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[청구번호]
조심 2020지0716 (2020.11.17)
[세 목]
취득
[결정유형]
기각
[결정요지]
지방세특례제한법령에서 해당 부동산을 취득한 후 2년 이내에 인적․물적설비를 갖추어 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 기업부설연구소만을 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 취득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[관련법령]
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2017.3.24. OOO 소재 토지상에 건축물 4,775.09㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 증축하여 취득한 후, 2017.5.23. 처분청에 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다) 제46조 제1항에 따른 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 OOO원을 감면(35%)을 받고, 나머지 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.
나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 취득일부터 2년 이내에 OOO으로부터 기업부설연구소 인정을 받지 못함에 따라 취득세 등 감면대상이 아닌 것으로 보아, 2020.2.7. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.18. 심판청구를 제기하였다.
2.청구법인 주장 및 처분청 의견
가.청구법인 주장
(1) 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해 취득세를 감면하는 입법취지는 기업의 과학기술 연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이루는데 그 취지가 있고, 청구법인과 같이 이미 기업부설연구소를 설치․운영하고 있다가 추가로 연구소를 설치하려는 경우에는 연구소 인정을 별도로 받을 필요가 없다(대법원 1987.10.26. 선고 85누444 판결, 2019.5.10. 선고, 2019두32283 판결, 같은 뜻임)할 것인바,
청구법인은 2011.1.25.부터 이 건 건축물 인근에 소재하는 글로벌 R＆D센터에 이미 기업부설연구소를 설치ㆍ운영하고 있었고, 기업부설연구소 인증기관인 OOO도 2018.3.21. 현지실사를 통해 이 건 건축물이 기업부설연구소로서 갖추어야할 인적ㆍ물적요건을 구비하였음을 확인하였다. 비록 청구법인이 취득일부터 2년이 경과한 2020.1.3. 이 건 건축물을 기업부설연구소용으로 인정을 받았다 하더라도 이 건 건축물이 증축된 직후부터 실제적으로 기업부설연구소로 사용하고 있었다. 기업부설연구소에 대한 감면취지가 기업의 기술혁신을 장려하기 위한 것이고, 청구법인은 행정적으로 기업부설연구소 인증절차를 누락한 것일 뿐 실제적으로 기업부설연구소로 사용하고 있었음에도 처분청은 위 사실관계를 확인하지 않고 단지 이 건 건축물 취득일부터 2년이 경과할 때까지 행정적 절차인 기업부설연구소로 인정을 받지 못하였다는 이유로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(2) 「지방세특례제한법」제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면(35%)한다고 규정하면서, 같은 법 제46조 제4항에서 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 등을 추징한다고만 규정하고 있고, 위 법령이 2018년에 개정되면서 「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제46조 제4항 제1호에서 부동산을 신축·증축 등으로 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있으며, 위 규정에 따른 추징처분은 면제된 취득세 등을 새로운 부과처분의 형태로 추징하는 것으로 부동산을 취득할 때 과세되는 원칙적인 취득세 등의 부과처분과는 별개의 처분에 해당한다 할 것이다(대법원 2019.5.10. 선고 2019두32283 판결, 같은 뜻임).
