조심2010서3181 (2012.06.22)

연구전담부서를 보유한 기업에 지급한 연구및인력개발비는 수탁업체의 재위탁 여부 및 재수탁업체의 연구전담부서 보유 여부에 관계없이 세액공제대상임

연구전담부서를 보유한 기업에 연구용역을 위탁하고 지급한 연구 및 인력개발비는 수탁업체의 재위탁 여부 및 재수탁업체의 연구전담부서 보유 여부와 관계없이 세액공제 대상이 되는것이며, 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 세액공제대상에서 배제한 조세특례제한법시행령은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용되는 것임.

2012구합34440 법인세경정청구거부처분취소

AAA카드 주식회사

중부세무서장

2013. 4. 30.

2013. 6. 14.

1. 피고가 2012. 9. 28. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

"가. 원고는 신용카드업을 영위하는 법인으로서 2003 사업연도부터 2008 사업연도까지에 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 BBB CCC 등 다수의 수탁업체들(이하이 사건 수탁업체들'이라 한다)과 사이에 기존에 구 AAA카드와 BBB카드 별로 나뉘어 있던 개별 프로세스를 공통된 업무， 고객1 상품 중심으로 서로 묶어 체계적인 회원관리를 가능하게 하고， 은행， 보험， 증권 등 AAA금융그룹 내의 다른 계열사와의 연계가 가능하도록 하는 등의 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고 이 사건 수탁 업체들에게 연구개발비로 00000원(이하 '이 사건 연구개발비'라고 한다)을 지급하였다.",나. 원고는 2003 사업연도부터 2007 사업연도 귀속 법인세 신고 시 이월결손금이 발생하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조 소정의 연구 ・ 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 하지 않았고， 2008 사업연도 귀속 법인세 신고 시 위 연구 ・ 인력개발비에 대한 세액공제 신청을 누락하였다.

다. 그 후 원고는 2010. 1. 4. 이 사건 연구개발비에 대하여 연구 ・ 인력개발비 세액 공제를 적용하여 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원을 공제감면세액에 가산하여 위 법인세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다(이하 '당초 경정청구'라고 한다).

라. 피고는 2010. 2. 19. 이 사건 연구개발비 000원 중 0000원은 이 사건 수탁업체들이 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용이어서 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로， 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원만을 공제감면세액에 가산하여 같은 금액을 환급하되， 나머지 0000원에 대하여는 경정청구를 거부하였다(원고의 당초 경정청구에 대하 여 거부된 부분을 '당초 거부처분'이라 한다).

마. 이에 원고가 이의신청을 거쳐 2010. 9. 14. 심판청구를 제기하였고， 조세심판원은 2012. 6. 22. '수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부 서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 ・ 인력개발비 세액공제 대상오로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로， 1l피고가 2010. 2. 25. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 경정청구 거부처분은 원고로부터 전산시스템의 연구개발 용역을 위탁받은 이 사건 수탁업체들이 제3자에게 재위탁한 비용(2003 사업연도 000원， 2004 사업 연도 0000원， 2007 사업 연도 00000원， 2008 사업연도 000원 합계 0000원) 중 조세특례 제한법 시행령 제9조 제2항에 따른 별표6 제2호 가목에서 규정한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되， 이에 해당 하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다"는 결정을 하였다.

바. 원고는 2012. 6. 25. 위 심판 결정문을 수령하였다.

사. 피고는 위 심판결정의 취지에 따라 2012. 7.경 전담부서가 있는 업체에게 재위탁된 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하여 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원을 추가로 환급하였다.

아. 원고는 2012. 9. 20. 당초 경정청구액 0000원에서 최초 환급액 0000원과 추가 환급액 0000원을 공제한 나머지 0000원에 대하여 이 법원 2012구합31670호로 당초 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

자. 한편， 원고는 2008 사업연도 귀속 법인세의 경우 최저한세액 규정의 적용으로 환급받을 수 있는 세액이 더 이상 남아있지 않게 되자， 2012. 9. 24. 다시 2009 사업연도 귀속 법인세에서 0000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고(이하 '이 사건 경정청구'라고 한다)， 피고는 2012. 9. 28. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

차. 원고는 2012. 10. 8. 이 사건 거부처분에 대한 결과통지를 받은 후 2012. 10. 15.

