이 소유한 골프장용 토지와 쟁점주식과 동시에 양도하여 위 기타자산(특정주식)의 일반세율 적용의 입법취지와도 맞지 않는 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점주식을 「소득세법」상 특정주식으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목

-상속세 및 증여세법

-상속세 및 증여세법 제22조

-소득세법