청구법인이 2017.3.24. 이 건 건축물을 취득할 당시에 시행된 지방세특례제한법령은 연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에만 추징한다고 규정할 뿐, 해당 부동산을 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못하는 경우에는 감면한 취득세 등을 추징한다고 규정되어 않다가 2018년부터 위 추징규정이 신설되었는바, 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 취득한 후 2년이 경과한 2020.1.3. 기업부설연구소로 인정을 받았다 하여 근거도 없는 2018년부터 시행되는 위 지방세특례제한법령의 추징규정을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 2년이 경과한 2020.1.3. 기업부설연구소로 인정을 받았고, OOO가 2018.3.21. 현지실사를 한 장소는 인근의 다른 기업부설연구소(연구1동, PAC실험동, 강구조실험동)를 실사한 것에 불과하며, 청구법인이 주장하는 판결도 연구소로 인정을 받아 연구활동을 하다가 새로운 장소로 이전하기 위하여 기존의 연구소 인적·물적시설 일체를 그대로 이전하는 경우로서 이 건 건축물과는 그 사실관계가 다르다 할 것이므로 처분청이 그 취득일부터 2년이 경과하여 연구소로 인정을 받은 이 건 건축물에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 2017.3.24. 이 건 건축물을 취득할 당시의 「지방세특례제한법」제46조제1항및「지방세특례제한법시행령」(2016.12.30. 대통령령 제27711호로 개정된 것) 제23조 제1항의 규정에 따르면, 기업부설연구소란 「건축법」에 따른 건축물을 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우 2년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받은 경우라고 규정하고 있으므로 처분청이 이 건 건축물 취득당시의 유효한 법령을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인이 이 건 건축물을 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소용으로 인정 받지 못하여 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 본점 소재지를 OOO으로, 목적사업을 제강 및 압연제 생산․판매업으로 하여 1968.3.25. 설립된 것으로 나타난다.
(나) 청구법인은 이 건 건축물 소재지 인근에서 아래의 ＜표1＞과 같이 기업부설연구소를 설치ㆍ운영하였다.
＜표1＞ 청구법인이 설치ㆍ운영하는 기업부설연구소 현황
(다) OOO는 2018.3.21. 이 건 건축물 소재지 인근 연구동1ㆍ2동에 대하여 아래의 ＜표2＞와 같이 현장실사를 하였다.
＜표2＞ 현지 확인보고서
(라) 처분청은 위 현지확인 보고서는 인근의 다른 기업부설연구소(연구1동, PAC실험동, 강구조실험동 연구소)에 대한 것으로 이 건 건축물(Pllot Plant, 강제성형실험동)과는 관련이 없다는 의견이다.
(마) 청구법인은 2019.12.20. OOO에게 이 건 건축물에 대하여 기업부설연구소 변경신고를 하였고, OOO은 2020.1.3. 청구법인에게 아래의 ＜표3＞과 같이 기업부설연구소 변경신고 처리결과를 통보하였다.
＜표3＞ 청구법인 기업부설연구소 변경신고 처리결과
(바) 청구법인은 2020.5.6. 이 건 건축물은 취득일부터 2년이 경과하여 기업부설연구소로 인정을 받았으나 이전부터 사실상 기업부설연구소로 직접 사용하였다는 취지로 항변서를 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령」(2016.12.30. 대통령령 제27711호로 개정된 것) 제23조 제1항에서 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다고 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 이 건 건축물을 감면유예기간(2년) 이내에 실질적으로 기업부설연구소로 사용하였다고 주장하나, 지방세특례제한법령에서 해당 부동산을 취득한 후 2년 이내에 인적․물적설비를 갖추어 OOO으로부터 인정받은 기업부설연구소만을 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 점, 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 날인 2017.3.24.부터 2년이 경과한 2020.1.3. 기업부설연구소로 인정받은 것이 확인되는 점, 기업부설연구소 인증기관이 이 건 건축물을 현장실사 하였다 하더라도 이를 OOO이 기업부설연구소로 인정한 것으로 볼 수 없는 점, 처분청이 이 건 건축물 취득일 당시의 지방세특례제한법령을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 것에 위법한 점이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 건축물을 취득일부터 2년 이내에 OOO으로부터 기업부설연구소용으로 인정을 받지 못하여 취득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ② 제1항에도 불구하고 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 외에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축·증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우
2. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우
부칙 ＜2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것＞
제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제47조의2제1항 및 제66조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.
제8조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.
제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 미래창조과학부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 미래창조과학부령으로 정하는 바에 따라 미래창조과학부장관에게 인정을 신청하여야 한다.
③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 미래창조과학부장관에게 신고하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 미래창조과학부령으로 정한다.