전심절차를 거치지 않은 채 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제l 내지 4호증， 갑 제5호증의 1， 2， 갑 제6호증， 갑 제 7호증의 1， 2의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 먼저， 피고는 원고가 펴고를 상대로 이 법원 2012구합31670호로 제기한 소송이 계속 중 위 소송과 그 실질이 통일한 이 사건 소를 제기하였으므로， 이 사건 소는 중 복제소 금지의 원칙에 위배되어 부적법하거나， 피고의 2012. 9. 28.자 거부는 원고의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아니라 단순한 사실의 통지에 불과하여 항고 소송의 대상이 되는 처분이라고 할 수 없으므로 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다. 살펴건대， 원고가 피고를 상대로 제기한 이 법원 2012구합31670호 사건의 청구 취지는 '피고가 2010. 2. 19. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다'는 것이고， 이 사건의 청구취지는 '피고가 2012. 9. 28. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다'는 것으로 양 소송은 그 청구취지가 서로 달라 소송물이 통일하다고 볼 수 없으므로 이 사건 소는 중복제소에 해당하지 않고， 원고의 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 경정청구에 대하여 피고가 2012. 9. 28. 위 경정청구를 거부함으로써 원고는 동액 상당의 세액을 공제받지 못하였으므로 피고의 2012. 9. 28.자 거부를 단순히 사실의 통지에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.

나. 다음으로 피고는 이 사건 소가 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 주장 하므로 살피건대， 과세관청과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기 할 수 있는바(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두13436 판결 참조)， 원고가 이 사건 경정청구에서 환급을 구하는 부분은 당초 경정청구 충 당초 거부처분 및 조세심판원 결정 에 따른 직권취소를 거쳐 환급되고 남은 부분이므로 결국 이 사건 경정청구의 대상과 당초 경정청구의 대상은 그 실질이 사실상 동일하고， 원고는 당초 경정청구에 대하여 이미 전심절차를 거쳤는바， 이에 의하면， 피고 및 조세심판원은 이 사건과 관련하여 기본적 사실관계와 법률문제에 관하여 이미 다시 판단할 수 있는 기회를 부여받았고， 원고로 하여금 이 사건 거부처분에 대하여 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것은 원고에 게 너무 가혹하므로， 원고가 이 사건 처분에 대하여 전심절차를 다시 거치지 않았다고 하더라도 이 사건 소는 적법하다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고 의 위 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면， 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고， 위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 소정의 세액공제 대상이다.

(2) 피고

(가) 우선， 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 제9조 제5항의 해석상 연구개발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'이 인정되어야 하는데, 전산 시스템을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.

(나) 다음으로， 조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제 9조 제2항 [별표6] 제1호 나목에서는 세액공제 대상에 '위탁'이라고만 규정하고 있고 '재위탁'이라고는 규정하고 있지 않았으며， 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목이 세액공제 대상에 비로소 '재위탁'을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면， 재위탁된 연구개발비용은 세액공제 대상이 아 니라고 보아야 한다. 나아가 전담부서 제도를 둔 취지， 자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면, 적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) '연구개발'에 해당하는지 여부

조세특례제한법 제9조 제5항은 l연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동l이라고 규정하고 있는바， 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실 현， 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고， 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로， 이를 연구개발이라고 보는 데 어려움이 없다. 한편， 위 조항에 '진전l이나 '새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만， 여기서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로， 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다.

(2) 재위탁된 경우 세액공제 대상이 아닌지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조)， 구 조세특례제한법 처1]10조 제l항， 구 조세특례제한법 시행령 제9 조 제2항 [별표6] 제1호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발 용역을 '위탁'함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐，위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다. 특히 위 문언대로라면1 이후 세액공제 대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것 으로 개정되고， 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제 대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리， 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수탁자에게는 재위탁 내지 재 수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기는 어렵다. 여기에 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고 (대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조)， 대규모 전산개발용역은 융합기술개 발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업 에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점， 이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보 면， 결국 원고가 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구 개발용역을 위탁한 이상， 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도， 재수탁업체의 전담부 서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당 하다(한편， 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결론

따라서 이 사건 수탁업체들이 전담부서를 보유하고 있지 않은 재수탁업체에게 재위탁한 연구개발비가 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구 ・ 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.